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公元10世纪末，蒙古族逐渐强大起来，公元13世纪初由成吉思汗统一了大漠南北，并于公元1206年在斡难河畔建立了蒙古帝国，推动了蒙古社会的发展。随着国内各兄弟民族之间科学文化和医药卫生的交流，与欧亚非各国之间的贸易交往也更加频繁。在这样的形势下，处于萌芽时期的蒙古医药学也进入到一个新的发展时期，蒙古医药学临床医疗经验有了进一步的丰富和发展,并不断地总结和提高，从而产生了初步的医学理论，逐渐形成了富有蒙古族和蒙古草原疾病特点的蒙古族医药学。
  蒙古医药学在初级阶段以蒙医的正骨疗法、蒙古针疗法、蒙古灸疗法、刺血疗法、外伤疗法、饮食疗法、马奶酒疗法以及动物药疗法等医疗技术为特点，经验丰富，但理论缺无。同时，此期的蒙古医药学尚未与巫医巫术决裂，在一般人民群众中，甚至在最高统治阶层，巫术和祈祷在人们的意识和日常生活中仍然占着重要的地位。
  例如“太宗(公元1229—1245年）不豫暴瘠，六月疾甚，师巫言：‘全国山川神以我杀戮过多为祟，非牺牲所能攘，惟子弟可以代之’，拖雷乃褥于天，请以身代，取衅祓之水而自饮焉，数日太宗疾果瘳”58。如此求病愈者在大臣及皇族之中屡见不鲜。
  蒙古医药学在公元13世纪以后已逐步形成，临床医疗经验有了进一步的发展和丰富，并经过不断的总结和提高，产生了初步的医疗理论。元代蒙古医药学的形成和发展，有几个方面内容。
  对解剖学的深入研究。古代蒙古族劳动人民在狩猎宰杀牲畜的实践中，积累了初步的解剖知识，后来由于战伤骨科发展的需要，又开始了尸体解剖学方面的研究。据《元史》记载，公元1262年，蒙古军厘剌在战场上被“矢镞中左肩不得出，钦察惜其骁勇，取死凶二人，刲其肩，视骨节浅深，知可出，即为凿其创，拔镞出之，厘剌神色不为动”59。这是在外伤治疗观察中进行的对人体解剖的研究。虽然这种实验研究性的手术是很不人道的，但为了搞清局部解剖，探索剔除矢镞的可靠方法和技术，不能不说是一项非常可贵的实验研究，而且对指导正确进行手术和总结出科学的经验很有必要。这种对解剖学的研究，促进了骨伤科的发展。
  在骨伤外科方面的成就。由于元代蒙古人善骑，将士征战多骑马，骨折战伤者居多。因此，元代医学家积累了丰富的治疗创伤外科的经验,使骨伤外科发展成为一门有丰富经验的临床学科，以后又出现了不少的正骨伤专家。据《元史》记载，公元13世纪，蒙古族医学家已使用了皮疗术，即剥取动物的皮，披在患者身上或者裹在患者患病部位，以进行治疗的一种方法。我们举《元史》中的几个事例，介绍一些蒙古医学家治疗外伤、骨伤以及由此引起的休克抢救技术，这些疗法有着十分浓厚的蒙古族地方特色。据《新元史•布智儿传》卷二十六记载:“布智儿从征回回干罗斯等国，每临敌必力战，尝身中数矢，太祖亲视之，令人拔其矢，流血闷仆几绝（外伤过多引起的休克）。太祖(公元1162—1227年）命取一牛，剖其腹，纳布智儿于牛腹，浸热血中，移时遂苏”60。又据《元史♦李庭传》卷四十九记载：“进攻沙洋新城，炮伤左胁，破其外堡”，“复中炮，坠城下，矢贯于胸，气垂绝。伯颜(公元1237—1295年)令剖水牛腹，纳其中，良久乃苏”61。在《元史•谢仲温传》卷五十六中也有关于抢救外伤休克的记载：“从攻西京，睦欢力战先登，连中三矢，仆城下，太宗（公元1186—1241年）见而怜之，命军校拔其矢，缚牛剖其腹，裸而纳诸牛腹中，良久乃苏”62。以上三个病例，都是对因为外伤、箭伤所造成的休克进行急救的如实记录，而且都是使用剖牛腹，将休克患者纳入牛腹的方法。这种方法确定有一定的科学道理。因为在战场上，将休克患者立即放入温度适宜的牛腹内，避免了寒冷和过多移动患者可能造成的刺激，对复苏是非常有利的。令人感兴趣的是，这种急救技术在当时蒙古族可能已是相当普及的急救常识。这三例患者的抢救，一则是在元太祖成吉思汗的建议下采取的急救方法,一则是在元太宗窝阔台的建议下采取的急救措施，一则是在元代著名大将伯颜的建议下采取的急救技术，虽然各出于不同时期，不同人，不同地点的患者，但其方法和内容几乎完全相同，这足以说明战场上休克的急救方法和技术，已为蒙古族最高统治阶级所普遍掌握了，其普及的程度已可想而知了。这种战伤休克急救方法，从文献记录看，在蒙古族医学史上至少应用了四五百年之久。
  蒙古医学中除上述外伤急救外，正骨技术也是比较进步的。一般认为，《回回药方》中之正骨、骨伤科手术等，危亦林《世医得效方》中的正骨、脱臼的治疗原则等，李仲南《永类钤方》中的骨伤科处理措施等，都或多或少地吸收和总结了蒙古族医药学中正骨的经验和技术。
  在饮食疗法方面，远古时,蒙古族劳动人民就发明了用饮食治疗某些疾病的简单方法。到了元代，人们在实践中不断地对食疗加以总结和提高，使其发展成为古代蒙古医学中的饮食疗法，并有饮食营养专著的出版。公元1330年，元太医忽思慧用汉文编写了《饮膳正要》63一书，书中记载了许多饮食营养品，如马奶、奶食、牛羊肉、牛骨髓等;还有应用于治疗的药物，如用蒙文译音书写的“八儿不汤”(羊腿肉汤）、“阿八儿忽鱼（鱼名)、“赤赤哈纳”(酸刺）等。马奶酒疗法在这一时期也有了进一步的发展，据《饮膳正要》记载:“马乳性冷，味甘，止渴，治热。”国内各民族医药学交流。公元13世纪，蒙古族在同国内各民族和阿拉伯及欧洲诸国的通商和文化交流中，使中原和国外药物源源不断地进入蒙古地区。公元1292年，内蒙古多伦有“回回药物院”的建立，专售阿拉伯药物，后来锡林郭勒盟学者关布扎布所写的《药方》一书中就收入了印度、西藏、回回、汉族中医使用的药物和验方。同时，蒙古族医学家也越来越多地攻读和研究中医药学与藏族医药学，他们的著作虽以汉藏医学为其基本内容，但同时也反映出浓厚的蒙古医学的特点。例如忽公泰，字吉甫，元翰林学士，著有《金兰循经取穴图解》一书64。该书绘有脏腑前后图，手足三阴、三阳图，以及十四经络流注等，各为注释，并附图，对元代针灸学家及后世针灸学家有过不少的影响。忽思慧著《饮膳正要》三卷，从该书之进书序可知，作者还著有《常普兰溪》一书，其内容包括有蒙、汉、回、维吾尔、藏等各族人民常用食物和食谱。该书分为养生避忌、妊娠食忌、乳母食忌、饮酒避忌、聚珍异馔、五味偏走、食疗诸病、服药食忌、食物利害、食物相反、食物中毒等专门章节，而且还插入很多精美图画。细读之，如马思哥油（白酥油）、西蕃茶（酥油茶）、回回豆子（豌豆）、阿拉吉酒、塔剌不花、阿八儿忽鱼、哈者泥……等，明显地反映出该书与蒙、藏族饮食营养有着很密切的关系。沙图穆苏，一称萨德弥实，曾撰有《瑞竹堂经验方》十五卷65，从辑佚本可知其内容丰富，而且也很富有北方各民族的用药特点。
  蒙古族、或其他少数民族医学家在元代任职回回药物院、广惠司、太医院、御药局、官医提举司者也很多，他们大都精通医学。例如田阔阔为尚药奉御，齐揖为太医，野里牙为太医院使，答里麻授御药院达鲁花赤。又如刘哈喇八都鲁，“河东人，世业医，至元八年(公元1271年）世祖驻跸北海，以近臣言得召见，……初赐名哈喇斡脱克赤，擢太医院管勾”66。该人以弓法和为王妃疗疾得愈，升任长史。
  此外，蒙医药学中还有特殊的“脑震荡”疗法，并且有了“以震治震，震静结合，先震后静”的辨证学说67。
  元王朝统一中国后，在医疗卫生管理上采取了较宋代更为完善的机构和管理制度，这是适应各民族和内外医学交流需要而涎生的，此刻已不能称之为蒙古族医药卫生了，这是很易明了的道理。