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明王朝设置有较完备的医事制度和比较细致的医疗分科，兴办医学教育，制定了较严格的医学考核制度和有关医药法规，从而为明代丝绸之路医药学发展奠定了良好的基础。
  明代的医事制度，主要是为统治者本身利益而建立的。至于具体医事机构的设置，医药人员的配备等，明朝各个时期不尽一致，文献记载也有所不同，综合《明史》、《明会典》与《国朝汇典》等有关记载，综述如下64。
  明太祖执政初期，全国性最高医药行政机关为“医药提举局”,其医药官员及级别为：提举（从五品），同提举（从六品），副提举（从七品），医学教授（正九品），学正、官医与提领（均为从九品）。不久，“医药提举司”改为“太医监”，其医药官员及级别为：少监（正四品）、监丞（正六品）。其后，“太医监”又改称为“太医院”，其医药官员及级别为：院使（正三品）、同知（正四品）、院判（正五品）、典簿(正七品）。从以上记载看，真正从事医务和教授医学者，级别和地位是很低的。洪武十四年(公元1381年)太医院设太医令一人、丞一人、史目一人、属官御医四人。洪武二十二年(公元1389年)太医令又改称为院使，丞改为院判，由是太医院定设院使一人、院判二人、御医四人(隆庆后定为十人）、史目一人（隆庆后定为十人）。明成祖迁都北京后，南京仍设太医院，官员为院判一人、史目一人，惠民药局、生药库各有大使一人。北京太医院设院使一人、院判二人、史目十人、御医十人、医士医生各七十人，惠民局大使、副使各一人，生药库大使、副使各一人。太医院的职责是为帝王将相、文武大臣、外宾和军部、刑部等官员的医疗保健服务；其次负责医生的推荐、考试和为各府、州、县考核及派遣医士、医生；再次，太医院还负责医生教育和药物采办、调拨及管理事宜。由此可见，太医院既是明王朝统治者的医疗保健机关，又是中央最高医药行政机构，同时还是医学教育的最高权威单位。
  宫廷医药机构与人员配备，明初设尚药局，负责皇帝的医药。
  尚药局官员有尚药奉御、典药及直长，均由内官、内使充任。洪武六年(公元1373年），在内府设御药房，负责皇帝的用药需要。各地向宫廷贡献的名药，由尚药奉御掌管。御医诊视皇帝疾病后，会同内臣处方选药。皇帝服用之药物，由院官与内臣监视调配煎制，每二剂合为一剂，候熟，分盛于两器，一份由御医、内臣先尝，然后皇帝服另一份。另外在洪武二年(公元1369年)设典药局，有局部及丞各一人，负责皇太子医药。在京城的亲王府，其医药由承奉司下设司药两人负责。而皇后、妃子、宫女的医药事宜，由太医院医官诊视，设“安乐堂”供后妃养病，还配备“三婆”〔即奶婆（奶妈）、医婆(精通方脉之妇女）、稳婆(接生婆)〕听候使用。明代还设良医所，负责王府的医药，良医所配备良医正与良医副各一人。
  凡太医出诊，一般均需皇帝同意才可以。例如太医院规定，王府请医，本院奉旨遣官或医士往;文武大臣及外国君长有疾，亦奉旨往视。其治疗可否，皆具本复奏。
  平民医药机构与地方医疗机构，宋代曾由政府创设平民医药机构“惠民药局”，明代基本沿袭宋制。洪武三年(公元1370年），明朝政府开设“惠民药局”，除京城外，外府、州、县也设惠民药局。京城惠民药局之管理人员为提领，外府、州、县级惠民药局管理人员为官医。“惠民药局”主要是贮备药材调制成药，为民众患病时诊病卖药之机构，在遇到疫病流行时，也免费供应某些成药。据李濂《惠民药局记》记述：凡抱病而至者，咸集栅外，而内科、外科各习其业，诊脉叩源，对症投药。但是当时的封建政府并不可能真正关心民众的疾苦，因此惠民药局并不是始终如此。
  在医疗法规方面（尤其是由于庸医技术低劣而造成的病人死亡事故），明朝的处分刑律是很严厉的。据《大明律•集解附例》卷十九“庸医杀伤人”专条记载：“凡庸医为人用药针刺，误不依本方，因而致死者，责令别医辨验药饵穴道，如无故害之情者，以过失杀人论，不许行医。若故违本方，诈疗疾病而取材物者，计赃准窃盗论；因而致死及因事故用药杀人者，斩。”65可见明代对医疗事故的惩罚是比较严厉的。
  在医学分科和医学教育方面，据《明史》记载，太医院除担负统治者的医疗任务外，还有培养医药人员的职责。据《明史》卷七十四，“太医院”条记载：“太医院掌医疗之法，凡医术十三科，医官医生医士专科肆业，曰大方脉、曰小方脉、曰妇人、曰疮疡、曰针灸、曰眼、曰口齿、曰接骨、曰伤寒、曰咽喉、曰金镞、曰按摩、曰祝由。凡医家子弟，择师而教之，三年五年，一试、再试、三试，乃黜陟之。”66从上述记载看，明代分医学为十三科，即内科、小儿科、妇产科、外科、针灸科、眼科、□齿科、骨伤科、传染病科、咽喉科、创伤科、按摩科。
  由于时代限制，当时在医学分科中还有迷信鬼神的咒禁祝由一科，这是我国医学史上分科最多的一个时代。如果说医学分科多是医学进步的一个标志，那么这正说明明代医学较前代已有明显的进步。这段记载还说明，明代一般分医师为三级，医官最高，医生最低，医士居中。
  医学教育方面，永乐年间，朝廷诏令太医院选名医子弟读书备用。其后，明朝各个时期，对选入太医院教授医学及学习医学者均有规定，学习年限与考试情况大致相同，但对毕业后任用及其待遇并不完全一致。学习医学者，一般要求必须是医学世家出身，所谓世医，明代称之为医籍。如果考试成绩及格，即授予医生职位，成绩优异者可升医士。如果考试不及格者，按规定还可以下年再考，三次考试均不能及格者，按规定要取消医籍，黜免为民。有趣的是，明代沿袭元制，户口分为民、军、医、儒、灶、僧、道、匠等。作医生的必须代代业医，不许变更；当兵的必须代代当兵，不许私自改行。法律明文规定：:“不许妄行变乱，违者治罪，仍从原籍”，“若诈冒托免，避重就轻者，杖八十”67。太医院负责管理，三年清査造册一次，如有违者照章治罪。在嘉靖六年(公元1527年)规定:考校医士,除艺业不通及老疾者俱遣回为民外，其壮年可进者，俱令教师教习，定与课程，一年四考，约有成材，由礼部会考，分别等第，一等送御药房供事（原系本房者，量授职事），二等给冠带发回太医院办事（原奉例冠带者，与支杂职俸给），三等照常当差。如良医大使有缺，于二三等内考送吏部铨补。嘉靖十二年(公元1533年）又规定，每年终呈送礼部，委该司会同考校,验其有无进益，如无进益，根据情况予以惩罚，甚至停发月粮。对畏避逃考者也予以追究。学习三年期满后，由太医院医官出题考试，根据考试成绩分为三等，一等派至御药房供事，二等给与冠带，三等派回太医院当差。以上为朝廷所举办的医学教育，其培养的医务人员数量甚少，而社会上的大量业医者，多系师徒私人传授。而地方医学教育，据《大学衍义补•卷五•正百官定职官之品•医师》记载：“我祖宗内设太医院，外设府、州、县医学，医而以学为名，盖欲聚其人以教学，既成功而试之，然后授以一方卫生之任，由是进之以为国医。”68据统计，明代先后在府、州、县设立医学，兼管地方医药行政管理和教育者约有六十余处，其中时设时撤，或设而不成者亦有之。地方医学教育开设课程，按规定有《素问》、《难经》、《脉诀》和有关临床各科方书。考试也比较严格。每年考试四次，在四季举行，考试方式为笔试和口试。毕业考试及格者按其优秀与否给予医士或医生称号。取得医生、医士者，可参加太医院举办的大试，大试三年或五年举行一次，成绩优秀者可录取在太医院任职，或派府、州、县任医官。
  地方医药卫生，亦属太医院管辖。在京城外各府、州、县均置有惠民药局等医疗机构，设置医官。此外，在边关卫所及人聚处各设医生、医士或医官，由太医院派遣。另外，各关口及卫所的驻军，设置军医，均由太医院委派医官或医士负责官兵的医疗工作。当然，各地的医疗机构主要是为地方各级官员的医疗保健而设，有些福利设施虽然民众有可以受惠者，但一般贫苦大众之疾苦并不能从政府举办的医疗设施上获得好处。他们的疾病最多也只可以从民间医师处得到救治和处理。
  元朝灭亡后，天山南北维吾尔族聚居地区，分立着许多封建割据政权，据《明史•卷三三二•西域•四》记载地大者称国，地小者止称地面。”69其中最大的是于阗和别失八里，其次是吐鲁番、哈密。较小的如柳城，方围只有二三里，火州方围也仅十余里。这些割据政权的统治者仍然是蒙古贵族，彼此间常发生掠夺性战争。公元1391年（洪武二十四年），明太祖命甘肃都督刘真等进兵哈密城，从此哈密归属于明朝。从洪武至永乐间，明朝在嘉峪关到哈密一带地方，先后建立八个卫，即哈密卫、赤斤蒙古卫、安定卫、曲先卫、阿端卫、罕东卫、罕东左卫及沙州卫，以维吾尔、蒙古贵族或“大头目”等担任各卫指挥官。据《明史·卷三三二•西域•四》记载，至宣德时，维吾尔族各部向明朝称臣奉表者“多至七八十部”70。既然明王朝在京外各府、州、县、关口、卫所均设置相应的医事制度和医药教育机构；可想而知，在明王朝所统辖的西域八个卫所也必然仿照中原建制，开设惠民药局，贮备药材，调制成药，并由太医院派遣医官，充任各卫所军医，负责卫所驻军官兵及附近各族居民的医疗工作。明王朝制定的医疗法规也和其他政令一样，被推行到西域。
  同时，明王朝在西域各地也相应进行地方医学教育，设立医学，或设正科，或设典科，或设训科，负责西域的医学教育工作。像中原医学教育一样开设《素问》、《难经》、《脉经》及有关临床各科课程，并进行严格的医学考试制度，为西域培养了相当数量的医生、医士、医官。
  明代的医事制度、医学教育制度及医疗法规，对西域的医药事业发展起了积极推动作用，对明代丝绸之路医药学交流产生了巨大影响。