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政协基层工作组织为便于委员在基层开展活动、履行职能而设置。1959年，在晋江县工商联主委、县政协委员蔡子钦的倡议下，于1959年3月成立政协安海学习委员会。此为晋江最早的政协基层联络组织。1981年6月，晋江县政协四届二次常委会议决定在青阳、石狮、安海、金井成立4个片联络组，以4大片组织所在委员和民主党派成员、社会各界知名人士进行学习和活动。此为福建政协之首创。1987年，又成立东石、永宁联络组。1988年，石狮撤镇建市后，石狮、永宁联络组也随之变动。1989年，县政协六届六次常委会决定成立陈埭联络组。1994年5月，成立内坑联络组、市直机关联络组。1996年5月，金井片联络组分为金井联络组和晋南联络组。1996年3月19日和8月28日，香港地区、澳门地区联络组相继成立。至1999年初，晋江市政协有市直机关联络组，青阳片、安海片、陈埭片和东石、内坑、晋南、金井及香港地区、澳门地区联络组共10个。1999年2月，政协晋江市九届委员会一次会议后，相继于各镇成立联络组（除西滨镇委员并入陈埭镇、良种场委员并入罗山镇、紫帽镇委员并入磁灶镇外），市直机关成立3个联络组，港澳地区不变，共18个联络组。2004年3月，全市各镇、街道全部设立政协委员联络组，联络组增至24个。