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一、党政机关
  1988年，晋江县政府增设县物资局、监察局；调整设置县委办信息科，县检察院贪污贿赂罪案举报室，财政局会计股、外经股、商业股、工交股，教育局保卫股，水电局防汛办、保卫股，外经委办公室，土地局土地监察股，司法局办公室等。
  1989年，县委机要科改称为县委机要局，确定县文联为科（局）级群团机构；调整设置县委组织部党纪教育室、党员管理科、党员教育科，对台部经济科，教育局学校生产股，统计局秘书股等。
  1990年，县政府成立技术监督局、环境保护局、打击走私工作机构、广播电视局；将县信访办公室改称为县信访局；确定县退休干部管理办公室、残疾人联合会机构规格；调整设置县委办公室督促检查科，县人民法院告诉申诉审判庭、检察院民事行政检察科、教育局幼教股、公安局内设机构等；划拨石狮镇等4乡镇编制归石狮市。
  1991年，县委设置社会治安综合治理委员会办公室，县政府设置保密局、宗教事务局；调整设置县法院政工科、县府办科教文卫科、法制科，县乡镇企业局安全保卫股，公安局内设机构等。
  1992年，各镇设立社会治安综合治理办公室，调整设立县（市）人民法院研究室、金井人民法庭、监察局执行监察股、教育局内审股、建委抗震防灾办、公安局内设机构等。
  1993年，调整设置市委办保卫科，市府办保卫科、信息科。
  1994年，设立泉州市安平开发区晋江管理处，为市政府派出机构；调整设置市委组织部党代表联络科、国家安全局侦察第三科、市经委会执法监察室、人民检察院监察室、公安局刑警机构等。
  1995年，设立市政府驻昆办，调整设置市人民法院东石人民法庭、市政府办督查科、民政局农村社会养老保险管理股、公安局巡警机构等。
  1996年，党政机构改革方案出台，晋江市党政机构37个，其中市委工作部门7个，市政府工作部门30个。全市核定行政编制1495人，其中市级795人，乡镇700人。
  1997年，市政府设立晋江市地质矿产局，与市计划与经济贸易委员会合署办公，将保密机构划归党委序列，市委直属机关工作委员会更名为市委市直机关工作委员会，出台市法院、检察院机关机构改革方案，调整市对镇土地垂直管理体制；调整设置市委组织部组织员办，财政局社会保险科，公安局内设机构等；根据上级机构编制部门的文件精神，核增市法院、公安机关、看守所政法专项编制，重新核定各镇司法助理员、市镇两级计生协会人员编制。
  1998年，市委设立市委机构编制委员会办公室，设立市政府驻京联络处、市公安局林业分局、市支前办、经济动员办、交通战备办；调整设置宣传部理论科、市人民法院纪检组、人事局人才市场管理办、干部档案室等；根据上级机构编制部门的有关文件精神，核增军转干部安置编制、公安机关、司法系统政法专项编制、物价检查所专项编制；出台《中共晋江市委机构编制委员会工作规则》《中共福建省委办公厅、省人民政府办公厅关于严肃机构编制纪律加强机构编制管理的通知》《关于晋江市机关事业单位实行核编制度的实施办法》等文件，完善机构编制管理制度、机关事业单位核编制度等，进一步严肃机构编制纪律、强化机构编制管理。
  1999年，清理各类议事协调和临时机构，理顺地矿局与计经贸委、支前办与政府办等关系，组织开展职能调查、人员编制等基本情况调查，为新一轮机构改革作好准备。
  2000年，成立市人民防空办公室，调整设置市委督查室、市政府督查室、市公安局内设机构等，核增市镇两级计生协会机构编制，出台相应措施，建立编制管理与财政经费核算挂钩的有效机制，加强编制调控力度。
  2001年，冻结党政机关机构编制审批工作，做好机构改革的各项准备工作。
  2002年，党政机构改革方案出台，晋江市市级党政工作部门38个，其中市委工作部门9个、市政府工作部门29个；镇级统一设置党政工作机构5个。全市核定行政编制1153人，其中市级579人，镇级574人。
  2003年，严格实行“三个一”制度，加强机构编制管理，原则上停止市级党政机关编制审批，为试点改革做好准备。出台市法院、检察院、公安局机构改革方案。按照镇改街的统一部署，根据《福建省城市社区建设纲要》精神和晋江实际，出台街道“三定”规定，对工业园区与灵源街道的管理体制，实行党工委统揽下“两为主”，即辖区内开发建设工作以园区管委会为主、社会事务以街道办事处为主的新型管理体制。调整设置乡镇统计站、综治办、招商办等；根据上级机构编制部门的文件精神，核增公安、交警政法专项编制。
  2004年，试点改革方案出台。晋江市市级党政工作部门30个，其中市委7个，市政府23个。调整设置街道人大工委、市公安局派出机构、检察院内设机构及基层综治机构等。根据上级机构编制部门的文件精神，重新核定基层司法所政法专项编制。
  2005年，组织开展对乡镇机构编制和实有人数情况进行督促检查，出台《关于进一步规范各镇机构编制管理的意见》，规范镇机关事业单位牌匾、印章管理，进一步巩固镇级机构改革成果。转发《福建省机构编制监督检查暂行办法》的通知，进一步加强机构编制管理；根据上级机构编制部门的文件精神，核增市法院、检察院、公安机关政法专项编制；建设全市机构编制核编数据库，实现机构编制电子化管理。
  2006年，撤销市政府驻昆办，设立市公安局沿海森林派出所、基层司法所；调整设置市政府办督查室、行政执法局人事科、公安局内设机构等。
  2007年，根据开发区建设思路调整开发区与灵源街道管理体制，理顺市信访局、红十字会管理体制，适应出口加工区的运作实际，设立泉州出口加工区管理局。根据晋江实际，出台东石镇、公安局交警大队“三定”。根据党中央、国务院出台的《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》《进一步加强和完善机构编制管理严格控制机构编制的通知》《机构编制监督检查工作暂行规定》三份文件精神，进一步规范机构编制管理；按照上级机构编制部门的有关文件精神，核销地方自定编制、核增部分党政机构行政编制、核定森林公安政法专项编制；调整市经发局、公安局内设机构设置等。
  二、事业单位
  （一）机构编制核定管理
  1988年，县粮油议价公司改为企业编制；设立县中医院、县安海房地产开发公司、城乡建设综合开发公司等事业单位。核增县府机关托儿所编制，重新核定全省统一规定的县妇幼保健机构编制。
  1989年，确定县良种繁殖场为科级事业单位，设立县林业科技推广中心、森林资源管理站、种苗站、建设委员会测绘队、乡镇建筑企业管理站、村镇建设管理站、资产拍卖行等事业单位，撤销晋东林业工作站。
  1990年，设立县液化石油公司、企业建筑管理站、红十字会服务处、公费医疗管理办、乡镇村镇建设管理所等事业单位。重新核定各乡镇农技站畜牧兽医站、经管站人员编制。
  1991年，设立土地勘测队、林业发展基金管理站、科技咨询服务中心、技术市场管理站、房地产交易所、乡镇劳动就业服务站、基层环境监督管理站等事业单位。
  1992年，设立市技术监督情报所、农函大晋江分校、旅游公司、供水公司、土地开发公司、市镇两级流动人口计生管理站、乡镇计生服务所等事业单位。
  1993年，设立市农业技术推广中心、森林防火指挥部办公室、建筑安全生产监督站、机关事业单位社会保险公司、农村社会保险公司等事业单位。核增市园林管理处等事业编制。
  1994年，设立市委报道组、市土地监察中队、兽医卫生监督检验所、计生技术服务中心、公共设施发展公司、物价检测站、深沪自然保护区管理处筹建组等事业单位。市房地产交易所更名为市房地产交易管理所、市城乡建设管理监察队更名为市城市建设管理监察大队。核增青阳环卫处等事业编制。
  1995年，设立市种子管理站、住房基金管理中心、新华书店、环境卫生管理处、市政工程管理处、残疾人劳动就业站、抗旱服务队、青少年宫、体育中心、西滨镇卫生院等事业单位。晋江市影剧院更名晋江市大剧院。核增市计生专干、城监大队、疗养院等事业编制。
  1996年，设立市劳动力交流中心、聋儿听力语言训练康复中心、教育附加费征管办公室、外商投资企业投诉协调中心、城市建设档案室等事业单位；核增市红十字会、园林管理处、新华书店、各镇农业技术推广站事业编制。
  1997年，设立市委机关服务中心、市矿产资源督察队、经济技术协作公司、牲畜屠宰管理站、生产力促进中心、勘界工作领导小组办公室、殡葬管理所、法律援助中心、公共卫生监督所、健康教育所、消杀站、农税稽查队、人才交流投诉中心、对外交流服务中心、台湾同胞接待站、草庵文物管理所、植保植检站、安平桥闸管理处、技术监督情报所、价格事务所等事业单位。撤并中小学校10所，撤销市民政福利工业公司、科技情报所、科技开发中心、信息中心等事业单位。将市党员电化教育办公室更名为党员电化教育中心、土地监察中队更名为土地监察大队、市妇幼所更名为妇幼保健院。重新核定镇计生服务所机构编制，核增市委报道组、环卫处事业编制。
  1998年，设立市政府机关文印中心、市工业园区办公室、乡镇企业产品市场开发中心、地震抗防办公室、“120”急救指挥中心、教育装备管理站、市地价评估事务所、房地产价格评估事务所、总工会退管办、计量检定测试所、东石环境监督管理所、陈埭技术监督站、西滨劳动工作站、紫帽劳动工作站等事业单位。撤并中小学校3所，撤销市教委教学仪器站、电化教育站、学校生产管理站、内坑环境监督所等事业单位。重新核定水利电力局下属事业单位编制、核增市环境保护监测站编制；实行事业单位核编制度，核发事业单位“机构编制核编证”483本，进一步加强事业单位机构编制管理。
  1999年，设立市土地管理局档案室、教委档案室、基建审计中心、企业调查联络站、建设工程招标投标中心。撤并中小学校2所，撤销市聋哑色织布厂、审计师事务所、会计师事务所等事业单位。重新核定晋江市妇幼保健院编制。
  2000年，设立市政府采购中心、医疗保险管理中心、计生技术服务站。撤并中小学校7所，撤销市城镇建设综合开发公司、液化石油气公司等事业单位。核增市流动人口计生管理站、市直计生办、土地监察大队、环境监测站事业编制。
  2001年，设立市老干部活动中心、事业单位登记中心、博士后科研工作管理中心、土地储备中心等事业单位。撤并中小学校5所，撤销市土地开发公司、华威律师事务所、侨星律师事务所、众誉律师事务所等事业单位。移交实行省级垂直管理的市药检所、市质量技术监督局所属事业单位等。
  2002年，设立市行政审批服务中心管理处、电子政务网络管理中心、科技馆、市场服务中心等事业单位。撤并中小学校11所，撤销市科技咨询中心、住房基金管理中心、计经贸委计算机站、外商企业投诉协调中心等事业单位。根据市镇党政机构改革，调整市安办为市政府议事协调办事机构，下放市直有关部门派驻镇事业单位给镇级政府管理，统一设置为农业、企业、文体、计生服务中心和行政执法中队，并按照精简、效能的原则重新予以核定编制。根据省委编办、省教育厅、省财政厅新出台的《关于福建省中小学教职工编制标准的实施意见》，按照教职工与在校学生比例，重新核定教育系统教学单位事业编制11722人。
  2003年，设立市市级单位会计核算中心、地震办公室等事业单位。撤并中小学校13所，撤销市地震抗防办公室，调整市交通局下属事业单位。根据镇改街道工作，重新设立6个街道所属事业单位及市国土局、劳动局派驻各街道事业单位。重新核定教育系统教学单位事业编制11620人。
  2004年，设立市老年活动中心、统计普查中心、福建深沪湾海底古森林遗迹自然保护区管理处、开发区留学人员创业园服务中心等事业单位。撤并中小学校13所，撤销深沪湾海底古森林遗迹自然保护区筹建处。重新核定教育系统教学单位事业编制12034人。
  2005年，设立市委市政府总值班室、市委市政府接待处、泉州市高教发展中心管理委员会办公室、疾病预防控制中心、婚姻登记中心、契税直征所、新型农村合作医疗管理中心、市医院晋南分院、英墩华侨医院、社会经济调查队、各街道社区卫生服务中心等事业单位。撤并中小学校4所，撤销市防疫站、消杀站、健康教育所、政府采购中心、教育费附加征收管理办、农税稽查队、草庵文物管理所、农村社会经济调查队、物价监测站、企业调查联络站、龙湖卫生院等事业单位。实行综合行政执法，撤销市城市建设监察大队、水政监察大队等市直有关部门所属原承担行政执法权的事业单位。制定市委党校“三定”方案。重新核定教育系统教学单位事业编制11995人。
  2006年，设立市劳动就业管理中心、口岸办晋南办事处、环境信息中心、工业园区与灵源街道安办等事业单位。撤并中小学校4所，撤销市劳动力交流中心、干部职工培训中心、劳动监察大队、牲畜屠宰管理站、乡镇企业建筑管理站、劳动服务公司、经济技术协作公司、公共设施发展公司、安海镇执法中队等事业单位。根据实际核减种子管理站、新型农村合作医疗管理中心等事业单位编制，重新核定教育系统教学单位事业编制12469人。
  2007年，设立市委干部档案管理中心、民主党派机关服务中心、市政府干部档案管理中心、政府财政投资项目评审中心、企业上市办公室、规划建设与房产管理局总工室、市政园林局总工室、救助管理中心、重大危险源监控中心、安平开发区安办、人防指挥所、经济开发区安办、灵源街道企业服务中心等事业单位。撤并中小学校3所，撤销市房地产价格评估事务所，调整市红十字会为群团机关。根据实际，对市旅游局进行“三定”，变更市地价评估事务所、各镇（街道）企业服务中心经费渠道，核定市社会保险公司、城镇集体工业联合社等事业编制。核增婚姻登记中心、妇幼保健院事业编制。重新核定教育系统教学单位事业编制12732人。
  （二）登记管理
  1998年，根据国务院《事业单位登记管理暂行条例》和省政府《福建省事业单位登记管理暂行规定实施细则》及有关文件精神，按照上级的统一部署，晋江市及时召开事业单位登记动员大会，集中精力做好事业单位的首次登记工作，全市除68家事业单位暂不具备登记资格外，其余767家全部按时完成登记。
  1999年，首次实行事业单位年检制度。经年检，全市登记的769家事业单位中，收回13家撤并小学的登记证书并销毁，15家副科级以上的事业单位统一送泉州事业单位登记部门年检，其余741家全部年检合格。
  2000年，加强对事业单位的监督管理，加强事业单位人员流动、资产变更、职能变动的动态管理，在登记的基础上，继续做好年检工作，全市登记的739家事业单位，除2家存在违规行为实施暂缓年检外，其余737家全部通过年检。
  2001年，根据上级的统一部署，及时出台全市事业单位重新登记的贯彻意见，做好登记换证工作，对符合事业单位法人条件的544家事业单位重新登记为事业单位法人，并换发全国统一的《事业单位法人证书》，对规模小、人员少、确实不能独立承担民事责任、不能按法人进行登记的事业单位，暂时按非法人事业单位进行审验、保留；同时，转发中编办、最高人民法院、最高人民检察院等15个部委联合下发的《关于〈事业单位法人证书〉使用问题的通知》，形成联合监督检查机制，确保登记证书的使用到位；成立市事业单位登记中心，为市委编办下属事业单位，负责全市事业单位法人登记的具体工作。
  2002年，市委编办加挂市事业单位登记管理局牌子，进一步加强对全市事业单位法人的登记管理；完成全市747家事业单位法人、非法人单位的年检工作；建设事业单位法人登记信息库，实现电子化管理。
  2003年，逐步取消非法人事业单位资格，回收销毁旧证书，完成登记的505家事业单位法人的年检工作，对登记事项发生变化的，办理变更登记手续；同时，根据《福建省事业单位登记档案管理暂行办法》，对全市事业单位法人登记档案进行认真排查、补缺补漏、重新装订，做好档案库规范化建设工作，建立归档制度，严格执行一户一档、专柜保管、专人负责。
  2004年，根据国务院新修订的《事业单位登记管理暂行条例》，及时调整市事业单位登记中心职责；按照“主体合法规范、材料齐全完整”的要求，继续做好年检工作，全市501家登记事业单位法人，全部按时完成年检。
  2005年，根据上级统一部署，完成事业单位网上登记光盘密码绑定工作，为全面推行网上登记管理工作奠定基础，逐步完善事业单位法人登记管理制度，完成485家事业单位法人年检，办理设立登记3家、注销登记16家，变更登记161家。
  2006年，进一步规范事业单位法人登记工作流程，完善登记管理各项制度，按时完成年检工作，全市登记488家事业单位法人，暂缓年检6家，注销6家，其余476家全部完成年检，并办理设立登记4家、变更登记74家；继续推进事业单位法人网上登记工作，做好实体信息库和电子信息库建设。
  2007年，推行事业单位法人登记服务“链条式”管理模式，实行登记管理“一站式”服务，对材料齐全的事业单位法人，审核、收费、发证一次性办结，全市登记486家，注销12家，其余474家全部按时完成年检，并办理设立登记6家，变更登记71家。