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1989年，全县有乡镇企业11548家、从业人员129818人、企业产值72662万元，分别是1978年的8.4倍、3.4倍和20.8倍。企业分布在种植、养殖、工业、建筑业、交通运输业、商业饮食服务业、居民服务业等行业的30多个门类中。
  1991—1993年，县委县政府组织开展“乡镇企业年”系列活动。县政府作出《关于加快发展乡镇企业的决定》，提出“一年播种、二年开花、三年结果”的发展目标，制定“蟠龙起舞、两翼展翅、中部开花、推进三角、带动山区”的发展战略，确立“先开放后管理、先发展后规范、先繁荣后理顺、先扶持后收益”的工作方针，大力促进发展乡镇企业。1992年6月，县政府出台促进沿海的官桥、水头、石井三镇经济发展的13条优惠政策，不久又把适用范围扩大到13个乡（镇）。各乡（镇）积极调动侨亲和社会各界人士投资办企业的积极性，乡办、村办、联户办、个体办“四轮齐驱”，农业、工业、建筑业、运输业、商饮服务业“五业并举”，掀起创办乡镇企业热潮。至1993年底，全县乡镇企业发展到18300家、从业人员245837人、实现产值754284万元，出现16个产值亿元镇、6个产值亿元村。乡镇企业初步形成8个主导产业，即仑苍、英都的水暖器材，官桥、水头的陶瓷建材，石井的石料板材，水头、洪濑、九都的鞋业，诗山的雨伞，官桥、罗东、梅山、石井的针织服装，丰州、洪濑的皮革箱包，溪美、洪濑的塑料化工等，其中水暖器材、石料板材、雨具箱包3个行业的生产规模和市场销售额均居全省同行业首位。1993年，南安县被国家农业部评为“全国乡镇企业发展好、对社会贡献大的先进县”。
  1994年，市委市政府出台《关于深化农村改革的实施意见》，在乡镇企业中大力推行股份合作制改革。1995年1月和8月市政府又出台鼓励发展股份合作制企业和扶持百家重点股份合作制企业优惠政策的两个文件，鼓励新办企业以股份合作制组建，引导已办企业采取折股合作、扩股经营、转让增股、拍卖参股、整合重组、合股经营等多种形式，改造为股份合作制企业，建立股东大会制度，实行董事会领导下厂长（经理）经营负责制。与此同时，市政府规划建设占地面积共5200亩的59个乡镇企业小区，加强基础设施和配套设施建设，引导企业进入小区生产经营。
  至1995年底，全市乡镇企业发展取得重大成效，乡镇企业总产值173.3亿元，出现5个产值10亿元镇、5个产值5亿元镇、26个产值亿元村。主要经济指标与1990年相比均有大幅度的增长：企业单位数21432家，增长71.5％，年平均增长11.4％；企业总产值173.3亿元，增长2005.8％，年平均增长69.65％；企业利润11.16亿元，增长1759.3％，年平均增长79.4％；上缴税金2.8亿元，增长838.4％，年平均增长56.5％；商品出口交货值17.56亿元，增长1150.9％，年平均增长65.7％。
  1996年，全市开展“三资企业年”活动，市政府出台《关于促进乡镇企业发展和提高的决定》，以优惠政策和措施，鼓励乡镇企业引进和嫁接利用国外资金、技术、设备、人才发展外向型经济。同时，开展乡镇企业“创先争优”活动，以企业的规模、质量、利税、效益等实绩为依据评选“百家重点企业”和“南安市突出贡献企业家”，进行表彰和奖励。当年20多家乡镇企业引进、嫁接外资成为中外合资企业。南安市闽发铝厂等16家企业被农业部评为大中型乡镇企业，占福建省入选企业的42％。蓉中石油化工厂等32家企业获得省级科技型企业认定。闽发铝厂、蓉中石油化工厂、南安轴承总厂首批通过IS09000质量管理体系认证。
  1997年，市政府出台《关于规范发展股份合作制企业的试行办法》，在新办的企业中推行股份合作制，在已办企业中鼓励弱、散、小家族式企业进行股份合作制改造重组。至1999年，200多家企业通过清产核资、甄别产权改造为股份合作制企业，一批有发展潜力的企业组建企业集团。
  1998年12月，市委九届二次会议通过《中共南安市委关于加快发展乡镇明星企业，推进工业立市进程的决定》（简称“决定”）。该决定制定评选乡镇工业明星企业的4条标准，提出扶持其发展的8条政策措施，着力打造规模大、档次高、辐射力强的“南安旗舰”企业。当年，全市有年产品销售收入500万元以上的规模以上工业企业218个，共实现产值34.09亿元，形成石材陶瓷、纺织鞋服、水暖阀门、造纸印刷、塑料化工、粮油食品、工艺雨伞7大支柱产业。水头、溪美、丰州、官桥、石井、洪濑、美林7个镇被评为“福建省乡镇企业百强镇”。中宇集团、申鹭达集团、恒利集团、辉煌阀门厂、玉叶机械厂、金星钢丸公司等6个企业通过ISO9000质量管理体系认证。闽发铝业的铝型材、金鹿日化的卫生杀虫用品、莱克石化的汽车制动液、溪石集团的石材、天广消防的室内消火栓、南安轴承的带座外球面球轴承和中宇集团的水龙头等7个产品被评为福建省名牌产品。
  2000年，按照《中华人民共和国公司法》要求，重点改革企业产权制度，85个挂靠集体的乡镇企业改制为股份合作制企业或有限责任公司，新组建10多个乡镇企业集团公司。华辉石业、东升石业两家龙头企业率先按照现代企业制度要求，改制为规范化的股份有限公司，并筹备上市。
  2001年，执行市政府出台的《南安市工业结构调整与资产重组方案》，加快乡镇企业产权改革、结构调整和转型升级。400多个挂靠集体的工业企业改制为股份制企业或有限责任公司。年末，全市有乡镇企业14313家，其中联营合伙、股份合作企业1223家，私营企业2829家，个体企业10261家；吸纳从业人员213103人，其中联营合伙、股份合作企业40745人，私营企业106123人，个体企业66235人；实现产值3352537万元，其中联营合伙、股份合作企业669288万元，私营企业1686578万元，个体企业996761万元。
  至2002年，乡镇企业大多数转型为民营企业，民营企业成为南安市经济发展的主体。市政府撤销乡镇企业管理局的独立设置，在市经济贸易管理局加挂市乡镇企业局牌子。