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泉州动植物检疫局（所）和晋江检验检疫局对进出境动植物及其应检物实施强制性检疫。1999年11月至2007年12月31日，晋江检验检疫局检疫进出境动植物及其产品7665批、29988.7万美元，其中进境1794批次、19895.9万美元；出境5871批次、10092.8万美元。检疫除害处理出口货物木质包装物3046批，截获各类动植物疫情34批次。晋江辖区进出境动植物产品主要包括出口热带鱼饲料、水产品、竹木制品、木包装物、保鲜胡萝卜、葵花籽、盐渍姜、观赏鱼和鳗鱼苗；进口盐渍牛皮、蓝湿牛皮、观赏鱼、木制品、木包装物等。
  一、动物检疫
  1992年起，泉州动植物检疫局对引进的丹麦丽佳种鸭苗隔离场地实行考核审定制度，以及部分进口动物产品加工厂的考核监管制度，强化管理，防范疫情扩散。1999年11月，晋江检验检疫局开始受理晋江辖区进出境动物及动物产品的检验检疫业务。2000—2007年，晋江检验检疫局检疫进出境动物32批次、12万尾、货值34.9万美元，进出境动物产品4878批次、144937.7吨、24583.4万美元。
  （一）进境动物及其产品
  2001年7月，围头港边防站截获1批来自台湾金门的走私甲鱼幼苗，64箱、89600只，货值近10万元，晋江检验检疫局对该批甲鱼幼苗进行焚烧销毁处理。从2002年12月起，晋江市建荣水族生物基因有限公司先后进口4批观赏鱼，24556尾、0.14万美元，主要品种为花罗汉、七彩神仙等。晋江出入境检验检疫机构实施热带观赏鱼检疫。2003年，晋江边防大队在围头港查获1批来自台湾的走私甲鱼蛋100箱、42万粒，晋江检验检疫局对该批甲鱼蛋进行深埋销毁处理。
  晋江检验检疫局辖区进境动物产品主要是盐渍牛皮和甲鱼蛋，盐渍牛皮主要产地为美国、加拿大和欧盟等国家，甲鱼蛋为对台小额贸易入境。
  2004年1月19日，晋江检验检疫局会同晋江市工商局从晋江海生冷库中查获1批产地不明的进口冻鸡翅50箱800千克，2月13日，会同质监局从晋江联发冷库中查获1批产地不明的进口冻鸡翅11箱176千克，3月25日，从晋江海生冷库中查获1批产地阿根廷、无入境检疫证明的进口冻鸡爪265箱3975千克，4月2日，同质监局、公安局从晋江海星冷库中查获1批产地丹麦、无入境检疫证明的进口冻猪颈排8箱120千克，8月8日，协助晋江边防大队销毁处理截获1批产地美国的非法入境冷冻鸡爪、鸡翅164包3280千克，9月28日，协助晋江边防大队销毁处理截获1批产地美国的非法入境冷冻鸡翅90包、1800千克。
  2005年1月11日，会同晋江质监局从晋江海生冷库中查获1批产地澳大利亚、无入境检疫证明的进口冻牛筋16箱、233.6千克、冻猪舌42箱、420千克，5月10日，配合石狮海关对1批涉嫌走私入境10吨白带鱼进行销毁处理。9月，晋江对台小额贸易正式开通。2006年7月，台湾甲鱼蛋开始进入，按照相关规定，晋江检验检疫局对进入甲鱼蛋进行现场检疫和外包装消毒，并加施检验检疫标识，调离到江西瑞金联亚淡水养鳗场隔离检疫。
  2002—2005年，晋江检验检疫局根据国家质检总局关于严厉打击非法入境肉类产品的专项冷库执法检查活动中，查获来自疫区或产地不明的非法入境肉类共9批次、208046千克，对查获的非法入境肉类产品全部按要求进行销毁处理。
  2006年，泉州海关截获1批来自台湾的走私宠物犬7头，晋江检验检疫局对该批宠物犬进行全部扑杀销毁处理。
  1999—2007年，晋江检验检疫局检验检疫进境动物产品1187批、75018.6吨、12399万美元，主要品种包括盐渍牛皮、蓝湿牛皮、水产品和甲鱼蛋。1999—2007年，晋江兴业皮革公司、晋江国峰皮革工业有限公司、晋江峰安皮业有限公司和晋江锦兴皮业有限公司等4家企业先后取得进境牛皮定点加工厂资格，经晋江检验检疫局检疫进境的动物皮张1535批次、99477.5吨、货值12227.2万美元。
  （二）出境动物及其产品
  1999年11日至2006年12月31日，晋江检验检疫局共检验检疫出口动物30批、34.8万美元。
  2001年，检疫1批出境旅客携带20头鹦鹉到菲律宾。按照国家法规和《出境观赏鱼检疫管理办法》的相关规定，对出口观赏鱼养殖场实行检疫登记制度。2004年7月，晋江市建荣水族生物基因有限公司通过检疫考核，成为晋江检验检疫局辖区首家出口观赏鱼检疫登记企业。同年8月，首批观赏鱼2250尾出口到马来西亚，至2007年共检疫出口观赏鱼17批、9.4万尾、4.5万美元，主要出口日本、马来西亚。
  晋江辖区出口动物产品主要品种为热带鱼饲料和冷冻水产品，检疫重点对象为热带鱼饲料，冷冻水产品作为动物源性食品主要是安全卫生项目的检验监控。晋江市闽南水产开发有限公司于2002年1月通过韩、美出口食品卫生的注册，2006年9月通过欧盟出口食品卫生的注册。2006年4月，晋江对台公司首批鳗鱼苗出口到台湾，至2007年，检疫12批、30.3万美元。
  二、植物检疫
  1999年11月，晋江检验检疫局成立，开始受理晋江辖区进出境植物及植物产品的检验检疫业务。晋江进出境植物检疫主要包括出境木制品、植物源性食品如保鲜胡萝卜、木质包装和进境木制品、木质包装。2000—2006年，晋江检验检疫局检疫进出境植物产品2443批次、28287.8吨、货值3705万美元。2001—2007年，晋江检验检疫局每年的5月到11月均开展检疫性有害生物的诱捕监测工作，及时掌握辖区植物检疫性有害生物的分布危害情况。其中，2005年开展刺桐姬小蜂、红火蚁的疫情普查，2006年开展“加拿大一枝黄花”的清查工作，查获48支疫花。
  （一）进境植物检疫
  1995年，东石镇粮站从美国进口1批小麦，经上海进口后分流入库，上海动植物检疫局在下舱卸运时检出小麦矮腥黑穗病疫情，泉州动植物检疫局对该批疫麦进行封存。晋江检验检疫局分别于2004年12月从香港进入船舶食品舱的绿豆中、于2005年5月从越南入境船舶食品舱的大米中检出四纹豆象并作销毁处理。
  木材检疫主要来自入境货物木质包装物。2004年起，晋江检验检疫局对辖区3家草木制品企业实施分类管理，经考核3家企业信用等级评定均为二级，产品风险等级为低风险产品，按照管理办法的监管规定实施监管。2005年9月，晋江市新塘宇兴木制品加工厂取得资格考核，成为晋江检验检疫局辖区首家木质包装检疫除害处理标识企业，编号为039。2006年1月，国家质检总局发布《进境货物木质包装检疫监督管理办法》，从1月1日起所有入境货物木质包装物需加施有效的IPPC检疫除害处理标识。
  （二）出境植物检疫
  晋江检验检疫局出境植物检疫主要产品包括木质鸟屋、木质垫板、干燥花和木质包装物，未从出境植物及产品中检出植物疫情。1998年起，泉州动植物检疫局对晋江菲莉集团公司公司大量出口到美国、加拿大货物中包装用的木托盘试行集中熏蒸处理、分批出口核销的管理办法，减轻菲莉集团公司70%的熏蒸费用。1999年11月，晋江检验检疫局指导菲莉公司建立检疫管理制度，经福建检验检疫局卫监处现场考核同意给予集中熏蒸的优惠措施。
  2000年9月起，实施熏蒸处理业务转由总后勤部防化指挥工程学院负责实施，晋江检验检疫局负责加强对熏蒸处理的日常监督管理。2005年9月，晋江市罗山新塘宇兴木制品加工厂建立除害处理（热处理）设施和防疫管理制度，经福建检验检疫局动植物检疫监管处现场考核合格，取得出口木质包装检疫除害处理加施标识企业资格，辖区出口货物木质包装检疫处理开始按规范要求处理并加施有效标识。
  1999—2007年，检疫进出境货物木质包装物5950批次、484673件。其中，检疫除害处理出境木质包装物2035批、287941件。
  三、旅客携带物和邮寄物检疫
  根据口岸的特点，对旅客携带物的检疫在现场进行，对可能带有动植物、动植物产品和其他检疫物而又没有申报的旅客进行查询、抽检，必要时逐件开包检查。1997年7月，《中华人民共和国进境植物检疫禁止进境物名录》等相关法规发布，正式实施全面的携带物检疫。
  《中华人民共和国进出境动植物检疫法》颁布后，在旅检现场进境流程中于海关查验台前设置动植物检疫工作台位，出境工作台设在海关附近。主要通过“察、问、查”的方法或行李过海关X光机时，发现可疑带有应检物品的旅客手提行李、托运行李实行开包查验。旅客进境时，携带有中国检疫法管制物品名单中所列物品，要求填写“海关进出境旅客行李物品申报单”，向海关申报并接受动植物检疫；对携带中国规定禁止进境物以及动植物病原体、害虫及其他有害生物、土壤等，除有国家动植物检疫局特批准许进境外，一律予以截留销毁或监督其复带出境，现场开具“进出境旅客携带物留检/处理凭证”；对携带植物种苗及其他繁殖材料的必须办理引进植物种苗检疫审批，携带猫、狗等伴侣动物要求有输出国的检疫证书及免疫注射证书，并限量带进。对携带禁止入境物或重点检查物进行检查，按照规定，根据不同情况，采取不同的处理办法。如对水果、茄科蔬菜以及生肉制品等进行没收销毁或退回处理，或对截获的水果在实验室进行剖果、观察以获得害虫；对种苗及繁殖材料进行截留检疫；对可能带有某种潜伏性检疫对象的动物产品、植物种子、种苗和其他繁殖材料，以及有传染病可疑症状的动物，截留进行室内检验或隔离试种（养）等；对带土壤和植物性包装物的植物，剔除土壤及包装物，并进行消毒处理等；对未发现疫情的植物产品，现场检疫合格予以放行，随检随放等。各种检疫处理均按有关规定办理手续。
  四、运输工具装载物检疫
  1999年11月，“三检合一”，晋江检验检疫局全面开展进出境运输工具检疫业务。按照规定，对来自动植物疫区的进境运输工具，所有进出境、过境装载动植物、动植物产品及其他检疫物的运输工具，包括集装箱均依法执行检疫检查或检疫监督。
  （一）船舶装载物检疫
  1999年11月起，晋江检验检疫局开始实施对出入境航行船舶的动植物检疫查验工作，主要对船舶上生活食品舱存放的动植物及其产品进行检疫。2004年10月10日，从来自日本的“绿色先锋”轮生活舱红豆中检出玉米象、烟草甲害虫，12月1日，从来自香港的“东旭”轮生活舱绿豆中检出四纹豆象害虫。2005年1月6日，从来自香港的“伟兴”轮生活舱红酒中检出露尾甲害虫。5月17日，从来自越南的“金宝”轮生活舱大米中检出四纹豆象害虫。8月24日，从来自朝鲜的“业达”轮生活舱玉米粉中检出玉米象害虫，10月21日，从来自香港的“文龙”轮生活舱花生中检出锯谷盗害虫，10月21日，从来自香港的“联发66”轮生活舱玉米中检出赤拟谷盗、锯谷盗害虫，12月11日，从来自台湾的“上和”轮生活舱绿豆中检出赤拟谷盗害虫。2006年3月20日，从来自越南的“东山”轮生活舱香茹中检出扁谷盗害虫。
  2000—2007年，检出有害生物9批次，截获来自疫区的动物肉类产品19批次、698千克，均按要求进行封存限制食用的检疫处理。
  （二）集装箱装载物检疫
  对集装箱的检疫，重点是检疫有无害虫、杂草、蜗牛、植物性残留物和土壤。集装箱检疫由货主、箱主或代理人向口岸动植物检疫机关提前申报检疫，对装载检疫物的集装箱，连同内装物一道申报检疫。进境集装箱抵达口岸时，在码头堆放场进行箱表检疫并拆封开箱检疫，经检疫合格的予以放行。经检疫不合格的，通知报检人作熏蒸消毒或除害处理。报检人应在限定的时间内，联系落实具体的检疫事宜。至2007年，未检出动植物疫情。
  （三）飞机装载物检疫
  1996年8月，国家动植物检疫局下发《关于加强空港动植物检疫工作的意见》《进境飞机动植物检疫规程》等。飞机检疫的重点是飞机的食品舱、货舱、配餐间及机上存放动植物废弃物的场所。重点检查机上是否带有国家规定禁止携带的违禁品、如生猪肉、生肉制品，以及水果、茄科蔬菜等，同时还须对机上废弃物、泔水以及存放的容器、场所等实施消毒和无害化的的防疫性处理。检疫人员在飞机入境时登机检疫并实行预防性消毒处理，发现飞机上有疫情则另行处理。对福州口岸装载活鳗、活虾等运载动植物及其产品出口的货物包机依法进行检疫消毒处理。至2007年，未检出动植物疫情。