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隋代已有了较完备的医事制度和医学教育制度。
  隋代医官，分统于门下省、太子门下坊、太常寺、太仆寺四部门。
  门下省统尚药局和尚食局，尚药局设典御二人、侍御医四人、直长四人、医师四十人，尚食局设有食医四人，都是服务于皇宫的医官。
  太子门下坊，统太子药藏局，设药藏监二人、药藏丞二人、又有太子侍医等，是服务于东宫的医官太常寺统太医署，设太医令二人、丞一人、主药二人、医师二百人、药园师二人、医博士二人、助教二人、按摩博士二人、祝禁博士二人，是管理一般医事兼管医教的医官。
  太仆寺设有兽医博士、员一百二十人，是服务于御医的医官。
  隋炀帝置殿内省，以统尚药、尚食等局。尚药局设奉御二人，直长四人，及侍御医、司医、医佐员等职。尚食局除例设奉御、直长外，仍设食医员。太常寺所统太医署增设医监五十人，余依隋文帝旧制。
  在医学教育方面，继南北朝时宋文帝元嘉二十年太医令秦承祖奏请设置医学，以广教授，开国家正式办理医学教育的先河之后，隋代结束了南北混乱的局面，统一全国后又开始注意兴办医学教育，设置了太医署，作为全国最高的医学教育机构，并设置医学、按摩、祝禁博士，已具备分科设教的雏型。名医巢元方就是隋大业年间（公元605—616年）太医署中的太医博士，他曾带领多名医家集体编著了《诸病源候论》一书。隋代太医署作为医学教育机构虽已具有一定的规模，但作为正规的医学校来说，尚欠完善，因隋朝立国不过二十四年即被灭亡，所以隋代的太医署在中国医学教育史上影响并不太大，但它却为唐代太医署的发展奠定了基础。
  隋代除上述分科外，尚有兽医一科，也设有博士，但不属太医署，而是附于太仆寺，不在普通医教系统之内。
  隋代在西域活动和统治的主要是突厥族和吐谷浑族地方政权。
  突厥族原来大约游牧于中亚的叶尼塞河上游，后来迁徙到高昌的北山（博格达山），以从事锻铁而著名。公元5世纪中叶，柔然征服了突厥，把他们迁徙到金山（阿尔泰山）南麓，强迫突厥人为柔然汗国的“锻奴”。公元6世纪以来，突厥在反对柔然的斗争中，势力逐渐壮大起来。公元552年，突厥人在其首领阿史那士门的率领下大败柔然，建立起突厥汗国。木杆可汗统治时(公元553—572年），又不断向东西扩张，使突厥汗国的领土急剧扩大，“东自辽海以西，西至西海万里；南自沙漠以北，北至北海五六千里，皆属焉” 。木杆在干都斤山建牙，以统治整个汗国。突厥汗国是奴隶制国家，在可汗下面，建置有叶护、设、特勒等大小官二十八级，这些官吏和各部落中的“伯克”（又称“匐”、牧主），是奴隶主阶级，他们都占有多少不等的牧地、奴隶和牲畜。奴隶的来源主要是通过战争俘虏来的各族人民，他们要向奴隶主纳贡，服各种劳役。《隋书·突厥传》卷八十四记载说：突厥“部落之下，尽异纯民，千种万类，仇敌怨偶，泣血拊心，衔悲积恨” ,可见在突厥汗国内部阶级矛盾是很尖锐的。突厥人和中原人民有密切的友好关系，他们经常在塞上进行贸易。但突厥贵族为了掠夺奴隶和财富，在北齐、北周时就经常带兵向内地侵扰，北齐、北周统治者为了勾结突厥贵族的力量来打击对方，他们对突厥贵族的侵扰不仅不加抵御，反而争相用财帛贿赂突厥。因此《周书•突厥传》卷五十曾记载，突厥的它钵可汗狂妄地说:“但使我在南两个儿(指周、齐）孝顺，何忧无物耶?”突厥汗国为了统治它的广大地区，在各地设了许多可汗。因此，到隋初在汗国境内就形成了五六个大的割据势力，其中尤以占据西域的达头可汗势力最强。在木杆可汗时，曾派室点密率十大首领和军队十万人经略西域，攻占了大片领土。室点密自立为可汗，号称“十姓部落”，建牙于鹰娑川，是为冬都（南牙）；后又在千泉建牙，是为夏都(北牙）。室点密死后，其子玷厥继位，他就是达头可汗。隋初，突厥名义上的最高统治者是沙钵略可汗，北周曾把千金公主嫁给他。公元582年，沙体略可汗打着为北周报仇的旗号，纠集诸可汗的兵力共四十万大举南下攻隋，在武威、安定、天水、金城、上郡、弘化、延安等地烧杀抢掠，弄得“六畜咸尽”，一片凄惨景象。在这种情况下，隋朝派河间王杨弘、上柱国豆卢勣、窦荣定、左仆射高颖，右仆射虞庆则并为行军元帅，分道迎击突厥，沙钵略可汗战败而逃。军事上的失败，引起突厥内部进一步分裂。沙钵略可汗因为恼怒阿波可汗单独和隋朝讲和，而率兵袭击阿波可汗的牙帐，阿波西奔达头可汗。从公元583年起，阿波可汗与达头可汗联合起来，占有西域,号称“西突厥”，与东面的沙钵略可汗分庭抗衡，这样突厥就从此分裂为东西两个汗国了。东突厥在沙钵略之子都蓝可汗时，曾和隋朝在缘边置市，开展贸易，双方经济交往相当频繁。后来，隋又嫁安义公主与都蓝可汗的弟弟突利可汗。都蓝求婚，隋不应允，于是都蓝可汗率兵攻突利可汗。公元599年(开皇十九年），突利可汗战败而归降隋朝，隋封他为启民可汗。不久，都蓝可汗被部下所杀，启民可汗完全占有东突厥故地。此后，东突厥与隋朝双方关系更加密切，经济文化的交流也更为频繁了。公元603年（开皇二十三年），西突厥内部发生了以铁勒、思结等十余部落联合反对达头可汗的斗争，达头可汗战败而西奔青海盆地，不知所终，代之而立的是处罗可汗。隋朝统治者及时利用这一矛盾，指使并帮助达头可汗之孙袭击处罗可汗。处罗可汗战败，于公元611年（大业七年)投降隋朝。
  吐谷浑族是鲜卑慕容部的一支，原居于徒河之青山。在西晋末年鲜卑大迁徙的时候，吐谷浑部迁徙到今青海一带。它逐渐征服了当地的羌族，建立起吐谷浑国。公元5世纪中叶，吐谷浑又逐渐扩张到今新疆东南部地区，辖境“东西三千里，南北千余里”，成为西陲的一个强大地方割据政权。北周时，吐谷浑主慕容吕夸开始称可汗，建都于青海湖西十五里的伏俟城。吐谷浑人民主要是过着游牧生活，但已开始有了农业，出产大麦、芜青、粟、豆等，而牦牛、马骡、铜、铁、朱砂等物尤多。该国特产马，号称青海聪；风俗习惯同于突厥，已有文字，懂得历史，并有简单的法律，如规定“杀人及盗马死，余则征物以赎罪，亦量事决杖刑”。其剥削方式，据《北史♦吐谷浑传》卷九十六记载为“国无常赋，须则税富室商人，以充用焉”;职官有王公、仆射、尚书、郎中、将军等，“司马、博士，皆用儒生”，“衣服略同于华夏”。可见吐谷浑和汉族联系之密切，汉族的制度、文化对吐谷浑影响之大。南北朝时，吐谷浑同南北朝都曾通商往来。到了隋代，吐谷浑曾侵袭隋边境弘州。公元581年，隋朝派上柱国元谐为行军元帅，在青海打败吐谷浑，其王吕夸逃走，据《隋书•吐谷浑传》卷八十三记载，“其名王十三人，各率部落而降”。
  其后不久，吐谷浑又袭击隋边境，在开皇三年（公元583年），梁远再次击败吐谷浑。隋灭陈后，由于国力强大，吕夸可汗不敢再来侵扰。到公元609年，隋炀帝派裴矩经营西域，同时派观王杨雄、许公宇文述率兵打败吐谷浑。据《隋书♦吐谷浑传》卷八十三记载:在其地“设置郡县镇戍，发天下轻罪徒居之”,其王伏允（吕夸之子)逃走。直至隋末，才恢复故地。
  隋朝时期，统治西域的西突厥政权和吐谷浑政权都先后归降隋王朝，或被隋王朝所击溃，隋朝政府派人经营西域，并在西域设置各级地方行政机构，行使隋王朝的各项政令，那么隋代的医事制度和医学教育制度也必然同其他政令一起，在西域贯彻执行。当然由于隋朝立国仅二十四年即被灭亡，故在西域的影响也必然比较短暂和微小。尽管如此，隋王朝在西域实施的医事制度和医学教育制度，却为唐朝在西域全面推行医事制度和医学教育制度奠定了良好的基础。