1958年,山东省人民政府决定,将菏泽卫校改为“山东省菏泽地区医学专科学校”,设医疗专业,学制五年,学生毕业后,全国统一分配。至此,校舍面积扩大到200多亩,新建校舍200多间,教学力量不断增强。至1961年,教职工人数共165人,专职教师达76人,12个班,在校学生800人。这一时期,菏泽医学专科学校成绩显著,1960年被评为全省技术革新红旗单位,并参加了全国文教群英会,同时展示了科研處果及发明的医疗仪器。
1962年,停办大专班,改办中专班,校名改为“山东省菏泽卫生学校”。1969年撤销, 教职工全部调出。
1970年,学校恢复,改名为“菏泽地区医学专科学校”,学制二年。1971一1976年,在全省范围内招收从基层统一推荐选拨的工农兵学员,4个班,168人,没有升留级制度,毕业后原则上社来社去。
1977年,全国高校招生考试制度恢复,招收二年制护士专业(中专)2个班,80人;二年制药剂士专业(大专)1个班40人;三年制医士专业(大专〉1个班,40人;三年制中医士专业(大专)1个班,40人;三年制妇产医士专业(大专)1个班,41人。
1978年1月,经国务院批准,菏泽地区医学专科学校改为“山东省菏泽医学专科学校”,面向全省招生,设三年制医疗专业,学生全省统一分配。是年10月,招2个班130人;翌年2月扩招2个班,68人;同时又招收了护士2个班,110人;药剂士1个班,50人。新建教学楼一座,建筑面积4500平方米,教工宿舍楼一座,建筑面积为1300平方米。
1979年,1980年连续招医疗专科班7个,316人。1981年招2个班,81人,并为东濮油田代培学生45人,另有自费生11人。1982年招2个班80人,1983年招4个班160人,另有自费生22人。1984年招5个班200人,并为铁路部门代培学生36人。
1985年,全校教职工总计252人,专职教师170人,其中副教授7人,讲师79人,助教95人。地区医院兼职教师均为主治医师,计45人。校舍总建筑面积20453平方米,其中教室4675平方米,办公室1000平方米,实验大楼一座5000平方米,图书馆240平方米,宿舍9058平方米,电化教学设备、伙房、校办服务部等一应俱全。是菏泽地区规模较大的专科学校之一。
课程设置:1958一1962年,主要设置的课程有:政治、语文、体育、数学、物理、化学、生物学、祖国医学、解剖及组织胚胎学、生物化学、生理学、药理学、病理学、微生物学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、传染病学、五官科学、皮肤科学、放射医学、中医科学、中药学、诊断学、瘟疫学等。
1971一1976年,在当时“工农兵上大学、管大学、改造大学”及“开门办学”的方针影响下,主要课程设有毛泽东思想教育课、军事体育课、学工学农课、专业课等。专业课包括正常人体学、疾病学基础、药物学、中医学基础、新医疗法、内科学(包括儿科)、外科学(包括五官、皮肤科)、妇产科学、预防医学等。
1977年,恢复高考招生制度后,课程设置政治、德育、外语、体育、物理学、化学、生物学、解剖学、组织胚胎学、生理学、生化学、药
理学、病理学、微生物学、寄生虫学、卫生学、中医学、内科学、外科学、妇产科学、五官科学、皮肤科学、儿科学、传染病学及诊断学等。
教材教法:1958一1962年使用的教材有国家统一编印的,有省编印的,也有地方编印的三结合教材。
1971一1976年,使用的教材是山东省卫生厅组织编写的教材;实行开门办学,临床课放到各县、公社医院、大队卫生室去上,边实践边学习。1977年后,使用的全部是全国统编专科教材;教学方法都是以教学班的形式进行讲授理论课,还有实习课等。在实习期间,多半划分许多实习小组,分到各个实习点医院,跟班实习。以后又增加了电化教学,利用幻灯、电影、电视、录象等方式,以提高教学质量。