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晋江市医院晋南分院前身为龙湖镇卫生院，始建于1958年9月，位于晋江市龙湖镇前港新村路口（龙湖镇中山街南路18号），设有衙口分院。1996年，旅港乡贤施子清、洪祖杭慷慨捐资380万元筹建晋南医院，即现门诊楼。门诊楼于2002年竣工，同年龙湖镇卫生院正式搬迁，并改名晋南医院。2002年11月，被确定为“一级甲等”医院。2006年2月17日，晋江市委、市政府决定在原龙湖镇卫生院的基础上，正式组建晋江市医院晋南分院，由晋江市医院管辖，并列为晋江市2006年为民办实事项目之一。按二级综合医院的标准建设，履行公立非营利性医疗机构的职能，并承担原龙湖镇卫生院责任区域内预防保健、爱国卫生、健康教育等公共卫生工作职责。晋江市医院于2006年6月5日正式接管。2007年1月21日，启动120晋南分中心。业务科室随业务扩展不断增加。至2007年末，共设科室30余个。设有内儿科、外科、妇产科3个病区；临床科室10个：内儿科、外科、妇产科、口腔科、五官科、中西医结合科、皮肤科、肛肠外科、理疗科、肠道门诊等；医技功能科室8个：手术室、药房、检验科、放射科、胃镜室、脑彩超室、B超室、心电图室，以及防疫组和120急救分中心。 1988年，龙湖乡卫生院全院占地面积3500平方米，建筑面积2400平方米，其中业务用房1500平方米，生活用房900平方米，设有病床45张。2000年，床位数增至60张。2002年，龙湖镇卫生院迁入晋南医院，占地面积2.66公顷，建筑面积5420平方米，设有门诊大楼、住院护理部业务用房等。至2007年，医院床位数增至75张，服务半径由原龙湖镇扩至晋江市晋南地区（龙湖、深沪、金井、英林四个乡镇及永和镇部分区域），同时，完成2.8公顷土地扩征工作，用于筹建病房综合大楼。2007年12月8日，新病房综合大楼奠基，为晋南分院一期建设的主要项目，计划投资5500万元，建筑面积16580平方米，设计病床305张。 1997年，卫生院在编人员数36人，其中卫技人员32人，固定资产42万元。2006年，晋江市医院接管时，在编人员34人，临时人员20人。2007年，职工总数增至71人，在编人员43人，其中卫技术人员40人，固定资产增至997万元。 2007年，医院门诊量65349万人次，出院人数3519万人次，床位使用率101.24%。业务总收入1267.98万元。