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第三阶段：1975年4月兵团解体一1982年6月新疆生产建设兵团体制恢复。
  由于“文革”的破坏，兵团损失惨重，广大干部群众怨声载道。生产遭受严重挫折,粮食棉花大幅度减产，成本上升，财务亏损数额惊人。再加上种种原因，中共中央、中央军委于1975年4月以中发〔1975〕11号文件批转了自治区党委和新疆军区党委的报告，决定新疆军区生产建设兵团解体，撤销新疆军区生产建设兵团和各师的番号。
  新疆维吾尔自治区人民政府下设新疆农垦总局，主管全疆国营农场的业务工作;干部归自治区党委组织部管理;职工由人民政府劳动局管理;财务由财政厅管理;物资供应由自治区人民政府物资局管理;原属兵团为生产服务的物资部门、商业部门、粮食、设计部门、科研部门、大批工业企业、5 000余辆载重汽车以及大专院校……等移交地方政府。
  撤销各师后，成立地区（州)农垦局，直属各地、州管辖，有的农场还下放到县或公社，引起了广大军垦战士的不满。
  原来想通过解体兵团，由地方统一领导，以改善经营亏损局面，结果，由于原先一套为生产服务的系统瓦解了，该运的运不进来，需供应的化肥、农药、钢材……等物资供不上，应销的产品销不出去，生产急剧下降，财务亏损额大幅度增长。
  原属地方国营农场44个，划归农垦总局领导，其中有的是属于集体所有制性质。
  团场一级组织机构，基本未动。只有少数团改称农场，团长改名场长，政委改称书记，有的单位把政治处撤销，改为党办室。少数连队为生产队，指导员改为支部书记。班组一级仍然维持原状。
  这一时期，主要是进行生产，执行生产队的任务。工作队就谈不上了。但对于保卫祖国边疆、防止邻国入侵和蚕食，仍常备不懈，特别是边境农场，一如既往，执行着战斗队的任务。
  兵团公、检、法机构撤销，统统划归地方。是一个纯企业性质的组织了。