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第一节 机构
  一、市（县）农业局
  1992年5月，县农业局改称为市农业局。1996年6月，新组建市农业局，对外加挂市林业局、市水产局的牌子，承担原市农委，市农业局，市林业局，市水产局行政职能。2002年4月，划出原农业局承担渔业行政管理和海域综合海洋开发利用职能，成立市海洋与渔业局；划出原农业局承担的林业行政管理职能，成立林业局。
  二、市海洋与渔业局（水产局）
  （一）行政管理机构
  1988年，晋江县设置水产局，1992年5月，改为晋江市水产局。1996年6月，水产局并入农业局，对外保留牌子和印章。2002年4月，海洋综合管理职能从科学技术委员会析出，水产业管理职能从农业局析出，设立晋江市海洋与渔业局。2004年8月，撤销晋江市海洋与渔业局，并入农业局，加挂晋江市海洋局牌子，农业局内置海洋科。
  （二）渔政管理机构
  1988年，继续在县水产局设置晋江县渔政管理站。2008年3月撤销，职能并入农业行政执法大队。
  （三）渔业经营管理机构
  1988年，继续设置晋江市渔业经营管理站，2008年3月撤销，职能并入农村合作经济经营管理站。
  三、市（县）林业局
  （一）县（市）级机构
  1988—1996年，晋江县（市）设立为林业局，内设机构有局长室、人秘股、财会室、营林股、林政股及公安科。1996年下半年因为机构改革，林业局并入农业局、保留林业局牌子及印章，内设机构有营林股、林政股、公安科（后升级为森林分局）、林业科技推广站、林业规划队，这些机构设立至2002年4月9日。2002年4月10日，林业局从农业局分离，设晋江市林业局，内设机构除增设局长室、办公室、财会室、森林资源管理站、森防站外，其余科室保持不变，至2004年，新一轮机构改革中，林业局又并入农业局，内设机构保留营林股，资源站、规划队、林业科技站及森林公安分局，林政股职能则归属于农业局法制科。
  （二）基层组织
  1988—2007年，晋江县（市）设立有4个基层林业工作站，即青阳林业工作站，分管青阳、池店、罗山、陈埭等乡、镇及西滨农场林业工作；磁灶林业工作站，分管磁灶、紫帽、内坑等乡、镇林业工作；安海林业工作站，分管安海、东石、永和等乡、镇林业工作；沿海林业工作站，分管深沪、金井、英林、龙湖等乡、镇林业工作。此外，还有国营沙塘苗圃和国营坫头林场。1989年，国营坫头林场收归省林业厅管理，其余基层机构一直延续至2007年未变。
  第二节 农业管理
  一、农村集体财产管理
  （一）村财收入
  1992—1998年是村财快速增长期。1992年，晋江市村财收入平均每村16.48万元，1994年，全市村财收入首次突破亿元大关，总额达1.27亿元。1998年，创下历史最高，385个村（居）村财收入总额2.16亿元，平均每村56.59万元，比1992年增长243.39%。这一时期的特点是，乡镇企业快速发展，可收取企业管理费以及一些规费提成款，村财收入渠道宽、收入项目比较多，村财收入增长快。在此期间，市委、市政府曾连续制定出台多份扶持农村集体经济的意见，如对薄弱村加大资金投入、鼓励创办农村合作基金会、大力发展村级经济联合社等举措，都对集体经济发展产生巨大的推动作用。
  1999—2003年是村财下降滑坡期。1999年，全市382个村（居）村财收入总额1.93亿元，比1998年减少2283.95万元，出现自1991年以来村财收入首次下降的现象。村财收入连续出现五年滑坡现象，到2003年，只有9028.86万元，平均每村只有23.45万元。这一期间村财收入出现下滑的主要原因是农村政策调整和收费体制改革后，原先村财收入的主要来源，如企业管理费、各项分成款被取消，加之合作基金会关停，使集体收入渠道变窄，村财收入下降。
  2004—2006年是村财良性恢复期。2004年，村财收入开始回升到11730.24万元，村均收入30.47万元，2005年，村均收入29.77万元，2006年，村均收入33.71万元，2007年38.91万元。在这期间由于实行农村税费改革后，加大财政转移支付力度（2004年3584.9万元、2005年2600.25万元、2006年3611.77万元），基本保证村（社区）的日常运转经费，另一方面就是推行村级财会代理服务制度，规范开支行为，节约开支，通过这两项措施使2004年以来村财收入开始回升，集体经济实现良性恢复发展。
  （二）财务监管
  村干部任期经济责任审计2006年3月至5月31日，全市共组建审计工作小组54个，出动审计人员236人，对383个村（社区）开展村干部任期和离任经济责任审计，占应审村数的100%，审计总金额130939.09万元，协助追回外欠款项3400多万元，有效维护村集体和群众的利益。
  推行村级财会代理服务制度2003年3月起，本着“依法、稳妥、规范”的总体管理思路，在保证村集体资金所有权、使用权和审批权不变的前提下，全市全面部署推行“以内部监督为主、内部与外部管理相结合”的村级财会代理服务制度，以力争通过制度创新，突破管理创新，实现农村财务管理的规范化、法制化进程。市委农办、市农业局坚持试点先行、稳步推进的办法，推行村级财会代理服务制度。2002年底，首先选择在永和、东石、紫帽等3个镇，开展旨在积累经验的试点工作，为制定实施方案和操作办法提供依据。通过实践探索后，2003年3月22日，召开全市推行村级财会代理服务制动员大会，对村级代理服务工作进行全面部署，并印发《晋江市推行村级财会代理服务制度的工作方案》和《晋江市村级财会代理服务工作暂行办法》。3月25日和4月28日，由农业局经管站专门召开村级财会代理服务培训会议，就统一财务清查核算，统一工作方案、统一操作规程进行专门部署。在市业务主管部门的指导和督促下，各镇纷纷组织清查人员，对各村（居）集体账、财、物进行调查核实，切实摸清集体家底，并妥善处理呆账、坏账等遗留问题，保证账账、账证、账表、账实四相符，为实行村级财会代理服务工作打下稳固的基础。与此现时，各镇也在精选出业务熟悉、责任心强的代理中心负责人后，认真把好招聘关，择优录用代理会计，并以代理服务中心名义与各村（居）签订会计委托代理协议书，及时规范办理会计、出纳交接和财务档案移交工作。抓好各镇财会代理服务中心业务人员的培训。对各镇代理服务中心负责人和60名代理会计就财经法律法规、村级会计基础知识和会计实务等相关业务知识进行培训，随后又举办农村财务电算化培训班。加强对村级报账员的业务培训。根据报账员既要管理和经办现金及票据的收进、付出、结存和财产的保管工作，又要做好固定资产、债权债务登记、核销等部分会计工作的实际。市经管站根据相关的财经法规，专门撰写《村级报账员操作实务》，11月3日起，分四期在市党校举办全市村级报账员业务培训班，对全市村级报账员就《福建省村集体财务管理条例》《村级报账员实务操作》《晋江市村级财会代理工作暂行办法》《晋江市村报账员管理规定》等相关知识进行培训。同时结合2006年换届选举工作，农业局专门制定《晋江市村报账员管理规定》，对村级任用报账员做出规范，使各村报账员队伍得到进一步稳定。
  二、减轻农民负担监督管理
  （一）整治村级收费、摊派问题
  2001年3月起，在推行村组“零招待”工作上。晋江市采取查纠并举的办法，把治理重点放在转移报支招待费的项目上来，利用财务检查和审计，对转移开支项目进行重点审查，经过市纪委和减负办的齐抓共促，村一级的吃喝风得到有效的制止，几年来，报支的重大工程验收、接待华侨餐费，做到事前报镇代理中心审核备案，没有发现其他违规报支招待费问题。2002年1月起，在治理报刊摊派工作上，通过19个镇（街道）村级财会代理服务中心加强对村（社区）征订报刊的限额控制，做到从源头上对村（社区）报刊征订的把关，规定除党刊党报必须征订的份数外，其他的报刊一律不得征订。2007年，辖区内建制村公费订阅报刊总额96.67万元，村均2504元，比代理前村均下降2000多元。2003年12月，起在整治村级组织收费工作上。推行“一事一议”，严格督促各镇（街道）把好审核审批关口，防止“一事一议”成为加重农民负担的新口子。凡实行“一事一议”筹资的村，都能按规定召开村民大会讨论研究，并上报镇政府审批，程序都比较规范，没有出现村级组织违反规定向农民收取押金、违约金等不合法收费问题。在制止部门摊派工作上，从规范和完善村级财务管理制度角度出发，注重提高村级财务管理人员素质，严格控制村级非生产性开支，坚持抵制面向村级的各种乱收费和摊派行为。几年来，共抵制不合理票据5790笔，金额5942万元。
  （二）落实“一费制”政策
  2004年起，严格按照《福建省义务教育阶段学校实行“一费制”收费办法的意见》文件规定，加强“一费制”收费管理，健全助学工作机制，落实对贫困学生收费减免政策，严格执行2006年制定出台的“两免一补”规定，下拨全年免除义务教育阶段学生学杂费补助经费4332.9万元，惠及包含外来工子女在内的193595名学生。2007年，全市下拨义务教育阶段“两免一补”助学经费671855元，全市1673名中小学生和特教生受到资助，其中免费提供3095套教科书，计146123元；补助1084名寄宿生生活费474950元；免收176名特教生的寄宿费33300元，免除1470名低保学生和特教生的簿籍费17482元。
  （三）加强村集体征地补偿费管理
  2006年，晋江市在结合村干部任期和离任经济责任审计工作的基础上，继续加强对村集体征地补偿费的管理使用情况的审计监督，重点加大对拨入自然村、村民小组发放的征地补偿款项兑付情况的审计力度，保证征地补偿款项能够做到专款专用，切实维护被征地农民的合法权益。从检查及整改工作情况看，晋江市对农民的征地补偿标准都高于上级规定标准，能够做到按规定及时足额兑付，多数能够接受，但还有个别农户觉得补偿标准偏低，虽经镇、村多次做工作，仍然拒绝领取补偿款。
  三、农业机械化管理
  （一）宣传贯彻农机化方针政策
  1992年，晋江市大力宣传贯彻《中华人民共和国农业法》《中华人民共和国农业技术推广法》《中华人民共和国农业机械化促进法》《中华人民共和国道路交通安全法》《福建省农业机械管理条例》等法规和中共中央、国务院、农业部农机化司当年农业文件，落实各级农村农业会议精神。做到三个结合：组织学习与工作部署结合；张贴宣传标语（2000张）与发放书册（12000本）结合；现场宣传（60次）、电视新闻媒体（40次）与农机会刊结合。
  （二）农机社会化服务体系建设
  晋江市农机社会化服务组织伴随土地分户承包经营应运而生。20世纪80年代，出现陈埭“荣春德”农机联合体、池店古坑农机服务队、罗山东方农机服务队等组织，他们跨村、跨镇开展机耕、机犁、农运等有偿服务，服务面积3万公顷。20世纪90年代，农机社会化服务组织蓬勃发展，形成多层次、多形式、全方位的服务体系。1993年，投资25万元建成晋江市罗山农机服务中心（建筑面积355平方米）；相继组建51个村级农机服务队，服务面积2.5万公顷，主要为本村、邻村开展代耕、代灌、机械植保、机犁、农运等服务，如王厝村级农机服务队由8位劳力组成，他们资金共投、决策共为、利润共享、风险共担，收入、支出、出勤、报酬四公开，村委会实行“一补五定六统一”管理办法：即村财补贴购买农机具，定时间、定任务、定质量、定费用、定报酬，全村农户实行统一种植品种、统一育插秧时间、统一机耕、统一灌溉、统一植保、统一服务收费标准；有109个自然村或建制村组织起“忙统、闲分”的季节型农机服务组，村财给予适当补贴，农忙分片包干为农业生产服务，农闲各自开展多种经营增加收入，服务面积3万公顷；全市有5950余户农机专业户，每户开展1—3项服务，服务面积10万公顷左右，以发挥农机社会化服务的生力军作用；全市有6支（31人）农机维修服务队、农忙季节深入田间、地头，年检修农机具2500余台次；市农机公司积极组织货源，不但备足主机，而且备足零配件，主动送货上门，为农业生产争季节、争时间，每年为农业生产节本增收近亿元。
  （三）农机手教育培训
  1982年，由省农机局拨款建成的晋江县农机化技术学校，1992年，被省教委列为成人教育学校。1995年春，服从市政建设而拆除。学校始终以培养更多更好的农机化社会技术人才为己任，坚持租借场所搞培训，至2005年农机培训走向社会化培训为止。1988—2005年，学校培训拖拉机、农用车驾驶员近7300人。1988—2007年，共短训、复训各种机械操作手3500人，乡、镇、场农机管理员每年都要接受农机管理知识培训。农机手教育培训包函大、中、小拖拉机、后两轮农用车驾驶员的长训和农田农机具操作机手的短训和复训。驾驶员培训由市农机技术学校承担，学校开设职业道德教育、机械常识、道路驾驶训练、交通规则培训课程，经1—3个月学习培训，各科目考试合格后发给驾驶证。农机具操作机手的培训是通过农机具演示现场进行短训和复训以及在农机作业中手挽手传授操作技术及机械的简单维修保养知识。
  （四）农业机械安全监理
  农机监理业务实施于20世纪70年代。1985年，监理业务移交县交警管理，1992年，由市交警大队交还给市农机监理站管理。市农机监理部门通过“年检审”，以实现农机作业的高效、低耗、优质、安全。20年间，农机监理部门按照《中华人民共和国农业机械化促进法》《拖拉机驾驶证申领和使用规定》《拖拉机登记规定》《拖拉机驾驶证、驾驶员管理规范》《拖拉机驾驶人考试员管理暂行规定》《福建省农机安全工作制度》的精神和要求，在市农业机械管理站领导下的农机监理站，内设5个岗位：登记审核岗、牌证管理岗、业务领导岗、行政收费岗、档案管理岗。规范化地加强自身建设、加强服务意识、增强服务功能。认真做好拖拉机及其驾驶人员的注册登记和年度检、审验工作。每年年检拖拉机2500台左右，年审换证100人左右，年新车挂牌1100台左右。同时，根据驾驶员的思想状况和农机违章作业特点及农机事故发生规律，针对性地开展安全宣传教育工作，使机手认识到超速、超载、超高、超长及人货混装的危害，提高对安全生产重要性的认识。不定期地开展农机安全专项整治、打击“黑车非驾”，纠正无证无牌违章，纠正擅自改装改型、带故障作业行为。把田检路查与检、审验工作有机结合起来，促进农机作业高效、低耗、优质、安全。
  第三节 畜牧业管理
  一、法律法规宣传
  1985年2月14日，国务院发布《家畜家禽防疫条例》，1985年7月1日实施，共有6章23条，是中华人民共和国成立以来第一部畜禽防疫法规。同年8月7日，农牧渔业部颁布《家畜家禽防疫条例实施细则》；1987年福建省人民政府发布《福建省家畜家禽防疫实施办法》。1992年4月8日，农业部对《家畜家禽防疫条例实施细则》进行修订。晋江市（县）按照上级业务主管部门的要求，组织开展兽医法规宣传月活动。通过印发材料，张贴公告、标语，电视广播，录制录音带，出动宣传车，举办培训班，出版墙报等多种形式进行广泛地宣传，并分别于1990年5月、1995年7月举行庆祝5周年、10周年纪念活动，提高全社会兽医法制意识，推进畜禽防疫工作的法制化管理进程。
  1997年7月3日，第八届全国人民代表大会常务会第26次会议通过《中华人民共和国动物防疫法》，1998年1月1日起施行，共有7章58条。晋江市在1997年12月份宣传月活动中，印发宣传材料1800份，电视广播32次，悬挂大幅标语10幅，出动宣传车6部次，张贴动物防疫法公告60张，开办动物防疫法学习班8次，受训人员1000余人。2007年8月30日，第七届全国人民代表大会常务会第29次会议修定通过《中华人民共和国动物防疫法》，标志着国家动物防控工作进入一个新的里程碑。市农业局于12月举行动物防疫法宣传月活动，制作悬挂60幅大幅彩条宣传标语，发放宣传小册子500本、公告60张，12月20日举办动物防疫法释义专题讲座，受训人员241人。
  2005年12月29日，由全国人民代表大会常务委员会第十九次会议通过《中华人民共和国畜牧法》，自2006年7月1日起施行。市农业局于2006年8月16日召开各镇（街道）畜牧专干、动物防疫班组长、部分畜禽养殖场（户）及市本级畜牧兽医干部、职工学习班；制作宣传标语17幅，发放畜牧法小册子，广泛宣传，增强畜牧从业人员的法律意识。
  二、种畜禽生产管理
  《种畜禽管理条例》于1994年7月1日施行，在宣传贯彻的同时，市畜牧兽医站派员深入有关畜禽场（户）指导种畜禽选种选配，建立育种档案，发展种畜禽生产。1995年，经泉州市农业局组织验收评定，晋江市紫滨农牧有限公司，晋江市新灵农牧有限公司，晋江市安邦农牧业有限公司被评为二级种猪场，晋江市深沪福成良种畜牧场评为三级种猪场，晋江市深沪育种鸡场评为二级种鸡场，并由福建省农业厅批准发给《种畜禽生产经营许可证》。1998年，根据省农业厅的要求，结合晋江的实际，指导紫滨、新灵、安邦、福成4个种猪场建立“长大”二元母猪扩繁场，三和、丰盛、天福、新菲华、金利达5个种猪场建立“杜长大”商品仔猪繁殖场，晋江市经省农业厅验收的种猪场9个。2000年，根据《福建省农业厅关于种畜禽场生产经营许可证年检工作的通知》，开展对全市9个种畜禽场的《种畜禽场生产经营许可证》年检工作，统一印发《种猪出场合格证》2万份，规范种猪生产经营管理。2001年，根据《泉州市农业局关于申请换发〈种畜禽生产许可证〉的通知》，组织鉴定验收专业组5人，对1998年验收审批的9个猪场进行鉴定验收，其中天福种猪场因经营管理不善被淘汰取消资格，6个申请新建种畜禽场进行鉴定验收上报获得批准，全市建立种畜禽场达14个（其中种猪场12个，种番鸭场2个），以后每年进行年检和3年换证滚动管理，2004年，2个种番鸭场停办，新增金井峻富生态林牧实验基地种羊场和安海洋南火基兔场，全市仍有种畜禽场14个，占泉州市36个种畜禽场的38.9%，全市畜禽良种繁育体系更趋合理。2007年，由于泉州湾近海水域污染治理等因素，种畜禽场换证时仅保留种猪场6个，新增晋江马种马场1个。
  三、动物卫生管理
  1988年，晋江县根据《福建省兽医卫生合格证管理暂行规定》，首次对全县屠宰、加工、销售畜禽及畜禽产品的单位和个人进行兽医卫生条件审核发证，当年发放《兽医卫生合格证》354份。通过宣传发动，监督和查处相结合，规范管理，办证、换证逐年提高，1993年，审核发证达到747份；1997年达到1092份；2000年办证达到1680份，发证率93%，为历史办证最高年份。2002年5月24日，农业部第11次常务会审议通过《动物防疫条件审核管理办法》，对从事动物饲养、经营和动物产品生产以及动物防疫有关的活动、动物防疫条件进行重新界定和规范，《动物防疫合格证》的审核发证工作移交市农业局法制科进行管理。
  四、动物检疫队伍管理
  1988年，晋江县农业局继续强化畜禽检疫队伍建设，规范检疫行为，提高畜禽及畜禽产品检疫覆盖率。出台《关于实行“双检”人员定额岗位责任制的暂行规定》，对畜禽检疫人员实行定人、定岗、定额管理，大大调动畜禽检疫员的工作积极性。1990年，制定《晋江市动物检疫员工作守则》，不断规范检疫行为，畜禽检疫站（点）不断增加，检疫数量逐年上升，由1988年的22点上升到1997年的40点；畜禽、畜禽产品检疫数分别由1988年的3.81万头（只）和11.25万头（只）上升到1997年的25.75万头（只）和16.32万头（只），分别比增5.75倍和0.45倍。
  1998年起，晋江市按照《生猪定点屠宰管理条例》的规定，实行生猪定点屠宰，集中检疫。市农业局依照《动物检疫员管理办法》择优招聘25名检疫员，在生猪定点屠宰场设立动物检疫班组，实行组长负责制，2002年制定《晋江市动物检疫员管理办法（试行）》和《晋江市动物检疫员工作守则》，实行动物检疫员一年一考核一聘用的动态管理办法。2005年制定《晋江市动物检疫票证管理规定》，检疫队伍不断壮大，检疫员由原来的40名增加到2007年的68名，生猪屠宰检疫数由1998年的32.82万头上升到2007年的49.3万头，增长50.2%。
  2001年11月、2002年6月、2003年11月，分别组织动物检疫员参加全国动物检疫员职业技能鉴定，分别有10人、49人、14人获得农业部人事劳动司颁发的初级工、中级工、高级工技术等级证书。2007年，有3人通过技师等级的考试。
  五、乡镇集体所有制兽医人员、民间兽医管理
  1988年，晋江县根据《福建省农业厅关于发布〈福建省民间兽医人员管理暂行规定〉的通知》文件精神，加强对民间兽医工作的管理，1987—1988年，对全县民间兽医人员进行调查摸底，并先后组织二次培训考试，参加人数达190人，经考试考核合格的119人，发给《民间兽医行医证》。
  1990年，根据《福建省基层集体所有制兽医人员实行专业技术职务聘任制实施方案（施行）通知》精神，评审推荐兽医师7人，助理兽医师18人，技术员14人。泉州市农业局职改领导小组《关于同意庄锋川等49人具备畜牧（兽医）职务任职资格的通知》和晋江县职称改革领导小组《关于同意确认农业技术人员职务任职资格的批复》，确认畜牧兽医师6人，助理兽医师19人，兽医技术员14人。
  至2007年，上述两类人员评定聘用工作未再开展，主要开展一些日常培训和教育管理工作。
  第四节 海洋与渔业管理
  一、海洋功能区划与海域使用管理
  （一）海洋功能区划
  2001年4月，晋江市启动大比例尺海洋功能区划编制工作，由农业局牵头组织实施，技术工作委托福建海洋研究所承担。2003年5月，《晋江市海洋功能区划》经省政府批准公布实施。区划实施后，因海洋经济各产业迅速发展，在实践中发现区划存在一些不够科学合理的地方，且国家海洋局修订《海洋功能区划技术导则》，对分类体系和指标体系进行调整，省、泉州市海洋功能区划也进行修编。为此，为适应海洋经济发展布局和海洋综合管理的更高要求，衔接各级区划关系，2005年5月，启动晋江市海洋功能区划修编，2007年月，修编的区划经省政府批准公布实施。
  （二）海域使用管理
  2002年，《中华人民共和国海域使用管理法》实施，确立海域使用申请与审批制度，实行海域有偿使用制度。使用海域的单位和个人所申请的海域位置符合海洋功能区划和海域使用规划、界址和面积清楚的，向海洋行政主管部门申请，经受理、审查、审核、公示、批准后，签发《海域使用权证书》。海域使用金的征收与管理按《福建省海域使用金征收管理暂行办法》执行。
  二、水产养殖管理
  （一）水域滩涂养殖使用证（以下简称养殖证）制度
  2003年，晋江市合理开发利用水域滩涂资源，保护渔业生态环境，保障水产养殖生产者的合法权益，依据有关法律法规，推行水域滩涂养殖使用证制度。本着尊重历史、照顾现实、合理开发、有利生产发展的原则，对符合养殖规划，界限、使用权属清楚的，依法确认使用权。申请人向当地镇政府提出申请，经审核，报主管部门实地测量，审核后，报市政府批准，由主管部门颁发养殖证。当年即办理15本养殖证。随后，养殖户的办证意识逐步提高，办证量增加。
  （二）水产苗种生产许可证（以下简称育苗证）制度
  2000年，晋江市依据有关法律法规，推行水产苗种生产许可证制度。至2007年，办理对虾育苗、鲍鱼育苗、鱼类育苗、贝类育苗、藻类育苗38本。育苗场户应有生产条件和设施，符合水产苗种生产技术操作规程，有相应的专业技术人员，向农业局申请办证。自繁自养的暂免办理。
  （三）水产养殖规划
  2000年4月，按照省海洋与渔业局的部署，全面开展水产养殖现状调查，并由省水产研究所在泉州湾、深沪湾、围头湾布设站点，测定参数，分析养殖历史统计资料，估算各海湾水产养殖容量，编制《泉州湾水产养殖环境及养殖容量》《深沪湾水产养殖环境及养殖容量》《围头湾水产养殖环境及养殖容量》。2003年，依据《晋江市海洋功能区划》和各海湾养殖容量，编制《晋江市浅海滩涂水产养殖规划》。2006年，编制《晋江市内陆水域水产养殖规划》。
  三、渔船管理
  （一）捕捞渔船审批
  1988年，晋江市贯彻落实国家海洋捕捞实行渔船总数控制和渔船总功率控制的“双控”政策，继续办理渔船批准证书（俗称准造证），只限于办理更新改造的捕捞渔船，新增功率造船不批准。此审批至2007年未变。
  （二）渔业捕捞许可
  1988年，继续实行凡从事渔业捕捞生产的单位和个人，必须取得渔业捕捞许可证，方准进行作业制度。渔业捕捞许可证分为捕捞许可证（包括近海、外海和内陆水域捕捞许可证）、专项（特许）捕捞许可证、临时捕捞许可证三种。捕捞许可证是渔船合法捕捞的必具证书，并实行年度审验制度。证书上贴有该船的功率数（俗称马力花）。此许可至2007年未变。
  （三）渔业船舶审验
  1988年，晋江县为防止船舶污染水域环境，继续实施渔业船舶的所有人、经营者或代理人必须向渔船检验机构申请检验的规定。检验分为建造检验、定期检验、临时检验。检验合格后，渔业船舶检验机构签发证书。此审验至2007年未变。
  （四）渔业船舶登记
  1988年，晋江市加强渔业船舶的监督管理工作，确定渔业船舶的所有权、国籍、船籍港及其他有关法律关系，保障渔业船舶登记有关各方的合法权益，渔业船舶继续实行登记管理。附属于渔业船舶的子船、救生艇（筏）等不再单独登记。渔业船舶登记机关对渔业船舶所有权、国籍、抵押权、渔船租赁等事项进行登记，船舶所有人选择一个船籍港，并按统一规定授予一个船名。晋江市的渔业船舶编号是“闽晋渔××××”（××××为4个阿拉伯数字）。
  渔业捕捞许可证、渔业船舶检验证、渔业船舶登记证是渔船必备的3本证书，必须同时出示才能保持合法有效。
  四、伏季休渔管理
  1998年，农业部发出《关于在东海黄海实施新伏季休渔制度的通知》，决定每年6月16日0时起至8月15日24时止（2000年起改为每年6月1日12时起至8月1日12时止），禁止所有拖网、张网和大围缯作业。是年，晋江市450多艘渔船首次实行伏季休渔制度，所有应休渔船做到“船进港、网入库、人上岸”，无一渔船出现违规情形，第一次伏季休渔就取得显著成效，晋江市水产局获省水产厅伏季休渔先进集体表彰。之后历年伏季休渔工作中，主管部门强化各项监管措施的落实，广大渔民的休渔意识和休渔自觉性得到根本性提高，休渔工作任务年年完成。2001年10月，深沪镇渔业信息站的吴电力获农业部全国伏季休渔工作先进个人表彰。2005年，市渔政管理站获东海区渔政渔港监督管理局“十年伏季休渔先进集体”表彰。
  五、渔业执法与资源费征收
  1988年，县渔政管理站继续授权承担渔业执法任务。1989年起，晋江县（市）依法对海洋捕捞渔船征收渔业资源增殖保护费，一年征收一次，征收数额依据作业类型、主机功率计算确定。缴纳渔业资源增殖保护费是渔业捕捞许可证合法延期的必备条件。
  2005年，渔政管理站职能并入晋江市农业局行政执法大队。2006年起，配备海监执法艇1艘（船号：中国海监8056），执行《中华人民共和国渔业法》等法律法规，查处违法作业行为等。
  六、渔业安全生产管理
  20世纪末21世纪初，晋江相继制定并实施《晋江市处置海上渔船遇险紧急救助行动应急预案》《晋江市渔业防台风预案》《晋江市渔船防灾减灾管理暂行规定》《晋江市渔业安全生产例会制度》《晋江市渔业安全生产事故统计报告和调查处理制度》等安全生产管理规定，保障渔船依法依规安全有序生产。每年开展渔船安全生产检查，消除渔船安全生产隐患；开展职务船员培训，提高船员持证上岗率，2007年船员持证率80%；为渔船配备安全定位电台214部、安全定位手机706部。
  第五节 林业管理
  一、森林防火
  1988年，晋江县继续在恢复与发展林业生产的同时，把护林防火作为保护森林的首要任务，采取群众与专业队伍相结合的方法，认真贯彻执行“预防为主，积极消灭”的方针，专门设立晋江县森林防火指挥部办公室，护林防火工作由森林防火指挥部办公室负责。
  1998年，新《中华人民共和国森林法》颁布实施后，晋江市森林防火工作逐步纳入法制轨道。为进一步加强管理，建立护林防火承包责任制，加强护林防火队伍建设，增设重点林区的地面防火设施，培训护林防火专业人员，建立森林消防专业队伍。基本做法是实行群管群治，专群结合的办法。为防止森林火灾的发生，市林业系统相继建立各种防火制度。建立行政领导责任制，并在此基础上，划分防火区域，由各级领导成员分片包干，且与农业生产密切结合，统一部署，统一督促检查，统一汇报总结。采取必要的技术措施是防止森林火灾的关键。晋江市采取的技术措施有：开设防火隔离带、建设生物防火林带及连接省卫星监测系统；坚持实施火灾火情观察，严格进行地面巡视，充分发挥护林员队伍作用，搞好火情预报；加强森林消防器材配备，森林防火瞭望塔建设。为加强森林防火工作，先后拨款在灵源山、紫帽山、深沪赤山等地建设多座森林防火瞭望塔，并配合相关设施及值班人员，随时观察森林防火动向。
  1999年，晋江市森林防火指挥部办公室依托晋江市双宅水库农业发展有限公司成立晋江市森林消防专业队，消防队成立后在火灾扑救中曾获得省、市多次表彰。各镇（街道）、村都建立护林防火组织。当年起，全市共建立兼职森林消防队伍20支，有队员300多人。护林员人数不断增加，有护林员100多人。采取群众扑救与专业队伍扑救相结合的措施，组织林区职工群众制定护林防火公约，参加防火灭火活动。
  2005年，新的《中华人民共和国森林法》再次修订实施后，晋江市开展大规模宣传、检查和督促。截至2007年末，全市先后购置各种森林消防、通讯联络器材，从而保证信息畅通及做好扑救森林火灾的准备，认真做好扑救森林火灾的组织工作。
  1989—2007年，全县（市）无重特大森林火灾事故。
  二、林政管理
  1988年，晋江县的林政管理工作继续由林业局负责，主要是根据《中华人民共和国森林法》等法律法规，加强木材采伐审批手续、核发林木采伐许可证，以及从事木材市场规范管理，核发木材经营许可证，以及从事使用林地的审核上报工作。林政部门继续加强森林资源管理保护，在林木采伐管理上，严格控制森林资源消耗。严格执行森林资源采伐限额，严格执行凭证采伐制度，坚持伐区调查设计“双持证”上岗制度，进一步强化林木采伐源头管理，按照相应规定做好伐前规划、伐中监督检查，伐后跟踪管理工作，确保森林采伐不突破年度木材生产计划和年森林采伐限额。
  1989年起，晋江县（市）林木采伐严格按国家林业局和省林业厅的规定进行。林木采伐许可证统一由晋江市林业局林政科办理，但晋江市基本没有经营性林木采伐。
  2004年6月，农业局设立法制科，林政管理工作职能归属法制科。林木采伐许可证改由市农业局法制科办理。但是，无论是国有林木，还是集体林木，其采伐都必须严格执行林木采运的审批制度，先办证，后采伐，凭证采伐。至2007年，上述规定、做法无重大变化。