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蒙元疆域，横跨欧亚，成吉思汗西征，西域是蒙军的前进基地。
  以后诸王为争夺大汗位而发动的叛乱，西域又是主要战场。对西域的战略地位，都异常重视。从成吉思汗到元朝统一中国之后，对西域进行管辖的主要措施有：1.分封汗国。
  成吉思汗晚年，西征回到和林后，于1225年春，将其征服的土地形成的蒙古汗国，分封给四个儿子。
  钦察汗国，封给长子术赤，于里海之北，辖有原康里及钦察诸国旧壤。后来，其子拔都西征,被征服的俄罗斯诸国亦属于钦察汗管辖。建汗帐于萨莱，又称金帐汗国。
  察合台汗国，封给二子察合台。即原西辽之故壤，位于阿姆河以北，伊犁河流域，河中地区，葱岭内外，焉耆以西的塔里木盆地皆属之。汗帐建立于阿力麻里附近的虎牙思。
  窝阔台汗国，封给三子窝阔台。原乃蛮之故地，辖有天山以北，巴尔喀什湖东南，阿尔泰山区域，包括塔城及阿勒泰地区和蒙古的西部，汗帐设在叶密立城(今额敏县东南）。
  伊儿汗国，宪宗蒙哥命其弟旭烈兀西征后，以其所征之地建立伊儿汗国。辖阿姆河以西南至于阿拉伯、小亚细亚之地，包括原波斯、大食等国。建都蔑剌哈(今伊朗阿塞拜疆马腊格）。
  四子拖雷，依蒙古风俗，称幼子为“斡赤斤”，意为“守灶”，即承袭家产之意，故封于蒙古本土，都于和林。
  高昌回鹘亦都护巴尔术阿尔忒的斤，由于及早降附蒙古，受到成吉思汗的特别优待，让“仍领其地及部民”。
  在封地中，他们可以在自己的封地征收赋税。地方军政则由蒙古本部的大汗委派官员去治理。
  先后分封的汗国中，察合台和窝阔台汗国的大部，畏兀儿地的全部，均在西域。
  2.设置达鲁花赤。
  成吉思汗征服西域和中亚之后，就在这些地设置达鲁花赤(断事官），意即总辖长官，位居当地官员之上。由蒙古人(少数色目人)担任。以建立蒙古帝国的统治。
  据《元史》卷1记载：“太祖十八年（1223年）夏，避暑八鲁弯川。皇子术赤，察合台，窝阔台及八剌之兵来会,遂定西域诸城，置达鲁花赤监治之，和田、喀什噶尔、叶尔羌、古先答邻勒(今库车）等城，设有蒙古人担任的达鲁花赤。最早归附成吉思汗的畏兀儿地，亦于太祖六年（1211年）“置达鲁花赤监之”(《新元史.地理志六》)。
  元朝建立之后，汉人不能任正官。多数行政机关及各路、府、县，均设有蒙古人充任的达鲁花赤，以掌印办事，握有实权。
  3.设置军政机构。
  蒙哥汗即位后，为了巩固帝国中央政府在西域的统治，于公元1251年，设置别失八里行省，执掌西域的军政事务。“宪宗元年六月，以讷怀，塔剌海，麻速忽等充别失八里等处行尚书省事，暗都剌兀尊、阿合马、也的沙佐之”(《元史•宪宗纪三》）。
  行中书省是元朝地方最高行政机构，简称行省,《元史•百官志七》称:“行中书省，凡十，秩从一品。掌国庶务，统郡县，镇边鄙，与省都为表里，国初，有征伐之役，分任军民之事，皆称行省，未有定制。中统、至元间，始分立行中书省，因事设官，官不必备，皆以省官出领其事……凡钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之。至元二十四年，改行尚书省。”行省的主要官员有丞相一，平章二，左、右丞各一，参知政事二员。
  至元十二年（1275年），忽必烈为了对付海都的叛乱，设立了阿力麻里行省。
  设置宣慰司。“至元十八年（1281年），立别失八里宣慰司都元帅府，兼领哈剌火者。适公直入观，进辅国上将军，即拜别失八里都元帅”(《蒙兀儿史记.綦公直传》)。“宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则止为元帅府。其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使(《元史•百官志七》)。”可知宣慰司是行省和郡县之间的一级行政机构。以后分别在和州(今吐鲁番）、斡端(今和田）设置宣慰司都元帅府，管辖各地的军政事务。
  在畏兀儿地还设立提刑按察司、交钞提举司等司法、财赋机构，计亩征税，发行交钞，一如内地。
  4.建立驿站。
  为了加强西北地区与中原的联系及军政上的需要，元朝在从河西走廊通往西域的古丝绸之路南北两线，设置了新的驿站。北路以别失八里和彰八里(今昌吉)为枢纽之地，由当地官员负责管理。
  “至元十八年(1281年)立自太和岭(今山西省雁门以北）至别失八里三十处新站”(《元史.世祖八》)。“至元二十二年（1285年），立别失八里驿传”(《元史.世祖十》)。同年“置畏兀儿驿六所”(同上书）。
  南路通过塔里木盆地的南缘，一直到沙州，与河西走廊的驿站相连，设置了 13个水站和一些驿站。“至元十一年（1274年)立于阗、鸦儿看（莎车）两城水驿十三，沙州北陆驿站二”(《元史.世祖五》）。 “至元二十三年（1286年），立罗不(若羌）、怯台（且末西南），阇鄘（且末县）、斡端(和田）等驿”(《元史.世祖十一》)。马可•波罗就是从中亚经过这条路到达大都的。
  5.组织屯田。
  是元朝政府在西域进行统治的重要措施之一，以解决军队的粮饷供应和恢复生产。
  第五节元朝在西域的屯田元世祖忽必烈十分重视屯田，大力倡导:“古者寓兵于农，汉魏而下，始置屯田为守边之计，有国者善用其法，则亦养兵息民之要道也。……海内既一，于是内而各卫，外而行省，皆立屯田，以资军