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西域和中原，在古代就有接触和交往。在河南安阳的一座古代王室墓中，出土了各类文物1 928件,其中玉器就有756件。经科学鉴定，“基本上都是和田玉”，“距今3 200年”。中国考古工作者还在新疆的阿拉沟、五堡、艾丁湖的发掘中，发现有来自中原的丝织物、漆器、刺绣、铜镜等。这些珍贵的文物告诉我们，早在先秦时期，中原和西域的人民就有着密切的联系。
  公元前206年，刘邦统一中原，建立西汉。经过60余年的休养生息，封建经济空前发展，国力强盛。公元前141年，雄才大略的汉武帝刘彻即位，为了反击匈奴奴隶主对边境的不断侵扰，两次派张骞出使西域，以联合乌孙等国共击匈奴。公元前101年贰师将军李广利伐大宛后，汉廷随即派使者校尉率士卒在轮台屯田。这是汉朝在西域设立的最早的官员，实际上是西域都护的雏形。
  公元前60年，匈奴统治集团内讧，驻西域的日逐王先贤掸身处危境欲降汉，汉廷命郑吉率屯田士卒1 500人及龟兹、渠犁诸国数万人迎降。先贤掸归汉后，匈奴驻西域的“僮仆都尉”自然撤销，汉中央政府在西域设都护。郑吉因迎降日逐王有功，被任命为第一任西域都护。都护的办事机关称都护府，设在乌垒城(今轮台县境）。西域都护是西域的最高地方长官，西域36国皆在都护管辖之下，西域从此列入祖国版图。都护的属官有丞、司马、侯、千人长等。
  但当时的体制仍允许西域各国保留自己的统治机构，除国王外，各国还有副王、大禄、翕、侯、相、将、都尉、城长、译长等官吏。西域都护代表汉王朝给各国国王、官吏颁发印绶。国王得到金制的印、紫色丝线做的绶带;官吏得到铜制的印、黑色丝线做的绶带。据《汉书•西域传》载:佩汉印绶者“凡三百七十六人”。
  早在渠犁、车师和伊循屯田时，汉朝派“校尉”等管理。公元前48年，汉政府为进一步发展屯垦事业，在车师设戊己校尉，驻高昌壁(今吐鲁番高昌古城）。戊己校尉直属中央政府，不归西域都护管辖。戊己校尉所统领的将士，无事时屯垦种植，有警时武装出征。西域都护必须经中央政府同意，才能调动戊己校尉的兵力。西汉平时屯田士卒约2万余人，屯田点分布在“丝绸之路”的战略要地上及乌孙国都附近。由于西域的统一，屯田的发展，来往使者及商贾僧侣的食宿以及安全有了保障，于是出现了丝绸之路的繁荣时期，这时主要是活跃在南路和中路。
  西汉末，王莽篡汉，西域乱。匈奴乘机统治了西域。西域各族人民不堪匈奴重敛，“咸乐内属”。公元29年，东汉光武帝刘秀册封莎车王康为西域大都护。公元73年，派大将军窦固、耿忠北击匈奴，取伊吾，随即在此设置屯田官宜禾都尉率领士卒屯田。同一年班超南下服鄯善、于阗及疏勒等国，并组织力量反击匈奴势力，西域重归统一。设都护府于龟兹它乾城(今新和县西南），任命陈睦为都护，命耿恭为戊校尉，率军在天山以北的军事重镇金满城(今吉木萨尔）屯田。命关宠为己校尉，率士卒在柳中屯田。此时汉与匈奴反复争夺，公元91年，东汉重新统一西域后，任命班超为西域都护，都护府设龟兹。
  公元123年，东汉以班勇为长史（取代都护），屯田柳中，先后转战龟兹、姑墨，平定了匈奴势力的扰乱，西域再次统一。
  从东汉覆灭到隋唐统一全国，历时300余年，历经三国、两晋、南北朝和隋王朝的更替，但西域与中原的联系一直未中断过。
  三国时，曹魏继承东汉统有西域，承汉制，特派张恭为戊己校尉，进驻西域高昌，率士卒屯田。《三国志•魏书》称:“黄初二年，下诏褒扬，赐恭爵关内侯，拜西域戊己校尉，数岁征还。”在西域设长史驻海头（罗布淖尔附近），置20道，在哈密设置伊吾县，隶敦煌郡。公元222年，在哈密置宜禾都尉，管理屯田。西晋司马炎王朝，仍承袭汉制，设西域长史驻海头（一说驻楼兰），戊己校尉驻高昌，监护西域各地。西域各地首领也多接受西晋的册封，西域各国及鲜卑、匈奴的首领，均率众臣属于晋。
  公元316年，西晋亡，中国北方出现了许多割据政权,但都没有放弃对西域的管辖。前凉张骏执政时，在西域设西域都护和戊己校尉;在吐鲁番地区设高昌郡，任命太守管辖，郡以下设县、乡、里。
  4世纪中叶，氐人贵族苻氏以今陕西为中心建立了前秦王朝。
  公元382年前秦派将军吕光率士卒七万铁骑五千“讨定西域”。次年，吕光的大军过高昌，越焉耆，抵龟兹。龟兹王与狯胡、温宿、尉头联兵反抗，被吕光战败，克龟兹城，西域各地首领纷纷臣属。苻坚命吕光为使持节散骑常侍，都督玉门以西诸军事、安西将军、西域校尉。不久，前秦亡，吕光率军东返姑臧(今武威），建立后凉王朝。他派自己的一个儿子吕覆为使持节镇西将军，都督玉门以西诸军事，西域大都护，镇守高昌。以后的西凉、北凉等王朝，也统治了西域的部分地区。
  公元386年，鲜卑拓跋部首领拓跋珪建立北魏王朝。其后太武帝拓跋焘统一了中国北部，西域的车师、焉耆、鄯善王派使至魏朝贡。北魏派高明、董宛等六人出使西域到达乌孙等地。接着鄯善、车师、焉耆、龟兹、疏勒、朅槃陀、乌孙、悦般、破洛那（前苏联费尔干）和者舌(前苏联塔什干）、粟特等地，也先后派使者至北魏首都平城(今山西大同）表示臣属。
  公元443—445年，北魏连胜柔然，在罗布淖尔设鄯善镇、焉耆镇。命韩跋为使持节征西将军、领护西戎校尉、鄯善王。驻守鄯善，管辖西域。
  从北魏到隋朝建立，中原处于南北朝对立局面，时间长达近200年。这期间，中原与西域的经济、文化交往，仍未间断。高昌、焉耆、疏勒、朅槃陀、于阗及鄯善等地，多次派人到内地向北魏、西魏、北周、梁等王朝纳贡，表示臣属关系。公元581年，隋文帝杨坚建立隋朝，逐步结束了中原数百年分裂割据的局面。隋文帝派杜行满与韦节等人出使西域。608年杨广派薛世雄和裴炬率军进驻伊吾，在伊吾城东再建新城。留银青光禄大夫王威及士卒1 000人戍守屯田，保护商旅交通。609—610年，隋于西域设鄯善郡、且末郡和伊吾郡，郡下设县，继续推行中原地区的行政体制。西域相率来朝的有高昌、焉耆、龟兹、于阗、疏勒、伊吾以及康国、石国、史国等30余国。隋设立西域校尉，负责处理有关事务。
  公元618年，唐王朝建立。西域兄弟民族的杰出代表、唐名将阿史那社尔和契苾何力在维护祖国统一，讨平西域割据政权的战争中，立下了赫赫功勋。盛唐时，唐朝统有里海以东的西域广大地区。唐王斬在西域实行两种行政管理制度：在伊州（州治在今哈密）、西州（州治在今吐鲁番）、庭州（州治在今吉木萨尔），实行与内地一样的郡、州、县、乡、里制度；另一种是都护府、都督府、州制度。
  设在龟兹的安西都护府下辖16个都督府，辖天山南路和葱岭以西广大地区。北庭都护府下辖昆陵、濛池二都护府，下隶30多个都督府，统管天山北路和巴尔喀什湖在内的广大地区。唐玄宗推行节度使制度以后，在西域设置安西四镇节度使和伊西北庭节度使，与安西、北庭二都护府并存。
  安西、北庭二都护府是唐王朝在西域的最高行政管理机构，也是西域军事统帅部。驻军有镇、军、守捉等数级。安西都护府下辖有安西四镇（龟兹、于阗、疏勒，碎叶——后改焉耆）和设在帕米尔高原上的葱岭守捉。北庭都护府统帅下的驻军重要的有瀚海军(驻庭州）、伊吾军（驻伊州——今哈密）、天山军（驻西州——今吐鲁番），平时唐在西域驻军4万余人。远离中原的这么多军队的粮饷供应，靠车载人负的办法从关内运到塞外，是十分困难的。为久远计，唐朝政府决定在西域大兴屯田，亦兵亦农，“有屯田以资糗粮”,“镇戍地可耕者，人给地十亩以供粮”(《新唐书•食货志》)。唐在西域屯田共56屯，种地28万余亩，遍布天山南北。屯田戍边对唐统一西域具有十分重要的战略价值。对东西交通的保障，显然发挥了巨大作用。于是兴起了丝绸之路的第二个繁荣时期。
  9世纪中叶，原居住在鄂尔浑河流域的回鹘（纥）人，由于内讧，加之遭受雪灾、瘟疫，遭到黯戛斯族的袭击，被迫西迁或南移，他们之中的一部分进入西域。其中在安西、西州立足的一支于公元848年建立西州回鹘汗国。回鹘与唐王朝的关系，一向是十分友好的。早在7世纪中叶，唐在平定阿史那贺鲁的叛乱中，回纥首领婆润曾亲自带领骑兵数万出征助唐，立下了功勋。公元757年“安史之乱”时，唐京长安失守，唐玄宗逃到四川，其子肃宗即位于灵武。
  回纥葛勒可汗派儿子叶护、将军帝德率领精兵5 000人，战马万匹，助唐平定了“安史之乱”，收复了长安。唐肃宗将女儿宁国公主嫁给葛勒可汗为妻。在唐代先后有五位公主出嫁回纥可汗。吐蕃进攻西域时，回纥曾给唐在西域的守军以很大的支援。
  继唐之后的五代十国，中原出现了战乱割据的局面。这时的西域也形成了互不统属的一些地方政权。其主要者有喀喇汗、高昌、于阗等。李圣天受后晋册封为大宝于阗王以后，受汉文化影响更深。他称唐朝为“故大朝”(从前伟大的朝代），表示自己的国家是唐朝领土的一部分。10世纪末，喀喇汗朝统一于阗，其首领把自己管辖的地方称为“下中国”，即中国的一部分，并自称“桃花石汗”(“桃花石”是当时西域人对中国的通称）。
  10、11世纪，中原形成辽宋对峙局面。辽王朝曾管辖过天山南北，在此设置阿萨兰回鹘大王府（阿萨兰意为“狮子”)、高昌大王府、于阗王府、黠戛斯王府和西突厥王府等统治机构。并册封大王、于越、司徒、节度使、都监、将军等官职。受命任职的有回鹘人、契丹人等。后来宋朝也派人出使西域，高昌王、于阒王、喀喇汗王都遣使向宋进贡，于阗王受宋册封为“归忠保顺〓鱗黑韩王”(〓鱗:于阗语为“金翅鸟”)。12世纪初叶，辽皇族耶律大石率部从阴山西迁起尔曼（前苏联乌兹别克共和国境内），建立了西辽王朝，设都城于虎思斡尔朵(契丹语:意为强有力的宫帐，该地位于今楚河流域）。统辖领域东至别失八里(吉木萨尔），西达咸海,南抵喀什噶尔、斡端(和田），北至巴尔喀什湖。西辽采用原先辽王朝的一套行政体制，凡设大王府、王府的地方，其首领和军队均接受西辽王朝的节制和调遣。
  13世纪初，成吉思汗统一了天山南北，尔后向中亚以西推进。
  成吉思汗在别失八里、阿力麻里(伊犁）、兀丹(和田）、乞思合儿(喀什噶尔)等地设立达鲁花赤(地方行政长官）。成吉思汗孙蒙哥汗还在别失八里和阿力麻里设立行尚书省，这是我国历史上最早建立的行省。
  元立国后，在新疆设元帅府、都护府以管理军事。设立按察使、宣慰使、提举司、交钞库、达鲁赤花、断事官等职官以管理民、刑、财政。元朝在西域亦实行屯田。据《元史》记载:“至元二十三年(1286年)遣侍卫新附兵千人屯田别失八里，置元帅府……十一月，遣蒙古千户，曲出等，总新附军四百人屯田别失八里(今吉木萨尔）。”另外的重点屯田区尚有阿力麻里(伊犁）、哈密、曲先(库车）、可失合儿(喀什噶尔）、阇鄘（且末）、于阗（和田）等地。其规模之大是空前的，进行屯田的军屯有蒙古军、汉军和西域新附军。民屯有甘肃河西、山西太原等地的移民和本地的维吾尔族及柯尔克孜族。
  元末明初，统治天山南北的是蒙古贵族察合台汗的后裔。他们分裂割据，互不统属。明王朝统一中原后，哈密首领安克帖木儿首先向明归顺，明廷册封其为忠顺王，并在此地建立哈密卫。游牧于准噶尔盆地东南部的瓦剌(后来的厄鲁特)蒙古首领马哈木等也附明入贡求封。明成祖封马哈木为顺宁王、太平为贤义王、把秃勃罗为安乐王。马哈木死后，其子脱欢统一瓦剌诸部，仍受明册封为顺宁王。此后于阗、哈实哈尔（喀什噶尔)等地方政权也向明王朝归附纳贡。各地的王均由明廷册封，嗣王继位，有明廷的册命。王以下所设的指挥、千户、都督、佥事等官员也由明政府任命。各地的军事，均受明廷的节制和调遣。
  公元1644年，清朝进关定都北京。游牧于天山以北的是厄鲁特蒙古部落;天山以南是维吾尔族。此时清政府主要致力于统一中原，无力西顾，厄鲁特的准噶尔部乘机统一了厄鲁特各部，吞并南疆。1688年，又发兵突袭喀尔喀(时已附清）。1690年，准部首领噶尔丹在沙俄支持下，率部南下反清，于是清廷决定出兵平叛，得到了厄鲁特各部和维吾尔族人民的支持。1696年及1720年，哈密和吐鲁番的维吾尔族首领先后脱离准噶尔，归附清朝。清朝历经康熙、雍正、乾隆三朝，最终平定天山以北的准噶尔之乱，天山以南的大小和卓之乱，终于统一了新疆。
  清政府在新疆建立了比较完整的统治机构：军府制：设伊犁将军，1762年清政府在全疆政治、军事、经济中心伊犁惠远城设“总统伊犁等处将军”。伊犁将军是当时新疆的最高军事长官，当然也兼管行政，集全疆军、政大权于一身，统治南北疆并管辖归附于清朝的中亚和哈萨克各部。第一任伊犁将军是明瑞。在伊犁将军以下，分设都统、参赞大臣、办亊大臣、领队大臣，分管当地军政事务。伊犁、塔城设参赞大臣，统辖当地军政;乌鲁木齐设都统，辖北疆各地及吐鲁番；喀什噶尔设参赞大臣(后移乌什，又移叶尔羌），辖喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、和阗、乌什、阿克苏、库车及喀喇沙尔八城之办事大臣和领队大臣。
  郡县制：在汉族、回族聚居的地区，与内地一样实行郡县制。
  1776年，乾隆帝令把“分巡镇迪屯田粮务兵备道”(简称镇迪道）从巴里坤移驻乌鲁木齐。下辖:镇西府(今巴里坤）、安西州（后改隶甘肃安肃道）、迪化州(今乌鲁木齐）、哈密厅、辟展厅(后改驻吐鲁番）及昌吉、绥来(今玛纳斯）、阜康、奇台、宜禾五县。
  .扎萨克制：册封以游牧为主的蒙古族、哈萨克族、布鲁特的首领为亲王、郡王、贝勒、贝子、公、台吉等爵位，让他们管辖本民族各部落。天山以南的哈密、吐鲁番、库车、乌什、阿克苏、和田等地的维吾尔族虽然从事农业，但因早年归附清朝，在平定准部叛乱和大小和卓的叛乱中又立有大功，因而，也获得了分封。例如:哈密维吾尔族首领额贝都拉、吐鲁番的额敏和卓及鄂对等人也被封为亲王、郡王、公等爵位。
  伯克制：除上面的各项政策外，其余天山以南各地则实行伯克制。每个区域设行政长官称阿奇木伯克、副长官叫伊沙噶伯克。下有分管地亩粮赋、司法、水利、治安、工程、宗教、商业的伯克人员。
  清政府还进行了重大改革:规定各级伯克等级任免升调由政府直接控制；政教分离;废除世袭;重要伯克回避本处;限制伯克所占土地、农奴数量等。
  19世纪中叶，由于帝国主义的侵略和封建压迫的加剧，激起了全国人民的反抗。1864年，新疆也爆发了农民起义，起义从库车开始，短短几个月，很快波及全疆。但是，起义者用鲜血和生命所换来的胜利果实，很快被各地的封建主和反动宗教头目所篡夺。他们将运动引入歧途，宣扬所谓“圣战”，“消灭异教徒”，煽起民族仇杀。
  一场轰轰烈烈的反清义举，蜕变为各民族之间的互相仇杀和封建割据势力的混战。其中，有库车的“汗和卓”热西丁;乌鲁木齐的“清真王”妥德璘;和田的“帕夏”哈比布拉;伊犁的“苏丹”阿布都素鲁、艾拉汗等。几个封建割据小王朝也为互争地盘而征战不已。1865年，浩罕军官阿古柏趁新疆内部战乱，互相削弱之机，乘虚而入，先后占据了南疆各地和天山以北从乌鲁木齐到玛纳斯的大片地区。
  1871年，沙皇俄国也出兵强行侵占了伊犁。从此新疆各族人民在阿古柏和沙俄侵略军的铁蹄下生存了长达13年之久。
  1875年，清廷决定收复新疆，左宗棠奉命率军西征。在维吾尔族、汉族、柯尔克孜族、蒙古族、回族等各族人民的支持下，清军三次痛击阿古柏，于1878年收复了除伊犁地区之外的新疆各地。同时，清廷派人向沙俄反复交涉，终于在1881年2月签订《伊犁条约》此条约虽然使伊犁重归祖国怀抱，但中国却割让了霍尔果斯河以西的大片领土。
  伊犁收复后，清政府批准了左宗棠在新疆设置行省的建议。
  1884年清廷任命在收复新疆的战争中累立战功的帮办新疆军务大臣刘锦棠为首任巡抚。新疆省下辖镇迪、阿克苏、喀什噶尔、塔城四道及各府、厅、州、县，省会建于乌鲁木齐。新疆的政治、军事、经济中心从伊犁东移，这是沙俄强行割占我50余万平方公里领土所造成的结果。
  清代经营新疆，积极而卓有成效的政策就是推行“屯垦戍边”的政策。特别是乾隆、嘉庆时期，屯田规模之大、地域之广、形式之多样、成效之显著，都远胜汉、唐。清代以军屯(兵屯)为主，同时大力兴办民屯、回屯、旗屯和遣屯。据史书载，到1775年全疆总计军屯土地28万余亩，民屯土地70余万亩，并且，连年丰收，仓库盈溢，“裕军需于绝域”。由此看来，屯垦戍边对保卫边疆，开发建设新疆，繁荣新疆经济，维护祖国统一，无疑是发挥了重要作用的。
  新疆行省建制一直延续到民国。民国将清代的四道改为八道，即迪化、伊犁、喀什、阿克苏、塔城、承化、和阗、焉耆。后来又改道为行政区，增设哈密、莎车两个行政区。1943年改行政区为行政督察专员公署，所辖地区简称专区。
  中华人民共和国成立后，于1955年10月1日经中共中央、国务院批准，成立了新疆维吾尔自治区。自治区有直辖市3个:即乌鲁木齐、克拉玛依、石河子;辖自治州5个，即伊犁哈萨克自治州、巴音郭楞蒙古自治州、昌吉回族自治州、克孜勒苏柯尔克孜自治州和博尔塔拉蒙古自治州;辖8个地区:即吐鲁番、哈密、阿勒泰、塔城、伊犁、阿克苏、喀什、和阗。全疆共分设68个县(市)及6个自治县。
  新中国成立后，毛泽东主席命令驻疆人民解放军11个师集体就地转业，肩负起屯垦戍边的使命。在王震将军、王恩茂将军的亲自领导下，转业部队组成新疆生产建设兵团。截至1989年为止，新疆生产建设兵团，已经开垦荒地1 400余万亩，人口增加到200余万，农场、工厂、商店、学校、医院遍布天山南北，其规模和发展速度，大大超过了汉、唐、清各代。现已形成一支开发、建设边疆，保卫边疆的强大的产业大军。