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噶尔丹杀僧格次子而自立为汗时，其长子策妄阿拉布坦与僧格时的旧臣7人，率部5 000人逃居吐鲁番，遣使先降，清廷允之。
  策妄阿拉布坦乘噶尔丹南侵失败之际，迁回伊犁，游牧于博尔塔拉河。用其七友收集旧部，杜尔伯特台吉给予支持，势力渐振，辟地至额尔齐斯河，遂有准部大半。及康熙三十六年歼灭噶尔丹时，策妄阿拉布坦献噶尔丹尸，康熙以策妄阿拉布坦似“外驯昵”，遂划阿尔泰山以西至伊犁供策部统辖，于是成为西域大部落。
  策妄阿拉布坦既统准部，野心勃勃，欲思吞并四部。“先娶土尔扈特阿玉奇汗女，乃离间阿玉奇子携众万五千户而没入之。”“复娶和硕特拉藏之姊，而赘其子丹衷于伊犁。乃率师入藏，袭杀拉藏汗，并掩杀其次子之在青海者”（《圣武记》）。致使两部为其所并，杜尔伯特部久为所属，遂自立为汗。康熙以其“左右吞噬，驰突奔逸，将不可制”。公元1715年，准部骑兵2 000南掠哈密，清驻军200合回兵奋勇抵抗，准骑退去，清廷得报准噶尔部还要来侵扰。康熙怒，于是谕各大臣:“哈密编旗队无异内地，安可置之不问。”他紧急派员向哈密运送粮、米、牛、羊和银两，以资救济。随即遣大军屯巴里坤以防之。康熙五十八年，命皇十四子为抚远大将军，亲师青海；由两将军率军由川、青两路入藏，拥立达赖，破厄鲁特众，绝其南牧。遣两将军分屯巴里坤和阿尔泰，以震其西。但是要进兵新疆,彻底解决策妄阿拉布坦，关键是兵和粮，主要是粮。康熙说:“今欲用兵，兵非不敷，但虑路远，运饷殊难”（《清圣祖实录》)。京师距伊犁1. 6万里之遥，是远征昭莫多行程3倍以上，沿途沙碛戈壁，赤地千里，条件更加恶劣，若冒然进军，“米粮焉能接济”(《清圣祖实录》)。他把解决军粮的办法从长途运输转向屯田。
  康熙54年初，下令勘察可耕地亩，以备屯田。他谕大臣说:“今岁停止进兵，俟种地及一应事务予备完毕……再行定夺。”“若种地得收，则诸事甚易。”(《平定准噶尔方略》前编）。
  屯田分为两路:北路屯田和西路屯田。
  一、北路屯田北路屯田创于康熙五十四年（1715年），该年春，策妄阿拉布坦进犯哈密并“侵略五寨”，清廷西北两路出兵征讨。七月，右卫将军费扬古率军进驻扎布罕河、特斯河一带。“以屯田事询喀尔喀土谢图汗，据称:苏勒图、哈拉乌苏、拜达拉克河、明爱、察罕格尔、库尔奇勒、扎布罕河、察罕瘦尔、布拉罕口、乌阑固木等处，俱可种地”(《清圣祖实录》)。经过勘察，相继在科布多一乌兰固木屯垦区、鄂尔斋图杲尔屯垦区、莫岱察罕瘦尔屯垦区;鄂尔昆一图拉屯垦区、额尔齐斯屯垦区，兴水利，驻军屯田。科布多-乌兰固木屯垦区该垦区在今蒙古国境内。见于记载的有乌兰固木、科布多、阿尔滚固哲、西巴里鄂希、那马尔济虎、勒尔察汗郭尔、特里、阿尔泰。
  这里地方辽阔，开垦之处颇多，原系厄鲁特等耕种好地(《清圣祖实录》)。康熙五十五年初（1716年)清廷“令付尔丹率善种地之土默特兵一千人携种籽、农具前往耕种”(《平定准噶尔方略》)。以后增派绿营兵丁，开渠引水。乌兰固木之特里河畔“每种麦一斗，收麦二石有余”。收获粮食，“以骆驼运至乌巴萨池，再以渡水小船运过特思河至营，不至劳费，而于兵饷大有裨益”(《清圣祖实录》）。康熙六十一年(1722年)总理屯田事务苏永祖呈称:“……在科布多，乌兰固木等处开垦耕种，因土沃水裕，今年所得麦子，一倍收有六倍，爰清明年添种千石”（《清圣祖实录》)。千石种子，可种万亩。这仅是屯地一处，可见科布多一乌兰固木屯垦区规模是不小的。
  鄂尔斋图杲尔屯垦区这一屯垦区，“居喀尔喀游牧地方之中”(《清圣祖实录》)，距杀虎口 36站。“田地沃饶，四时寒暑与内地相同”(《清圣祖实录》），康熙五十八年(1719年)振武将军付尔丹奏请筑城驻兵屯田。至此，屯田迅速发展。六十一年(1722年），付尔丹奏报:“鄂尔斋图杲尔等处地方，屯田收获糜子、青稞、麦子共一万二千石有奇”(《清世宗实录>)。屯田面积当在万亩以上（以亩收一石计）。
  莫岱察罕瘦尔屯垦区位于今蒙古国乌里雅苏台南部。康熙五十八年(1719年)将军付尔丹奏称:“莫岱察罕瘦尔与鄂尔斋图杲尔二处，各筑一城，每城宜盖房两千间。自鄂尔斋图杲尔至莫岱察罕瘦尔，宜设立十一站”(《清圣祖实录》）。康熙六十一年因该区欠收，清政府决定将屯卒、农具“移至科布多、乌兰固木地方耕种”。原屯垦区交由发遣罪犯耕种(《清圣祖实录》）。雍正十年（1732年）上谕云：“察罕瘦尔城甚小，止可屯积粮石，是以顺承亲王，又修木城”，因该城是为屯积军粮而建，故又称粮城(《蒙古游牧记》卷10,札萨克图汗部）。
  鄂尔昆一图拉屯垦区垦区位于今蒙古人民共和国杭爱省相邻处，地处河谷地带，宜于农业。雍正三年(1725年)振武将军穆克登奏呈:“鄂尔昆一带尚有昔人耕种及灌水沟渠旧迹，图拉等处，现有大麦、小麦，并非不可开垦之所”(《清世宗实录>)。四年(1726年)试种麦糜、青稞，俱可成熟。五年(1727年)屯区产瑞麦，“有一茎至十五穗之多”。（《清世宗实录》)由大同总兵官马觌伯进献。七年（1729年)“鄂尔昆，集尔麻泰、图拉三处屯田，收获大麦、小麦、糜子共七千五百五十石有奇”(《清世宗实录》）。十三年（1735年）鄂尔昆修筑大城，“周长一千八十丈，四面开三门，……南门设银库，米仓”(《清高宗实录》)，屯积粮饷，鄂尔昆屯垦区年收粮高约达二万石(《清世宗实录>)。以亩产石粮计，面积在2万亩左右。
  额尔齐斯屯垦区屯田于伊苏图、铿格尔地方。
  二、西路屯田西路屯田，开始于康熙五十五年初（1716年）。康熙五十四年,清准战事再起，清军进抵哈密。右卫将军费扬古奏称:“哈密地方，亦可耕种，应行文将军席柱、尚书富宁安，将西吉木、布隆吉尔等处勘明具奏”(《清圣祖实录>)。五十五年初，户部尚书富宁安査勘后认为“巴里坤以东，肃州以西，俱有可耕地亩”。奏准开屯耕种，从此时起自巴里坤至河西凉州陆续广开屯田，输粮供西路军需。
  西路屯田有军屯、民屯两部分。
  军屯在新疆境内的有巴里坤、吐鲁番、哈密三处。
  巴里坤屯垦区巴里坤是新疆的东大门，“险扼全疆、路达南北”，具有重要的战略地位，是西路军屯兵要地。康熙五十五年(1716年)春，清廷派绿营兵500名专事耕种(《平定准噶尔方略》前编），“尚有满州绿旗兵丁 750名，尽可足用”(《清圣祖实录))。当年所种的青稞、大麦均获丰收。秋末玄烨派员亲赴巴里坤军前“阅视满汉官兵，共立二十三营，周围二百余里，军势雄壮，首尾相应”(《清圣祖实录》)）。巴里坤屯田主要在杜尔博尔金、哈喇乌苏。康熙五十七年，在杜尔博尔金等地所种之青稞，运至军营500余石。“杜尔博尔金因离营近，是以将历年所收之谷，派令满洲、蒙古、绿旗官兵，以己力运至营中，并未动用钱粮雇运”(《清圣祖实录》)。康熙六十一年，巴里坤屯田收获的青稞达到15 070石。
  雍正元年(1723年)收获青稞21 060石，连年屯种得收。雍正四年(1726年)清准（即准噶尔部)议和，巴里坤屯田一度放弃。雍正七年(1729年），清、准关系再度紧张，清军再次进驻巴里坤。宁远大将军岳钟琪率军8 000人二次进疆，驻巴里坤，于当地筑城兴屯，边屯田边戍边。八年，“巴尔库尔、图呼鲁克等处屯田收获青稞三万六百八十石有奇”(《清世宗实录》)。九年，岳钟琪奏呈云:“至于各营屯田，亦俱在军营以东，联络不远，现在播种，共拨兵丁 5 000余名”(《清军机处副录奏折》)。十一年（1733年)青稞收获多达46 100石。若以每丁20亩计，屯地约在10万亩左右。雍正十二年(1734年)清、准议和，巴里坤屯田再次中断。
  哈密屯垦区哈密是汉唐屯田基地。康熙三十五年(1696年），哈密伯克额贝都拉归附清朝，次年被清廷封为哈密王。康熙五十五年（1716年)上谕:“哈密所属布鲁尔、图呼鲁克接壤之处……俱可耕种，应各令派人耕种，给予口粮、牛、种”(《清圣祖实录》)。随即命副都统苏尔德领军在哈密、巴里坤等地募兵屯田。这年十月“图呼鲁克、哈喇乌苏等处，所种之地，俱已收获”。康熙五十五、五十六、五十七等年，官种所收之谷，俱用官驼轮流运至营中。康熙五十八年十月，图'呼鲁克所种青稞，原想雇运至营，但图呼鲁克处于旷野之地，难以觅雇夫骡车辆。考虑到兵丁急需，用官驼将3 100余石青稞运至营中(《清圣祖实录》)。雍正二年（1724年）哈密屯区收粮1 746石。雍正三年(1725年)清准议和，清军撤走吐鲁番和巴里坤的屯军。在哈密留军一千余人，屯田戍边，以观察准部动向，防止其侵犯。当年塔勒纳沁、图呼鲁克等处屯田收获青稞8 932石，雍正四年高达11353 石。
  雍正七年(1729年)清军二次进驻新疆东部巴里坤，清军在哈密东200里的塔勒纳沁(今哈密沁城乡）开始屯田，当年收粮4 000石。雍正七年(1729年)“议垦哈密及塔勒纳沁地。八年，获麦、青稞6 400石”(《新疆识略.哈密屯务》）。
  雍正十二年（1734年)副将军张广泗奏明：“于哈密蔡把什湖地方，勘得荒地，由榆树沟水口开渠引灌，可垦荒五万亩，建议派军屯垦”(《新疆识略.哈密屯务》）。十三年（1735年）哈密屯军开始在蔡把什湖屯田。当年，宁远大将军査郎阿等奏:“留哈密兵二千，以屯田则不敷”，“应以留驻巴里坤兵二千，再增一千，悉驻哈密，合兵五千，则兵力不分巡防、屯牧，咸可办理”(《清世宗实录》)。五千屯军，分驻四处屯田，即哈密西的三堡、沙枣泉、哈密东的塔勒纳沁，各驻军一千屯田，哈密东南的蔡把什湖，驻军二千人，开垦荒地1万亩，熟地3 000亩，每年收获小麦、糜子、粟谷共8 000石。
  塔勒纳沁在哈密城东北200余里。康熙五十七年(1718年）由哈密额敏伯克命维吾尔农民在此耕种，称为回屯(清代称伊斯兰教为回教，称维吾尔人为回民）。但规模很小，次年才收了 608石。哈密至巴里坤中隔天山库舍图岭，因清兵运粮，往来人马车辆增多，驻军便在沿途安设台站。
  吐鲁番屯垦区吐鲁番位于乌鲁木齐以东，“服属于准噶尔，岁有纳输”(常钧《敦煌随笔》卷上回民五堡）。康熙五十四年（1715年），清将军席柱在进军乌鲁木齐战役计划中提出：“吐鲁番与哈密接壤，且系策妄阿拉布坦咽喉要地，不可不先取”(《清圣祖实录》)。康熙六十年（1721年)七月，散秩大臣阿喇衲率军进驻吐鲁番，十二月，康熙帝谕:“吐鲁番现驻官兵，其可种之地甚多，总督鄂海、按察使永泰，在大将军处无甚事务，着前往吐鲁番地方，种地效力”(《清圣祖实录》卷295)。六十一年(1722年)正月，清廷从巴里坤调绿营兵五千赴吐鲁番“筑城、种地、驻防”(《清圣祖实录>)。雍正元年收粮9 330余石(《清世宗实录》）。雍正二年（1724年）收粮5 540石(《新疆识略.吐鲁番屯务>)。雍正三年(1725年)清、准议和，清军主力东撤，但“将种地兵—千名，暂留彼处，交于副都统克什图管辖”(《清世宗实录》)。当年收糜麦6 090石，不久便放弃了。
  雍正七年(1729年），清军再次进驻吐鲁番，在当地维吾尔人的支持下，屯田戍边。九年，宁远大将军岳钟琪奏称:“吐鲁番地方饶沃，宜广为屯种……屯种之农具、种籽，宜预为办运”(《清世宗实录>)。噶尔丹策零不断派军袭击围攻吐鲁番各城，巴里坤数次驰援。雍正十年(1732年)十月，清廷将吐鲁番人迁往瓜州。清军撤，吐鲁番屯田放弃。
  雍正五年(1727年)策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位。
  噶尔丹策零黩武好胜，图谋向喀尔喀扩展，胤祯决定西北两路大军从科布多(今外蒙古科布多省会布扬图河畔)和巴里坤出兵会击伊犁。噶尔丹策零表示愿与清朝修好，缓兵期间，准噶尔出兵2万突袭西路清军，清与准部关系进一步恶化。
  雍正九年(1731年)六月，准噶尔派人到科布多清军北路大营诈降。说噶尔丹策零先遣部队不过1 000,现在科布多以西的博克托，不堪一击。清将贸然遣兵4 000奔袭，途中被早已埋伏在山中的准噶尔军队包围。清军的援军大部被紧紧包围在科布多以西200里的和通泊。这一役，北路清军损失惨重，一万多清兵，逃回科布多者仅2 000人。噶尔丹策零乘胜挥军突袭喀尔喀。喀尔喀亲王额附策零英勇善战，率蒙古兵2万夜半间道，黎明时分突自山上大呼压下，两军相遇于鄂尔浑河畔的额尔德尔尼昭(即光显寺）。激战3日，准噶尔大败而逃。光显寺一战，准噶尔部损失惨重，元气大伤，遣使请和。遂划定牧区界限，准噶尔部在阿尔泰山以西放牧，不得越过界东，而喀尔喀部在阿尔泰山以东放牧，不得越过界西。局势暂时得到缓和，以后维持了将近20年的和局。