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1956年9月，县政协成立后，即设立秘书处，作为政协机关的办事机构，负责办理政协日常事务。1980年12月，晋江县政协恢复活动，当年复设县政协秘书处。根据1983年12月省政协办公厅《关于市、县政协设立办公室的通知》，经中共晋江县委批准，1984年1月撤销秘书处，设立县政协办公室。1991年7月，增设2个科级工作机构：经济科技联络办公室、文化教育联络办公室。1997年8月26日，根据《晋江市政协机关职能配置、内设机构和人员编制方案》，市政协办事机构设置为：市政协常委会办公室、提案督查办公室、文史办公室、台港澳侨联谊办公室。行政编制13人，工勤事业编制5人。2006年5月29日，根据《晋江市政协机关机构改革方案》，政协晋江市委员会设办事机构5个：办公室1个；专门委员会4个，分别为提案委员会、经济与法制委员会、文史资料委员会、联络委员会。市政协机关行政编制14人，机关工勤人员编制6人，驻会常委以上专职领导行政编制实行单列管理。市政协秘书长、副秘书长配备按《中国人民政治协商会议章程》相关规定执行。2006年9月30日，核定市政协为离退休干部服务的工作人员单列编制2人。2007年12月19日，核增市政协机关行政编制1人，增编后市政协机关行政编制15人，原核定的市政协机关的2人为离退休干部服务的工作人员单列编制不再使用。