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新疆经过十多年的战乱、屠杀之后，人口大批死亡逃散，野皆暴骨，田园荒芜，残破凋零，屯田事业受到严重破坏。
  乌鲁木齐原是塞外重镇，城市繁华,东西袤延八里，市井迤逦，商贾往来不绝。由于“清真王”妥得璘和阿古柏匪徒的肆意破坏，清军收复时，“汉城仅剩颓垣，满城已同平地”。“满汉两城，只余汉民及残回数十人”。乌鲁木齐在乾嘉时期是屯田的重点地区，在劫后，“城郊并就荒芜，即间有二三客民力事耕作，亦不过垦数十亩，食三五人而已”(《平定陕甘新方略》)。为屯田区引水灌溉的长胜渠，坝口被河水冲毁。纵横数十里中膏腴之地，尽化芜莱。向称富庶的阜康，其城荒毁已久，“榛莽丛杂，不便行走”，不复有城镇面貌。原是南疆重镇的吐鲁番，乱后一片荒凉，“靡有孑遗”。喀喇沙尔是南疆名城，唐代“安西四镇”之一，汉唐及乾嘉时期重点屯田之地，水源充足，土壤肥沃，农牧业繁盛兴旺。阿古柏匪徒白彦虎西逃时，疯狂地进行破坏，为阻清军追击，决河淹城，清军到达时，“城中水深数尺，房舍荡然”。自喀喇沙尔到库尔勒，“沿途民舍，均已烧毁”。白彦虎强迫农民随从，以致喀喇沙尔和库尔勒都是“空无一人”。连该地区的蒙古族牧民，也是“荡然离居，存者无几”(《平定陕甘新方略》)。有一个历史学家论述当时的情况是“户口凋残，田渠荒废，荆棘丛生，狐狸啸聚”。这就是阿古柏统治下的新疆情况。
  素称富饶而美丽的伊犁，被沙俄践踏得人口锐减，田园荒芜，满目疮痍。当1882年2月清军到达新疆首府惠远城时，该城“西南两面城垣均已被水冲破，城内仓库、官廨、兵房荡然无存”。附近的惠宁、拱宸二城“坍塌尤甚”。熙春、广仁二城“城垣柚橹坍塌不堪”。
  伊犁到处是断墙颓壁，一片瓦砾。阿齐乌苏大渠，嘉庆年间修建，七年始成，灌溉着伊犁河北数十万亩屯田区和群众的土地。沙俄殖民统治后，“湮没之处共120余里”(《平定陕甘新方略》)。其他各渠都是“渠畔被水冲刷，半成沟涧”。伊犁原有军屯、民屯、回屯、旗屯，“收获甚富。兵乱之后，旧设屯田，现皆荒芜”。“尤以兵屯、旗屯最坏”。
  贪婪成性的沙俄，在伊犁11年的殖民统治中，不仅大量的财物被肆意掠夺，还胁迫中国居民迁往俄国，哀号痛哭的声音响遍村庄和田野，计有维吾尔族4. 5万人、哈萨克族2万多人、回族4 600人，合计7万多人，占当地人口十分之六七，加上被杀和逃亡，“地亩荒芜，耕者不及十分之二”。
  在阿古柏和沙俄的殖民统治下，新疆各族人民遭受空前浩劫，屯田事业遭受严重破坏。
  在新疆东部和北部第一线坚守的清军约有31个营。这些人因与内地联系严重阻隔，粮食供应长期中断，生计亦复十分困难。为了解决吃粮问题，在反对阿古柏和沙俄的侵略战争中求生存，并长期坚持下去，所以只有与民团一道大兴屯田，生产自给。巴里坤、哈密、古城子、塔城一线，是清军坚守的第一线，也是清军的屯田地区。
  哈密屯田哈密屯田，由于动乱，曾一度被迫停止。1868年清军大败妥得璘入侵哈密的回军后，驻敦煌的哈密办事大臣文麟立即派守备魏忠义带二营清军，从敦煌到哈密驻防戍守。魏收集“溃散屯兵一百余名，派往塔勒纳沁”，恢复屯田。同时命李生元在二堡恢复屯田。
  他们“筹耕种，茸庐舍，训练军士，且战且屯”(《清史稿•文麟传》。“冬十月……文麟抵哈密，谕兴办蔡把什湖等处屯田。”公元1874年初，陕甘总督左宗棠会张曜率嵩武军马步十四营共6 000余人进驻哈密，大兴屯田。张曜了解到引水灌田的石城子渠，是道光年间杨遇春将军西征时修建的，虽年久失修，但基址犹存，稍加修理，即可使用。惟渠底之砂土，渗水严重，需用条毡铺垫。
  请求左宗棠支援6 000条条毡。左宗棠认为引水屯田，是解决军粮的好办法，给张曜回信说:“开屯之要，首在水利。毡条万具，既所必须，文到之日，即檄宁夏、河湟各郡并加购造。续接尊函，以六千为足。然鄙意与其功亏一篑，不若多备于先，仍令购造万条”(《左文襄公全集•书牍》)。1875年垦田种植1. 9万余亩，1876年收粮5 160余石，嵩武军粮草充足，后该部调赴前线，驻哈密之防营总兵黄木富、易玉林等率领驻军继续屯田，兴修水利，他们从天山下拔木登挖渠至黄罗岗东北的小杨下，渠长达60多里。西征军“次第出关，收复北路，多藉哈密屯粮”(《新疆图志•武功三》）。
  巴里坤屯田。
  巴里坤屯田。由于清军在游击何琯率领下，与民团一起，坚守巴里坤，多次击退妥得璘军的进犯，屯田一直坚持了下来。公元1868年，清政府命巴里坤帮办大臣“伊勒屯等筹办巴里坤屯田”(《清史稿•穆宗本纪二》)。实际上，巴里坤屯田一直未停，清军的粮食供应，主要靠生产自给。1871年，阿古柏军在乌鲁木齐一带疯狂屠杀“异教徒”，汉族群众大批逃往巴里坤。景廉和何琯，挑选年富力强的参军，其余组织屯田。军民粮食不仅自给，且有盈余。1874年左宗棠派人视察巴里坤屯田，了解到一年余粮达一万多石。
  奇台屯田。
  奇台屯田。公元1840年奇台有军屯500人，种地1万余亩，民屯5 000多户，种地15万多亩。1864年7月22日，奇台回民起义，屠杀汉民千余人。1865年3月6日，回民攻占古城满城，清军600人战死，城内满汉群众“死者七千余人”(《新疆图志》)。屯垦军民死伤惨重，外逃者众，屯田事业遭受严重破坏。为了反抗阿古柏、妥得璘的民族仇杀，屯民张和、邓生玉、张兴、马进福组织民团，边战斗，边屯田，生产自救，保护群众。1867年文麟“招哈密团首孔才至，以其练勇200,编入伍籍，遣往古城(奇台）兴屯修堡。后收徐学功散勇2 000余任耕战，于是古田（城）、济木萨屯政大举”(《清史稿•文麟传》)。
  乌鲁木齐都统景廉于1873年率清军马步六营，从巴里坤进驻古城。“疏请三路进兵，并于古城、奇台、济木萨、木垒河一带，广兴屯田，且耕且防，先裕后食，而后次第削平诸匪”(《新疆图志•名宦》)。此时古城、木垒、济木萨一线屯田的有军屯、民团屯田以及从甘肃等地招募的贫苦农民屯田，在奇台邓生玉等人率领的民团“数百人开屯耕种”(《平定陕甘新方略》)，一直坚持数年。左宗棠派人了解，奇台屯田收粮，除本地军民供食外，尚有余粮年约五六千石。
  民团屯田。
  在这一时期，活跃在济木萨-昌吉一绥来一线的是民团屯田。
  他们为了反抗阿古柏和妥得璘的民族仇杀，在沙漠深处筑城自卫，边战斗，边生产，保护了大批汉族和非伊斯兰民族的难民。
  孔才民团屯戍在济木萨。1840年济木萨有民屯3 100多户，种地9. 3万余亩，1864年济木萨回民起义，在妥得璘的“圣战”、“消灭卡甫尔（异教徒）”民族仇杀政策影响下，几经征战，清军官兵伤亡殆尽，汉族屯民惨遭杀戮。该县所属的阜康，汉族人民“死难不知姓名者约四五万人”(《阜康县乡土志》)。孔才率领下的济木萨民团，多次打击妥得璘军。1873年景麟命孔才民团在济木萨屯田生产，保卫家乡，次年粮食丰收，除自给外，尚有余粮七八千石。
  沈廷秀民团屯田在昌吉城北60公里的新渠城子(今新疆生产建设兵团103团境），引用头屯河的水，屯田生产。他们多次与妥得璘军交锋。在攻击乌鲁木齐战斗中，沈廷秀不幸牺牲，民团由其弟沈廷辉率领，继续战斗。1875年，民团被清政府整编为振武右营，仍驻新渠城子。
  赵体学民团屯驻在玛纳斯县北的沙山子，活动于东起马桥城子(今呼图壁县北的兵团106团境）、西营城(今玛纳斯县北的兵团148团境）、东湖城(今兵团149团境)等地。公元1840年前，玛纳斯军屯士卒千余人，种地2. 8万余亩。民屯有民户3 800多户，种地11万余亩。1864年7月，绥来回民起义，攻占县城，杀死知县，焚毁塔西河屯所，屯田遭受严重破坏。赵体学为了反抗妥得璘的民族仇杀，进行自卫，组织民团屯田生产，保护难民，有“练勇一千名，自备军粮”(《平定陕甘新方略》)。1873年景廉整编玛纳斯民团为振武左营，仍驻沙山子。东与驻马桥城子的高四民团互相配合，在西边同河西(今石河子）乡约“刘姓民团四百余名”(《平定陕甘新方略》)，互相支援，不断打击阿古柏和妥得璘军。
  徐学功民团于1871年被清政府命名为“定西营”，屯驻于乌鲁木齐南山。“分派营官专办营务”，“办理屯田，用雇军食”(<平定陕甘新方略》)。该部先后转战于西湖(今乌苏县）、布伦托海(今福海县）、昌吉、呼图壁、石河(今石河子）、玛纳斯，有力地打击了阿古柏侵略军。1873年，乌鲁木齐都统景廉将徐学功民团编为振武中营，屯驻于沙枣园（今昌吉县北80里的兵团105团），这里土壤肥沃，气候适宜，是屯田的好地方。当年的城堡和屯田的遗迹，仍清晰可辨。
  1875年，左宗棠任钦差大臣，督办新疆军务。金顺为帮办新疆军务兼乌鲁木齐都统。金顺把振武各营整编为马步四营，共2 000余人，由徐学功统领。屯驻在玛纳斯、昌吉以北一线“广开屯田”，保护粮道。当年粮食丰收所屯水田可有稻四五十万斤”。1876年西征军入疆，徐学功把这些稻谷全部作价给湘军为军粮(《左文襄公全集•书牍》)，支援了西征大军。
  塔尔巴哈台屯田区1840年前，塔尔巴哈台有屯兵400名，种地8 000亩；民屯有100多户，种地3 000余亩。塔尔巴哈台在与内地严重阻隔、粮饷断绝的情况下，为保卫祖国领土，与沙俄侵略者进行着不屈不挠、艰苦卓绝的斗争，不进行屯田是难以想象的。1865年塔城回民起义，攻破塔城，在阿訇石金斗的煽动下，汉族屯民惨遭屠杀。参赞大臣武隆额战死，千总甘涌被俘，手足被钉于门上惨死。所余七八十户，逃到布伦托海(今福海县）。
  1871年，清廷命荣全任伊犁将军，在徐学功民团护送下到塔城暂住(伊犁被沙俄侵占）。他积极组织军民屯田，调逃往俄境的索伦营军民和在伊犁的锡伯族军民安置在塔城苇塘湖等地屯垦生产，开荒种地，兴修水利。荣全并积极“督饬耕作”，“每年约得粮七八千石”(《平定陕甘新方略》)，保证了军队粮食供应。1873年底，清政府命察哈尔骑兵和宣化、大同两镇士卒千余人到塔尔巴哈台屯田戍守，仅仅二三年便“人烟辐辏”(《平定陕甘新方略》)，可见屯田的效果异常显著。
  参赞大臣锡纶于1878年，将所部“马步十营，分为十屯”(《平定陕甘新方略》)，到塔城北山边溢和巴尔克鲁山等边境地带，以屯代防。每屯均拨给牛具籽种，屯垦戍边，较好地制止了沙俄对中国领土的不断蚕食。荣全还积极招募关内农民来新耕种。1884年屯田军民收粮1. 1万多石，这对孤悬塞外的清军，能保证粮食供应，起了极其重要的作用。
  布伦托海屯田区清朝乾嘉时期，阿勒泰有清军数千人屯田，1867年清政府设布伦托海办事大臣，将因逃避民族仇杀而到此的大批汉族人民，选拔精壮者为兵勇，老弱者垦荒种地，兴修水利。共有“官屯四，民屯一”(《清史稿•食货志》)，一面作战自卫，一面屯田生产。并设屯田守备一人专理此事。
  清军所坚守的巴里坤、哈密、古城子、济木萨、布伦托海、塔城一线，虽然面积不大且很僻远，但它是清军收复新疆的前进基地。
  屯田生产对于清军的长期坚守和收复新疆，发挥了十分重要的作用。
  综上所述，可以认为，没有屯田，就不可能有清军及民团在边疆长达10年之久的坚守。哈密办事大臣在向清廷报告中谈到军队和民团之所以能长期坚守，“全赖屯田”供应粮糈(《平定陕甘新方略》)。没有新疆军民的屯田，就不可能有中国军民反侵略战争的迅速胜利。