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一、在边疆危急之秋所显示的特殊作用在英帝国主义支持的阿古柏匪徒和沙俄强占了新疆大片土地的情况下，清军退守在东部和北部一线。时中原动乱，关内粮饷供应长期中断，清军处境异常困难。如果不实行屯田来满足粮草需求，清军是不可能坚持长达十年之久的。应该说:屯田保证了军民的长期坚守。
  左宗棠统军在荒凉的塞外，长驱千里西征，最大困难是粮饷供应。他说:“粮运两事为西北用兵要事，事之利钝迟速，机括全系乎此。”除从关内运进一部分粮食外，主要的就是从清军坚守的屯田地区筹粮，同时边作战，边屯田，比较好地解决了西征军的粮饷供应。可以认为：屯田保证了西征军的胜利进军。同时屯田对新疆经济的迅速恢复，也是发挥了巨大作用的。
  清末，朝政腐败，割地赔款，丧权辱国。但在新疆，一再挫败了帝国主义的侵略活动，巩固了西北边防，且为现代新疆的规模和疆界奠定了基础。屯垦戍边实边，是发挥了其特殊作用的。清代后期屯田的时间虽然不长，但其影响却很深远。
  二、组织管理有清一代新疆屯田从康熙五十五年（1716年）开始，直到清末，长达190余年，先后有军屯、民屯、回屯、旗屯和遣屯。其组织管理日趋完善。
  1.军屯，主要是指绿营兵丁的屯田。其管理系统有：1) 伊犁将军。他既是清代新疆的最高军政长官，也是新疆屯田的最高长官，总理军屯、民屯一切事务。如松筠、布彦泰等，都是在新疆创导、组织屯田卓有成效的伊犁将军。
  2) 屯田大臣。从康熙五十五年(1716年)起，平定准部的西征军于巴里坤、哈密开始屯田，议政王大臣会议具奏：“图呼鲁克、杜尔博尔金、哈喇乌苏等处耕种之事，派大臣一员管理。”得旨:“著副都统苏尔德前往管理。”(《清圣祖实录》)这是新疆最早的屯田大臣。
  各屯区设屯田大臣，或称屯田大员，管理屯务。从各提、镇抽调的绿营屯田兵丁，在屯田期间受其管理。担任过屯田大臣的还有总督鄂海，按察使永泰在吐鲁番负责屯田。原任“江西巡抚王企靖回籍，以正红旗蒙古副都统雅图总理巴尔库尔屯田事务”(《清世宗实录》)。
  还有苏永祖、副都统克什图、西安巡抚永贵，以及书山……等均任过这一职务。屯田大臣一职非定制，而是根据需要，择员委任。总理屯田事务，如开垦地亩，分授种子、农具、耕畜，农事，收缴屯粮等，都由其负专责。在新疆，不论战时、平时，屯田纳粮至关重要。因此，屯田大臣多择干练者充任。
  3)总理屯田提督、屯镇总兵。乾隆弘历统一新疆后，设提督一人，专管绿营官兵的驻防和屯田事务。“新疆提督一人，……，乾隆二十四年（1759年）移安西提督驻巴里坤，更名巴里坤提督，二十三年(应是二十九年），徙乌鲁木齐。光绪十一年(1885年）徙喀什噶尔，更名喀什噶尔提督。”“提督，军务总兵管、从一品。掌巩护疆陲，典领甲卒，节制镇、协、营丨凡，课第殿最，以听于总督。”(《清史稿•官职四》）乾嘉时期，新疆绿营士卒屯田分为两类：一类是轮换兵屯田。
  在塔尔巴哈台、乌什、阿克苏、哈喇沙尔、吐鲁番以及科布多等屯垦区的绿营屯田兵丁，系从陕、甘、晋三省提镇标营中抽调。屯田3—5年期间，由当地屯田大臣统辖((塔尔巴哈台事宜》、《清高宗实录屯田结束，即返原提、镇标营归伍。
  一类是长期驻疆屯田，其中包括携眷兵屯田。全疆分属两个系统，即由乌鲁木齐提督和伊犁镇总兵分别统辖。
  乌鲁木齐提督移驻迪化后，统辖巴里坤镇总兵暨本标中、左、右，守城四营，巩宁城守营、哈密协、玛纳斯协、库尔喀喇乌苏营、晶河营、喀喇巴尔噶逊营、济木萨营等处弁兵操防，总理屯田、马政、台站事务(《三州辑略·官制》）。
  在管理屯田事务中，乌鲁木齐提督和屯田大臣的关系是:“乌鲁木齐提标四营(惟屯田差遣并兵丁搬眷请领盘费银两由驻扎大臣经管，其余升迁事故俱由提督自行办理），提督一员。乾隆二十七年原设副将一员，管理左、右二营屯田等事，属驻扎大臣管辖。……三十八年奉旨俞金鳌补授乌鲁木齐提督，专办屯田，自此提督耑管绿营屯田事务。”(《乌鲁木齐政略•武职》）提督之下设有总兵（正二品），副将（从二品）、参将(正三品）、游击(从三品）、都司（正四品）、守备（正五品）、千总(正六品）、把总(正七品）、经制外委(正九品），等级森严，上下相制。其营制：总督、巡抚、提督、总兵官所属称标;副将所属称协；参将、游击、守备、都司所属称作营。乌鲁木齐的绿营官兵，除一部分差操守备外，主要任务是屯田。乾隆四十二年有中营九屯，屯兵1 066名，以参将督领。左营八屯，屯兵1 066名，以游击督领。右营七屯，屯兵1066名，以都司督领。此外尚有济木萨、玛纳斯、库尔喀喇、乌苏、晶河(晶河、库尔喀喇乌苏是乾隆二十七年数）、巴里坤、哈密、古城、木垒等屯区二十八个，屯兵4 615人，分别以参将、游击、都司、把总督领。
  伊犁镇总兵又称屯镇总兵。其任务是专理屯田。
  伊犁紧邻沙俄，是清军边防要塞，屯兵重地。全疆满州八旗驻防军1. 8万余人，驻屯伊犁的达1. 3万余名，八旗兵的粮糈供应，主要靠兵丁屯田解决。伊犁镇标专为供给当地驻防八旗官兵的粮饷而设。《新疆图志》卷24记述:“伊犁镇标，屯镇总兵一员，归伊犁将军管辖”。该镇的绿营部队有“兵丁三千名，设立二十五屯，每屯额兵一百名，计兵二千五百名，其余五百名，系于水碾磨、铅厂、教种图尔扈特以及仓廒、牧厂各差拨用。”(《伊江汇览•兵额营伍》)从上可以看出，3 000名绿营士兵，主要是进行屯田，以及粮油加工、后勤供应有关的事务。故该镇官兵直接由伊犁将军节制，“遇有升拨降黜之事，皆由镇员禀白将军验核，仍于陕甘督臣咨办”(《伊江汇览•兵额营伍》)。伊犁绿营兵屯田，是一个独立的系统，不受乌鲁木齐提督节制。4)屯。屯亦称工，是兵农合一的组织，是绿营兵丁屯田生产的基层组织单位。
  绿营兵制的基本战斗组织是营，携眷屯兵也以营为基本组织，为了适应屯田戍边的需要，营下设屯。宁远大将军岳钟琪奏请在巴里坤筑屯屯田时称:“各营屯田，亦俱在军营以东，联络不远，现在播种，共拨兵丁五千余名，每于分屯之处已筑土堡一座，旦则出作，夜则入息，无事可耕，有事可战，且与各厂牧放官兵相为表里，牲畜田禾俱可防护无虞。”(《军机处录副奏折·民族类·蒙古项》)在屯田区筑有屯堡，屯田兵丁居于屯堡之内，耕作区即在屯堡周围，白天出堡耕作，晚上回堡休息，有警则依堡拒敌，无事屯田生产，平战结合。一屯兵丁，大体百人左右，依各地情况的不同，最大的屯有250名，最小的是阿克苏仅有屯兵15名。如乌鲁木齐中营区分为九屯，设屯兵1 066名，种地2. 2万余亩。各屯分布是:辑怀城、土墩子、怀义堡、屡丰堡、宣仁堡、惠徕堡各驻屯卒133名，阜康城88名，头道湾头工90名，头道湾二工90名。
  屯堡有屯官衙署，士卒宿舍、家属宿舍、兵器库、农具库、仓廪……等建筑。如乌鲁木齐屯区惠徕堡的情况是:“惠徕堡，乾隆四十二年建筑，周一里六分，高一丈二尺，堡门四，……千总衙署一所，外委住房二所，仓房一所，军器库一所，公馆一所，堆房二所，兵丁住房四百四间”(《三州辑略•建置门》)，这些屯堡，以后逐渐发展为村镇。如现在乌鲁木齐和昌吉的头工、二工、三工、四工、下四工、五工、六工、二六工、宣仁墩……都还保留着清代屯田的屯名。
  2.旗屯。
  伊犁旗屯的屯官，由各镇营的军官兼任。新旧满营各分左右两翼，每翼设协领一员领之；锡、索、察、厄四营，每营设一领队大臣以统之。其下各设总管、副总管驻本营。再下设八旗，设有佐领、防御、骁骑校尉等军官，管理本旗戍守和屯田事务。如锡伯营在伊犁河南察布查尔屯田，兴修水利，就是由锡伯营总管图伯特领导和组织军民实施的。
  3. 遣屯。
  遣屯隶属于军屯，遣犯被编入军屯组织中进行劳动。一种是罪行情节重者，拨给兵丁为奴，受屯兵管辖，由该屯兵“督课取力”(《清高宗实录>)。另一种是罪行较轻的，承种份地，单独纳粮，分散在各军屯中进行屯田。如乌鲁木齐左营中：头工屯兵148名，遣犯3名。
  二工屯兵148名，遣犯3名。
  三工屯兵148名，遣犯3名》四工屯兵148名，遣犯2名。
  甘标头屯屯兵90名。
  甘标二屯屯兵90名。
  宝昌堡屯兵147名，遣犯2名。
  乐昌堡屯兵147名，遣犯3名。（《乌鲁木齐政略》)4. 民屯。
  民屯属地方行政机关管理。清代前期陕甘总督和甘肃布政使，直接管辖天山北麓晶河以东的民屯事务。所辖镇西府，管辖宜禾(今巴里坤）、奇台两县的民屯。迪化直隶州管辖乌鲁木齐地区、阜康(包括济木萨）、绥来（今玛纳斯）、昌吉（包括呼图壁）三县的民屯。“乾隆二十五年（1760年）乌鲁木齐设同知，命在乌鲁木齐屯田”。吐鲁番巡检，管理当地的民屯。
  屯民实行里甲制，乾隆三十一年制定的《木垒安户章程》规定：“新安户口，宜编立里甲，请按每年招徕户民，编为一里，一里之中，分为十甲，将来户口丁粮册籍，悉照里顺庄开造。至编造里甲，约可按三千户之数，编为十里，酌定里名，以分界限。”“每里应选里长、渠长、保约。请按每里设里长一名，每百户设渠长一名。”“现在咨送二百户移驻，尚属无多，仍照原例，令守备暂受外，至戊子年（1768年）三百户之时，酌设文员，专管户民。”“现在守备暂管户民，审理狱颂，应酌立科条”(《清高宗实录》)。以上《章程》可知，民屯实行里甲制，每里300户，每甲三十户。设里之前，由部队派守备管理，不仅管屯田生产事务，而且审理狱颂民事工作。待招至三百户，成立里，选出里长之后，正式派文官，专管民屯。有的地方实行卫所制，《清史稿•食货志一》载:“令叶尔羌成丁余回，特界耕地编户，凡千五百户为一所，三千户为一卫。”5.回屯。
  伊犁回屯实行伯克制管理。清廷统一新疆后，沿袭维吾尔人旧制，即伯克管理制。伊犁回屯亦用此制。
  伯克不得世袭，由清廷任命，从“回人中从戎效力，及辅诚内附者，量材以授”(《西域图志》)。
  首任伊犁回屯阿奇木伯克是吐鲁番额敏和卓次子茂萨。以后历任阿奇木伯克皆从其子孙中选调。《西陲总统事略》卷七十回屯载:“(茂萨)于乾隆二十五年授伊犁阿奇木伯克……三十一年额敏和卓三子鄂罗木杂布赴伊犁……三品阿奇木伯克……嘉庆十年鄂罗木杂布卒……以其子密里克杂布袭一等台吉，署阿奇木伯克事务。”阿奇木伯克，三品，下设阿奇木伯克衙署，驻宁远城，总理回屯一切事务，设伊什罕伯克一员，协助阿奇木伯克总理回屯事务。以下设噶杂纳奇伯克、商伯克等共85员，分管地亩粮赋、税务、刑名、水利、治安、工商……等事务，其品级为四至七品。
  伊犁回屯共6 000余户，分九屯。每百户设一玉子伯克统领，每15员玉子伯克设一明伯克统领，“分领回众头目，职如千总”。