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东察合台汗国时期是新疆伊斯兰教史上一个非常重要的阶 段，在此期间，辽、宋时期传入天山南部诸城镇的伊斯兰教逐渐向 东推移发展，迄明朝中叶，由于蒙兀儿诸汗的率先信教和提倡，除 个别地方外，帕米尔以东、天山南北各地大多数居民都改信了伊斯 兰教。明末清初，随着伊斯兰教在新疆境内的进一步传播，产生了 东来的伊斯兰教和卓势力的兴盛和发展。“和卓势力是蒙兀儿诸汗 统治期间因袭旧势力而发展起来的阶层”①。至汗国后期,和卓势 力愈炽，他们直接干预朝政，甚至左右汗国局势的发展和变化。最 后，发展到和卓内订，失意的白山派和卓首领甚至不惜与蒙古准瞩 尔部相勾结，里应外合，推翻了东察合台汗国。
  公元14-17世纪伊斯兰教在天山南北各地的传播和发展不 仅在东察合台汗国历史上占据举足轻重的作用，而且对于后来伊 斯兰教神秘主义在中原内地的传播以及西北门宦制度的建立都产 生了深远影响。

① 伊莱亚斯(Elias)：《拉失徳史KTarikh-i-Rashidi),E・罗斯(Ross）英译本 序言125页，伦敦J972年。中译本第141页•新疆人民出版社,1985年。