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当事变发生时，马福祥正在南京担任蒙藏委员会委员长职务。他在接到宁夏省政府和青海马麟及马鸿逵的电报后，即给国民党行政院长蒋介石上报告说： “甘肃此次政变，马文车实为主谋。马文车为派往甘肃视察之员，马主席鸿宾对之推心置腹，并迭电保其为省委兼民厅或财厅，虽仅发表省委，而鸿宾总算仁至义尽，不料以视察之员，有此不法之举动。至雷中田布告鸿宾各罪，尽皆无稽之辞。”并对雷提出的五项罪状逐条作了辩护。又对国民党中央社记者发表谈话说： “马鸿宾主席系由中央任命，决听候中央处理。该省驻兰州暂编师长雷中田原系冯玉祥旧部，月前石友三叛变，雷曾受委某军军长；此次政变事先与陇东之陈珪璋、鲁大昌勾结，将马主席监视于兰州城内，借口称马鸿宾为军阀余孽祸害甘省，为此组织临时省政府……至政变后驻宁夏之马福寿，肃州（酒泉）、凉州（武威）、甘州（张掖）之马步云，西宁之马麟各部，亦不出兵向兰州前进，惟有听候中央办理。”
   蒋介石在接到马福祥和各方面的报告后，于八月三十日电雷中田转马文车，查询甘肃政变真相，原电说：“连日接报告谓马主席被禁闭，如果属实，实属反叛中央，目无法纪。限文到即将马主席恢复自由，行施职权，中央命令，绝不更改，兹责成兄查办此案，并将查办情形，火速电复。”雷、马接此电后，把词意修改为“闻马主席被禁闭，究竟如何，兹派兄负责处理。如有意见，准予呈报，即希电复。”并提在九月一日第四次省务会议上报告后，披露于报端。
   又据九月十四日第一七一期《中央周报》刊登的消息表明，蒋介石从南昌返回南京后，曾电雷中田、高振邦说：甘肃视察马文车擅作威福，构成政变，将省政府主席马鸿宾私行扣留，经中央严令立将马主席恢复自由，行使职权，并未遵令办理，似此坏法乱纪，非严惩祸首，何以肃法纪而遏乱萌。电到仰该师长等即将该视察员马文车拿解来京究办，并遵令转知马鸿宾即日召集各委员行使职权”等语。据说马文车在接蒋介石的这封电报后，大为惊慌，动身东下，行至距兰州城二十里之东岗坡被雷中田派人挡回，给予安慰。由于电报是由宁夏转来，怀疑是马福祥的政治手腕，因而雷对马文车保证说： “有我保驾，中央其奈我何？”这样才使马文车安下心来。但在这期间，据《甘肃民国日报》载，雷中田又派其总司令部参议阚东洲赴南京向蒋介石面陈一切。蒋介石在十月四日致雷中田电报中说： “据阚参议东洲面陈甘肃省政变情形，甚慰。望将今后对甘肃办法，详细具复。”阚东洲在十月四日致雷中田电中也说： “总座（指蒋介石）对于此次政变十分谅解，谈时至为欣慰，并嘱职速电钧座对甘肃今后办法，及需要各项之意见，总座均可尽量容纳。请将各项意见速电示职，以便进行。”