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乌鲁木齐是新疆的军事重镇，扼南北疆的要冲，是从中原到西域的交通枢纽，战略地位十分重要。当平叛大军于乾隆二十二年(1757年)进至乌鲁木齐后，随即在乌鲁木齐、辟展、托克逊、哈喇沙尔、迪化、昌吉、玛纳斯分布绿营屯兵三四千名。1758年乾隆“用雅尔哈善、永贵等言，于辟展、鲁克察克、吐鲁番、乌鲁木齐、托克逊、哈喇沙尔规度官垦。是时馈馕犹亟，诫巴里坤至伊犁，循序增屯。……置新旧屯兵万七千，出帑三百万，备籽种诸用。而特纳格、昌吉、罗克伦均益兵广屯”(《清史稿•食货志一》)，谕令陕甘总督黄廷桂:“于绿营旗兵内，多选善于耕种之人，发往乌鲁木齐，明春即令试种地亩。量力授田，愈多愈善”(《清高宗实录》)。黄积极办理，据统计，到该年10月，清政府派往乌鲁木齐等地的绿营屯田兵达一万数千人。仅“特纳格尔、昌吉、罗克伦三地，已达五千名”。1759年“在乌鲁木齐五堡地方兴堡的八百名绿营兵，获得丰收”(《西域图志》)。
  清政府在统一新疆过程中，开始在乌鲁木齐建筑城垣和屯田营堡。乾隆二十五年，营屯规模进一步扩大，又先后建成迪化、巩宁二城。同时兴建惠徕、屡丰、宣仁、怀义、乐全、宝昌等营屯屯堡，平战结合。在乌鲁木齐都统所辖的境内，均建筑了大量的城堡和屯田堡垒，各屯区内陆续出现了集市和城镇。
  乾隆二十三年（1758年)七月，乾隆帝诏谕:“现在派往乌鲁木齐等地屯田兵丁，已至一万数千，所耕地亩亦必广阔……如有情愿携带家口者，即往准其带往。伊等既有家口，则分地垦种，各安其业”(《清高宗实录》）。
  是年，乌鲁木齐军屯丰收，获小麦6 100多石。11月，陕甘总督黄廷桂奏准:把乌鲁木齐屯兵增至13 400人，增拨籽种2 400石，农具7 000副，并动员商民造车3 800辆，以扩大屯田生产。
  1762年，乌鲁木齐已有营屯五处。该年秋，“乌鲁木齐屯田兵四千名，挈眷前来者，一千八百有奇”(《淸高宗实录》)。
  军屯开始，屯田绿营兵由陕甘诸提镇轮流派往乌鲁木齐，屯田期满，屯兵返回原派提镇。陕甘诸提镇距乌鲁木齐，近者千里，远者数千里，屯兵往返，耗资甚巨。同时，“初到时俱不能熟悉耕种，迨指教方熟，又届换班之期”。特别是乌鲁木齐一带，由于多次兵燹和瘟疫大流行，千里沃野，有地无人。为了开发边疆和屯田实边的需要，清廷提倡和鼓励屯兵搬眷到屯。约在1768年，兵屯全部改为携眷屯兵(《清高宗实录》)。携眷兵在建制上已完全脱离了原派出的提镇系统，正式纳入乌鲁木齐驻军的建制。乌鲁木齐驻军中，绿营兵丁分为两部:一部为驻防军;一部为屯田兵。绿营的基本组织是营，屯田兵也以营为基本单位。营下设屯，屯是兵农合一的基层生产单位，每屯士兵百名左右。
  乾隆三十五年（1770年），乌鲁木齐地区有中营七屯、左营六屯、右营八屯、吉木萨尔五屯、玛纳斯四屯、库尔喀喇乌苏二屯、精河二屯，屯区人数共5 700人。一兵所获粮食，多者逾18石，少者亦十三四石以上。
  乌鲁木齐垦区34屯，5 700名屯兵，按每人种地20亩计，共垦田11. 4万亩。到乾隆末年，虽然几经裁撤，仍有62 118亩，到嘉庆中期为59 467亩(《新疆识略>)。
  乾隆四十二年（1777年），乌鲁木齐屯垦区共有屯田士兵6 013人，其分布情况如下：乌鲁木齐中营屯区。
  乾隆二十三年兴屯，据《乌鲁木齐政略》记载：四十二年设屯兵1 066名，屯田2. 2万余亩，以参将督领。其中:辑怀城133名，土墩子133名，怀义堡133名，屡丰堡133名，宣仁堡133名，惠徕堡133名，阜康城88名，头道湾头工90名，头道湾二工90名。
  乌鲁木齐左营屯区(在今昌吉市一带）。
  乾隆二十三年兴屯。二十五年（1760年)有屯兵500名，屯田10 300亩。其中，宝昌堡屯田2 200亩，乐全堡屯田2 200亩，皆在头屯河东。二工屯田3 200亩，三工屯田3 200亩，皆在三屯河东。
  到乾隆四十年（1775年）兵屯地扩大到65 348亩(《西域图志》屯政1)。四十二年置屯兵1 066名，屯田22 000余亩，以游击督领。其中：头工148名，二工148名，三工148名，四工148名，甘标头屯90名，二屯90名，宝昌堡147名，乐全堡147名(《乌鲁木齐政略·屯田》）。
  乌鲁木齐右营屯区。
  乾隆二十三年兴屯，四十二年（1777年)设屯兵1 066名，屯田2. 2万余亩，以都司督领。其中:头工153名，二工153名，三工153名，四工153名，五工152名，六工152名，土古里克差屯150名(《乌鲁木齐政略•屯田>)。
  济木萨屯区。
  乾隆三十三年(1768年)兴屯，开始有屯地2万亩。四十二年设屯兵875人，种地约1.5万亩，由参将督领。分为吉木萨、双岔河、柳树河、三台、特纳格等五屯，每屯155名至230名不等(《乌鲁木齐政略•屯田》）。
  玛纳斯屯区。
  乾隆二十七年（1762年)屯田1 700亩，到乾隆三十年(1766年)增加到4 000亩。四十二年(1777年)发展为2. 8万余亩，设屯兵1 400名。分为左右二营。左营有禾丰工、稼茂工、广裕工、瑞成工、亨有工、源兴工、松盛工七屯。右营有丰盈头工、恒裕工、庆稔工、广润工、大有工、千仓工、万储工七屯。每屯均有屯兵100名，以游击都司督领(《乌鲁木齐政略•屯田》)。到乾隆六十年（1795年）屯田面积增加到93 595亩(《新疆识略》)。
  库尔喀喇乌苏屯区。
  乾隆二十七年屯田5 400亩，设有屯兵270名。三十年裁减，有屯地3 636亩，屯兵180名，以都司督领。
  晶河屯区。
  乾隆二十七年（1762年），设有屯兵270名，屯田4 050亩。三十年以后裁减，屯地3 360亩，有屯兵168名，以都司督领。
  乾隆二十九年（1764年)五月，乌鲁木齐总兵移驻巴里坤，巴里坤提督驻迪化，改称乌鲁木齐提督，负责管辖乌鲁木齐、喀喇巴尔噶逊、阜康、奇台、巴里坤、昌吉、玛纳斯、库尔喀喇乌苏和晶河等地绿营官兵的驻防和屯田事务。是年乌鲁木齐军屯获得丰收，2 900名屯田士兵，收粮5.7万多石，人均收粮19石。以亩产一石计，当时军屯面积达5. 7万余亩，乾隆六十年（1795年）乌鲁木齐提督所属各营，共有屯军3190人，屯田62118亩。
  嘉庆七年(1802年)二月，乌鲁木齐绿营兵新开芦草沟和头屯河两处屯田。
  乾隆年间，贬到新疆的翰林院侍读学士纪昀，目睹当年的屯田盛况写下了著名的诗句:“秋禾春麦陇相连，绿到晶河路几千，三十四屯如绣错，何愁转粟上青天。”以往塞外万古荒漠，当时已变为千里翠绿了。