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1989年起，南安县继续进行劳动用工制度改革，逐步扩大劳动合同制范围，至1998年全市国营、集体、私营、三资等各类企业全部实施全员劳动合同制。1995年1月，《中华人民共和国劳动法》实施后，劳动就业由计划和审批管理转为运用法律、行政、经济手段的宏观调控和管理，劳动事务由管理国有企业转到管理全社会，劳动合同制度在全市各类经济组织和个体工商户实行，建立以签订劳动合同形式为主要内容的新的用工制度。
  第一节 机构
  一、行政机构
  1989年，南安县劳动局为正科级政府机构，内设人秘调配就业股、工资福利股、劳动安全监察股，人员编制18名。
  1991年，成立南安县劳动争议仲裁委员会，下设办公室，挂靠县劳动局劳动关系与监察股。
  1997年3月政府机构改革，内设办公室、劳动关系与监察科、综合计划与工资福利科、劳动安全监察科。核定人员编制18名，其中行政编制16名，工勤人员编制2名。1998年，设立就业培训科。
  2002年4月党政机关机构改革，撤销南安市劳动局，组建南安市劳动与社会保障局，内设办公室、就业培训科、劳动工资科（加挂市劳动能力鉴定委员会办公室牌子）、法制与监察科（加挂市劳动争议仲裁委员会办公室牌子）、社会保险科；机关行政编制12名，工勤人员编制1名。2007年11月，增加机关行政编制1名。
  至2008年，市劳动与社会保障局内设机构与人员编制没变。
  2002年4月机构改革，原由市人事局管理的机关事业单位社会保险、市民政局管理的农村社会保险、各行业部门统筹的社会保险，以及市卫生局管理的医疗保险统一划归市劳动和社会保障局管理。
  2003年5月，南安市技术学校并入南安市职业学校；设立南安市企业退休人员管理服务中心，核定事业编制3名。2004年9月，南安市农村社会保险公司更名为南安市农村社会保险管理中心，增加事业编制2名；南安市劳动服务公司更名为南安市就业管理中心。2008年5月，南安市社会劳动保险公司更名为南安市社会劳动保险管理中心，南安市机关事业单位社会保险公司更名为南安市机关事业单位社会保险管理中心。
  至2008年底，南安市劳动社会保障局下属事业单位：南安市劳动监察大队、南安市社会劳动保险管理中心、南安市就业管理中心、南安市医疗保险管理中心、南安市机关事业单位社会保险管理中心、南安市农村社会保险管理中心、南安市企业退休人员管理服务中心。
  第二节 劳动用工制度改革
  1989年开始，贯彻落实国务院关于发布改革劳动制度的四个规定的通知，逐步扩大劳动合同制的实施范围，其中对安置技工学校毕业生实行劳动合同制；对自然增长的由国营农、林、牧、渔、茶场固定工人调入其他国营企业事业单位者，县以上集体所有制固定工人调入国营企业事业单位者一律实行劳动合同制；集体所有制单位招收工人普遍实行劳动合同制。
  1991年，劳动合同制实施范围从社会新招收人员逐步扩大到部分统配人员。全县劳动合同制工人由1990年的989名扩大到1534名。1992年，除正常招收合同制工人外，还增加季节工、临时工的合同签订项目，全县共签订劳动合同1720份。1993年，贯彻实施《省政府关于深化国有企业劳动人事、工资分配、社会保险制度改革的决定》，深化劳动用工制度改革，国营和集体工业企业具有用工自主权，企业根据生产需要，自行确定招工条件，自行招收工人（除工业企业自行招收外，其他企事业单位需新招收工人，仍然须由单位申请经上级批准方可招收，并执行择优录用原则）；改革技校招生办法，由过去的指令性计划改为指导性计划，同时，扩大范围，由原来只招收城镇户口考生扩大到农村户口的考生。
  1995年1月开始，贯彻执行《中华人民共和国劳动法》，劳动者以劳动合同的方式与用人单位确立劳动关系。至1998年，全市70家国有企业的7371名职工，实行全员劳动合同制。企业内部取消干部、工人、全民工、固定工、合同工、临时工等身份区别，统称为企业职工。三资、集体、私营等各类企业全面推行劳动合同制度，至年底全市签订劳动合同2.1万人。
  1999—2008年，全员劳动合同制度不断完善，实施范围从各类性质企业扩大到所有用人单位，形成企业自主用工，劳动者自主择业的劳动用工机制。
  第三节 劳动人员就业与安置
  20世纪90年代前后，南安域内企业发展尚在起步阶段，用工量不多，城镇人员就业压力大。1989年，全县安置59名技工学校毕业生为合同制工人，招收8名退休工人子女为全民合同制工人，招收集体合同制工人48名，办理县属以外单位在南安县招收合同制工人80名。
  1991年，招收全民合同制工人178名，其中城镇户口104名，农村户口74名；招收集体合同制工人331名，其中城镇户口119名，农村户口212名；招收4名退休工人子女为全民合同制工人；办理县属以外单位在南安县招收合同制工人83名。1993—1995年，国有企业、集体企业用工量增加，共招收合同制工人364名，其中全民所有制226名，集体所有制138名。为市属以外单位办理在南安市招工67名。1996年开始，在非公有制企业就业成为城镇劳动人员的主要就业出路。
  2000—2008年，全市城镇登记失业率0.9％—0.98％，控制在泉州市下达的1.4％以内。
  二、下岗职工再就业
  1992年下半年至1997年底，南安国有企业进行经营体制改革，一些经营困难的企业进行改制或关闭。
  1998年7月，成立南安市国有企业下岗职工基本生活保障和再就业工作领导小组，设立市再就业培训中心。市财政拨出26万元作为下岗职工再就业基金，拨出100万元作为帮困专项基金。是年，市再就业培训中心共为8000名下岗职工和社会上的求职者牵线搭桥，成功介绍就业2500名。1999年，落实国有企业下岗职工基本生活保障金，市财政负责的1/3和兜底资金通过调整财政支出结构予以落实。下岗职工再就业逐步过渡到通过劳动力市场实现就业的轨道上来。2000年，共筹集解除劳动关系的下岗职工经济补偿金2130万元，1500多名下岗职工按规定领取经济补偿金。
  至2000年12月，全市共有4850名国有企业职工与原企业解除劳动合同，其中1008名国有企业职工与原企业解除劳动合同后，又与改制后的企业重新建立劳动合同关系。
  2001年，对解除劳动关系的1216名国有企业职工进行职业指导，给其中147名自谋职业人员办理下岗职工再就业优惠证。做好企业改制前职工工龄的认定，逐个查阅南安印刷厂等7家企业487名职工档案，确认工龄，妥善安置分流职工340名。是年，为下岗职工和失业劳动者提供就业岗位6352个，办理求职证10780名，为企业输送劳动力4849名。2002年，对南安石料厂和农机公司改制工作进行审核，有180名职工与企业解除劳动关系，领取一次性补偿金320万元；对莲花峰制药厂78名职工、南安二轻机械厂和南安建筑机修厂95名职工，进行工龄确认并妥善安置分流人员；筹集再就业资金162.5万元。是年，下岗职工再就业率达88.7％。
  2003年，为下岗职工办理再就业优惠证431本，筹集再就业资金335万元（财政预算安排165万元，社会负担170万元），实际支付61.3万元。省劳动和社会保障厅给予南安市350万元国有企业专项经济补偿金及其他补助150万元。是年，全市再就业率达90.5％。2005年，下岗职工实现再就业568人，其中“4050”（女40岁、男50岁）人员再就业409人。2006年，对下岗职工灵活就业后又自行接续养老保险关系进行社保补贴，共有2748人次享受该项优惠政策。对持有再就业优惠证的下岗职工、复退军人、大中专毕业生进行小额贷款贴息，支持他们创业。
  三、毕业生安置就业
  1989—1996年，全市大中专毕业生、技校毕业生到国有企业、县办集体企业工作，实行按计划分配安置。1997年起，大中专毕业生、技校毕业生不再统一安排就业，政府制定政策引导鼓励毕业生自主到基层、到非公有制企业就业。
  第四节 企业工资制度改革
  1989年，南安县国营企业工资制度在1988年实行的工资效益挂钩、工资等级包干的基础上进一步改革：全县国营企业51家，实行工资总额同经济效益效挂钩37家，人数5621名，占企业总人数7490名的75％。挂钩面比1988年增加13％。其中与实现税利挂钩企业29家，与工作量挂钩企业3家。未实行工资总额同经济效益挂钩的企业14家职工1869名，均实行工资总额包干办法；对实行工效挂钩且效益好的企业，在保证新增效益工资和留有一定比例用于“活工资”的前提下，给企业固定职工升级。为不突破升级指标，采取多数升半级，个别贡献大、表现好升一级的调升办法。全县30家企业升半级2091名，升一级44名；企业的工资标准随企业经济效益好坏上下浮动，全县共调整2家企业工资种类标准。
  1991年，共有40家国营企业实行工效挂钩，占国营企业总数78％；未实行工效挂钩企业11家职工1543名，均实行工资总额包干办法。包干基数由劳动部门核定，并实行增人不增工资总额，减人不减工资总额；在大盈糖厂开展岗位技能工资试点工作，按照劳动技能、劳动责任、劳动强度和劳动条件以及完成劳动定额的情况，经过岗位劳动评价和技能考核确定职工工资，体现工资向苦、脏、累、险和高技术、责任重的工种倾斜。
  1992年，在企业工资总额实行控制指标的前提下，对全县40家企业实行复合指标挂钩，核定税利基数1363万元，核定工资总额基数1632万元，挂钩人数7368名，比1991年同期增长5.5％。当年，根据企业挂钩工资基数随经济效益浮动，同步增减的原则，40家挂钩企业中，有6家没完成经济指标，下浮工资总额，不安排工资升级。其余34家根据核定的经济指标完成情况，进行不同程度升级，升级指标为1537级，升级2817名；对达到省级先进企业的南安蚊香厂，原来浮动半级工资的转为固定工资；对3家效益达到全省平均水平的企业，进行调整工资种类；对8家尚不具备工效挂钩条件的企业，实行工资总额包干管理。
  1993年起，根据“国家宏观调控、分级分类管理、企业自主分配”的工资调控原则，南安市国有企业实行以税改为主，两个经济效益指标复合挂钩的工资分配制度。全年完成挂钩单位121家，占企业总数77％，挂钩人数6722名，占职工总数82％，核定工资总额1972万元；工资包干企业33家，占企业总数23％，职工人数1492名，占职工总数18％，核实工资总额299万元。对经营性亏损企业，在期限内未能扭亏的，一律停发奖金和适当核减工资总额。1994年10月，泉州市统一实行省政府颁布的企业最低工资标准，南安执行标准为每月210元，之后省政府进行多次不同幅度的调整。
  2000—2003年，开展企业工资集体协商试点工作，企业职工代表与企业代表依法就企业内部工资分配制度、工资分配形式、工资收入水平等事项进行平等协商，并在协商一致的基础上签订工资协议。2003年，全市共有218家企业实行工资集体协商。2007年8月，南安市实施福建省政府颁布的企业最低工资标准，执行标准为每月650元。
  第五节 劳动安全
  1990—1997年，全市劳动安全实行企业负责、行业管理、国家监察、群众监督的“四结合”安全管理体制，突出市场经济建设进程中企业自主权扩大后，企业在劳动安全中的主体地位。1998年，根据国务院机构改革精神，市劳动部门将原劳动者安全综合管理、职业安全监察、矿山安全监察的职能交由经贸部门承担，将职业卫生监察（包括矿山卫生监察）的职能交由卫生部门承担，将锅炉压力容器监察职能，交由质量技术监督部门承担。1999年，联合有关部门对锅炉、压力容器、石油液化气市场开展专项整治，责成有关企业补办31台锅炉安全许可证手续，对8台已取缔锅炉跟踪检查，对34台常压热水炉逐一调查建档。是年，协助质监部门年检锅炉93台，压力容器45台，引车6台，电梯34部。
  2000年，35个市直部门设立安全生产领导小组，各乡（镇、街道）设立安全生产委员会，村级配备安全管理人员1637名。是年，举办22期安全生产教育培训，936名企业厂长（经理）、村（居）委会安全员参加培训；举办9期特种作业人员安全技术培训，313人受训取得资格证书。2001年，会同有关部门开展道路交通、民用爆炸物品、“三合一”厂房、石油成品油、锅炉压力容器、液化石油气、公共娱乐场所、中小学校等8个专项整治活动，查出涉爆隐患916处，查封106家公共娱乐场所，督促整改火灾隐患1420处，发放安全标语3738条。
  2002年，深入23个乡（镇、街道）组织培训919名矿山安全人员，经考试取得合格证书596名。2002年6月，劳动安全监督管理职能由新设立的市安全生产监督管理局承担。
  第六节 职业技能培训与职业技能鉴定
  一、职业技能培训
  1991—1997年，市劳动部门主要依托泉州市技术学校南安分校开展职业技能培训。1998年，市职业培训中心大楼竣工。1998—1999年，进一步推进职业教育培训和劳动预备制度的学历培训，1999年，全市4所劳动预备制学校在学学员3130名，其中680名学员取得上岗资格。至2000年，全市共有20家社会力量办学的职业培训点，短期培训各种人才2695人次。2001年，全市有4家劳动预备制学校和17家社会力量办学培训中心，短期培训各种人员1895人次。
  2002年，全市免费培训农村富余劳动力10000多名，实现转移就业9383名。2004年，开展职业技能培训1895名，培训后实现就业1621人，其中免费培训下岗职工482人次、未就业的随军家属60名。2006年，开展各类培训31087人次，其中培训农村劳动力11113名，完成年度计划的111％。至2008年，全市共审核设立农村劳动力转移定点培训机构22个。
  二、职业技能鉴定
  1997年开始，依托南安市技术学校与各职业学校开展服装、烹饪、财务、水电安装、计算机应用、汽车维修、家电维修等职业技能鉴定。1998—1999年，全市建立机械、计算机、美容美发、烹饪、家电维修等职业技能鉴定站5个，汽车维修技能鉴定点1个，共组织4837名劳动者参加技术培训鉴定，并取得职业资格证书。
  2000年，对电工、钳工、烹饪等8个主要工种进行职业开发、培训、鉴定，共组织23期职业技能鉴定，取得职业资格证书的职工1286名。2006—2008年，开展免费鉴定农民工职业技能工作，免费鉴定农民工职业技能2000多名。
  第七节 劳动争议仲裁
  1991—1995年，市（县）劳动争议仲裁委办公室协助国营（国有）企业处理劳动争议，在此期间，劳动争议案件为数不多。1996年开始，随着民营企业、三资企业等非公有制企业的迅速发展，劳动争议案件日益增多。
  2000—2002年，全市共受理劳动争议案件1965件，涉及人数7963名。其中2000年为职工追回被拖欠工资219.2万元，一次性工伤补偿抚恤费568.57万元；2002年为职工追回被拖欠工资351万元，一次性工伤抚恤费527.18万元。2003年，采取措施加强劳动争议的来信来访工作，接访群众来信465件，接访群众来访1857人次。受理劳动争议案件534件，追回被拖欠工资824万元，解决一次性工伤抚恤补偿费379万元，结案率98.6％。是年，劳动争议案件调解成功率由原来56.8％提高到89.2％。
  2004—2006年，全市受理劳动争议案件1502件，涉及人数6203名。2006年，为职工追回被欠工资款195万元、工伤补偿抚恤金722万元。2007—2008年，全市受理劳动争议案件1098件，涉及人数2204名。
  第八节 劳动监察
  1989—1992年，劳动监察工作尚在起步探索阶段。1993年开始，贯彻劳动部《劳动监察规定》，对全市企业、事业单位、雇工的城镇个体工商业户，以及与以上用人单位发生劳动关系的劳动者实施劳动监察。
  1997年3月，成立南安市劳动监察大队，履行劳动监察职责。1998年，监察企业1376家，发出整改意见书216份、指令书18份，提出整改意见631条，纠正违规企业59家，清退童工23名，处罚3家罚金6000元，纠正无效劳动合同150份。1999—2003年，进一步规范劳动合同管理，落实“三定一结合”（定人、定区域、定责任，分片检查和重点抽查相结合）的监察办法，加强对重点区域和重点企业的监控力度。2004年12月开始，贯彻实施国务院《劳动保障监察条例》，劳动监察对象扩大到职业介绍机构、职业技能培训机构和职业技能考核鉴定机构。2006年，共监察企业1359家，涉及职工10.8万名，督促企业按时发放工资95万元，清退风险抵押金9.28万元。
  1997—2008年，共监察企业1.35万家，涉及职工人数120万名，审查企业规章制度3.4万份，发出整改通知书720份，提出整改意见1.3万条，督促补签劳动合同10.8万份，督促补发工资1320万元。