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即以汉族士兵组成的绿营兵丁屯田，这是新疆清代屯田的主要力量。绿营虽是清代的正规军，但其地位远在八旗之下。因此，屯田、运输等庞杂艰苦的军事任务，主要由绿营兵丁承担。军屯是清代屯田的主要力量。每卒一般授田20亩，每屯士兵百名，种田2 000亩上下。《清史稿•食货志一》卷120记载：乾隆“二十三年(1758年）……定章百兵一屯，地亩人二十，分小麦十一，谷七，青稞豌豆各一”。乾隆三十二年(1766年)木垒“额定屯兵五百名，种地一万亩”(《清高宗实录》)。实际上有的超过二十亩。由官给种子、耕牛、农具。每卒纳粮12—18石,视地肥瘠有差。屯田士兵，开始三年一轮，以后改为五年。“新疆各处屯防兵，均由陕甘二省绿营兵派往，向例三年更换，嗣改五年一换”(《清高宗实录》)。每人每月发饷银一两，而内地所发粮饷,家属支请如故。实际上，换班屯兵支领双份粮饷。所以许多士卒“故多乐往”(纪昀《乌鲁木齐杂诗》)。换班兵屯田弊病颇多，“初到时倶不能熟悉屯种，迨指教方熟，又届换班之期。其新换班之官兵到屯，一时不能有效”(《乌鲁木齐政略》）。以后又逐步改为携眷永驻，屯田戍边。乾隆二十三年(1758年），乌鲁木齐等处屯田连获丰收，余粮甚多。清廷谕令:“此项屯田，有情愿携带家口者，即行准其带往，伊等即有家口，则分地垦种，各安其业”(《清高宗实录》)。为了鼓励驻防屯兵携眷，清政府规定：凡屯兵搬眷到屯，费用官给，“每口每百里给盘费一钱二分，小口减半，每三名给车一辆（《清高宗实录》)。于是携眷驻防屯兵就迅速增加，从乌鲁木齐逐渐扩展到巴里坤、木垒、古城、精河、伊犁、哈密……等地。据《钦定新疆识略》等书载，道光年间各屯区携眷兵已达6 100余名。
  为了加强对军屯的组织领导，“调派武职以专其成，特置重臣以董其事”(《西域图志》)。新疆设有屯田总兵，负责屯田的管理；还有管屯副将、管屯参将、游击都司、守备、千总、把总、外委各员等，并有严格的奖惩制度。据《新疆图志》所载，到乾隆四十二年新疆屯兵达13 904人，种地283 108亩，岁获粮14. 3万余石，成为新疆军粮的主要来源。