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一、专门委员会
  1987年六届委员会时，设置学习、“三胞”、提案、经济建设、文史资料研究5个委员会及教育、科技、医卫、文艺、民族宗教、联络等6个工作组。1991年，七届委员会根据全省政协工作会议的精神，全面实行委员会制，设置7个专门委员会，即提案委员会、学习宣传联络委员会、经济科技委员会、侨台港澳联谊委员会、文教卫体委员会、民族宗教法制委员会、文史资料研究委员会。1994年，八届委员会根据中共十四大关于“完善共产党领导的多党合作与政治协商制度，巩固和发展新时期的爱国统一战线，充分发挥人民政协在政治协商和民主监督中的作用”的要求，依据《中国人民政治协商会议章程》第三十八条的规定，常务委员会决定设置8个委员会，即提案委员会、学习委员会、文史资料委员会、经济科技委员会、文教卫体委员会、社会法制委员会、民族宗教委员会、台港澳侨联谊委员会。1999—2007年，晋江市政协所设的8个专门委员会机构未变，除台港澳侨联谊委员会于2007年1月改称为联络委员会外，其他专门委员会名称均不变。
  二、办事机构
  1956年9月，县政协成立后，即设立秘书处，作为政协机关的办事机构，负责办理政协日常事务。1980年12月，晋江县政协恢复活动，当年复设县政协秘书处。根据1983年12月省政协办公厅《关于市、县政协设立办公室的通知》，经中共晋江县委批准，1984年1月撤销秘书处，设立县政协办公室。1991年7月，增设2个科级工作机构：经济科技联络办公室、文化教育联络办公室。1997年8月26日，根据《晋江市政协机关职能配置、内设机构和人员编制方案》，市政协办事机构设置为：市政协常委会办公室、提案督查办公室、文史办公室、台港澳侨联谊办公室。行政编制13人，工勤事业编制5人。2006年5月29日，根据《晋江市政协机关机构改革方案》，政协晋江市委员会设办事机构5个：办公室1个；专门委员会4个，分别为提案委员会、经济与法制委员会、文史资料委员会、联络委员会。市政协机关行政编制14人，机关工勤人员编制6人，驻会常委以上专职领导行政编制实行单列管理。市政协秘书长、副秘书长配备按《中国人民政治协商会议章程》相关规定执行。2006年9月30日，核定市政协为离退休干部服务的工作人员单列编制2人。2007年12月19日，核增市政协机关行政编制1人，增编后市政协机关行政编制15人，原核定的市政协机关的2人为离退休干部服务的工作人员单列编制不再使用。
  三、基层联络组织
  政协基层工作组织为便于委员在基层开展活动、履行职能而设置。1959年，在晋江县工商联主委、县政协委员蔡子钦的倡议下，于1959年3月成立政协安海学习委员会。此为晋江最早的政协基层联络组织。1981年6月，晋江县政协四届二次常委会议决定在青阳、石狮、安海、金井成立4个片联络组，以4大片组织所在委员和民主党派成员、社会各界知名人士进行学习和活动。此为福建政协之首创。1987年，又成立东石、永宁联络组。1988年，石狮撤镇建市后，石狮、永宁联络组也随之变动。1989年，县政协六届六次常委会决定成立陈埭联络组。1994年5月，成立内坑联络组、市直机关联络组。1996年5月，金井片联络组分为金井联络组和晋南联络组。1996年3月19日和8月28日，香港地区、澳门地区联络组相继成立。至1999年初，晋江市政协有市直机关联络组，青阳片、安海片、陈埭片和东石、内坑、晋南、金井及香港地区、澳门地区联络组共10个。1999年2月，政协晋江市九届委员会一次会议后，相继于各镇成立联络组（除西滨镇委员并入陈埭镇、良种场委员并入罗山镇、紫帽镇委员并入磁灶镇外），市直机关成立3个联络组，港澳地区不变，共18个联络组。2004年3月，全市各镇、街道全部设立政协委员联络组，联络组增至24个。