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1956年6月，菱溪水库成立管养处，对水利工程实施管理。此后，随着各种类型水库的建成，皆设专门管理机构和管理人员。至1958年，全县水利工程管理工作已走上正轨。1966～1976年，在“文化大革命”中，各级领导机构涣散，工程效益降低。中共十一届三中全会以后，各项管理规程又逐步完善起来。至1989年，有县属水利工程管理处5个，管理5个大、中型水库和山美水库惠安灌区；小型水利工程，则归乡镇或村一级管理。
  1970年后，惠安的电力计划管理，实行产值指令性计划。1984年后，每年检查评比执行计划的情况，1986年5月至1989年，县及各乡镇均成立专门机构、配备专职人员，实行全面管理。
  第一节 水利工程管理
  从1956年6月到1978年12月，县内的五座大、中型水库（菱溪水库、乌潭水库、洲水库、山美水库、惠安灌溉区、陈田水库）先后成立了管理处或管养处，对水利工程实施管理。
  这五座大中型水库，都属于县水电局领导，经济上由各管理处单独核算。各管理处根据库区与灌区的具体特点，设立坝区站、干渠站、水利调度组，雨量点（点）、引水管理站（点），对下雨、旱涝情况及时加以掌握，对坝区、干渠实施全面管理，尤其是决定蓄水、泄洪，对库内水量加以调度。为了开展多种经营，一些水库还办起多种经营场、厂等机构，提高水利工程的经济效益，从而使水利工程管理进入良性循环。
  小（一）型水库的美峰、东楼、竹田坑、梅山和山外水库，均配备专管人员，其放水及业务由县水电局管理。黄塘乡的格口、尤潭、尾田水库，涂岭乡的红星水库，山腰乡的石门坑水库属乡一级管理，管理人员由各乡配备半脱产管理人员，业务由县水电局指导，至于水方调度，基本由各水渠自行决定。管理人员待遇，实行经济包干，加适当补贴。小（二）型水库，归村一级领导，由村或联村确定专人管理。其工资待遇，过去采用记工分，参加生产队分红。建立生产责任制后，相当部分处于无人管理的状态。蓄水10万立方米以下的山围塘、水坝等，均由自然村或小组自行管理，大部分设有固定的管理人员和待遇。
  1979年后，农村实行生产责任制，管水队伍，用水秩序，征收水费等工作量大幅度增加。是年5月，重新制定《工程禁约》、《用水公约》、《奖惩制度》，具体做法尚有待于继续完善。
  第二节 灌溉管理
  一、用水管理
  每年初，根据水库特征、库容、历年运行（各月份降雨量、来水量、放水量）情况等，预测当年气象（分析丰水年、平水年或枯水年），制定当年水的控制运用计划，上报上级领导机关。根据灌区一年内各季节农作物播种面积，研究制定配水方案。各大中型及小（一）型水库，坚持每年制定配水方案。根据各个季节各种作物的需水量，参照各灌区渠道的实际情况和当年气象预测情况，办好灌溉试验站。1963年始，相继在涂寨公社曾厝、陈芹，辋川公社的许埭、土墩尾和涂岭公社的涂岭，建立灌溉试验站。各站由农技干部和当地老农，按不同季节、不同作物，进行试验，然后根据各作物品种面积计算灌水量，求出平均值。
  1980年后，农村实行生产责任制，水利管理与调度工作，实行工程管理责任制，执行先申请后放水的调度制度。在水方计算上，采用管理处与水管站按方结算，水管站与用户结算的办法，基本上根据亩数和用水量平均分担水费，在征购时按户征收。
  二、灌区建设
  境内有坡耕地30万亩，占耕地面积77％，其特点为土层浅薄，倾斜度大，高低不平，不易保水保肥。1963年，在城关镇北关大队进行田间渠道配套“五结合”的试点，即修田间渠道，平整土地，培田埂，改良土壤，农改田。泗洲水库在山腰公社凤北大队进行配套示范，推广灌溉系统化，田埂化、土壤化、水平化。黄塘公社在碧岭水库进行“治水治田治山”三结合试验。
  不少地方在灌区内推广“长藤结瓜”工程。东园公社阳光大队，过去的水利条件差，属惠南片的水尾。该队根据坡地多的特点，在原有池塘87处的基础上，先后修建小水库、塘坝、闸、井92处，总计179处。这些小型水利与乌潭、惠安灌区渠道全面串联起来，形成“长藤结瓜”状态。全村水利工程蓄水量达到42.5万立方米，正常蓄水38.3万立方米。日降雨量150毫米，可以拦蓄不入海。由于大小水利工程结合，引蓄结合，形成灌溉网，同时，结合培田埂、平整土地，改良土壤等，该村水田面积从18亩扩大到600多亩。全村耕地1322亩，有64.3％（计850亩）实现旱涝保收。1989年，由于推广“长藤结瓜”工程，县内的许多坡耕地都能充分利用现有水利条件，尽可能发挥其效益，为发展生产做出贡献。
  第三节 水利工程保安加固
  县内一贯重视水库的保安加固工作。1975年，境内的大中小型水库，按照中央及省水电厅提出的保安加固工程设计标准，逐个工程重新加以计标。乌潭水库原设计标准频率1％（百年一遇洪水），校核标准0.2％（五百年一遇洪水）。三天总雨量500毫米。1977年6月大坝加固，其计标防洪标准则按万年一遇特大洪水，即三天总雨量1000毫米设计。加固工程主要项目——加深溢洪道。由原设计溢洪道底高程81米，炸深至77.6米高程，实炸深3.4米，洪峰流量由原1770秒立方米，提高到4330秒立方米，有效库容由9962.15万立方米，降至7639.4万立方米，减少蓄水量2322.75立方米。1977年4月至1979年12月，对菱溪水库进行保安加固。1978年，对泗洲水库进行工程加固，除大坝加高培厚外，还在迎水坡脚填粘土铺盖，末端设粘土截水墙，外坡底增设梭体反滤坝1道。
  是年冬，中共惠安县委作出《全党动员，全力以赴，掀起以石渠化为重点的农田基本建设高潮》的决定。同年12月14日发出《关于加强石山管理保证石渠化建设需要》的布告，决定至1979年春在乌潭、菱溪、泗洲和山美水库惠安灌区的81公里干渠，进行石渠化建设。
  1978年、1979年完成116公里的干、支渠石渠浆砌（土石方58万立方米，其中石方15万立方米，建筑物11座，暗涵和渡槽长4.78公里）。总花工340万工日，其中技工2.78万工日；经费250万元，国家补助86.4万元，占总工程费34.5％。平均每公里造价3.5万元。工程完成后，通水正常。根据乌潭干渠流程的观测，4月24日8时放水流量9秒立方米，流程至埔兜38.8公里，历时16小时25分钟；流程至岭头53公里，历时26小时，比1978年9月20日放同样9秒立方米流量，分别缩短流程时间5小时5分钟和6小时。观测结果说明，石渠化建设提高水的利用系数10％。按2个灌区年用水量计算，相当于每年增加水2000万立方米，等于新建1座中型水库。1984年冬，陈田水库加固背水坡，把堆石体基础加长10米，1986年10月，在平顶段与大坝接头处，结合堵塞大坝裂缝，进行灌浆加固。
  小（一）型、小（二）型水库，也在此时期进行全面加固。
  第四节 水费征收
  1959年菱溪水库发挥效益后，就开始水费征收工作，每立方米收0.004元。1963年惠女（乌潭）、菱溪二个水库合并管理，1965年调整水费征收标准，规定每立方米征收水费0.005元，灌溉面积每亩收基本费0.50元的“2个5”标准。
  1966年以后，水费征收，年年无法完成任务。按灌溉及工业用水量计算，乌潭水库年均4367.14万立方米，1978～1988年山美灌区年均3084.5立方米，1981～1988年东园糖厂年均用水3084.5立方米，三方面总和年均用水量9931.44立方米，平均年应征收水费49.66万元，回收率仅占17.05％。
  境内的四大灌区水费回收率一般在20％左右，加上多种经营发展较慢，造成管理费用年年亏损。至1984年止，乌潭水库亏损54.4万元，菱溪水库亏损4.67万元，泗洲水库亏损36.43万元。
  1986年，福建省人民政府对各种水费计征标准进行重新核定，并下文通知。县政府于1987年以惠政第60号文下达水费征收标准。各乡（镇）结合实际情况，对各灌区、工程、各村分别下达征收水费的标准、任务和措施。此后，县内水费征收工作走上正常轨道。
  1988年全县水费征收计49.54万元，其中灌溉水费20.07万元，发电水费18.67万元，工业水费3.81万元。
  一、菱溪水库
  1957～1984年（其中1963～1973年归惠菱管理局和水电局建管革委会）的16年中，总征收水费33.16万元，平均每年征收1.95万元。收得较好的是1959年，计6.2万元；较差的是1982年，计5120元。历年平均年灌溉水量1836万立方米，按每方0.005元计算，应收9.18万元，回收率仅占21.25％。
  1963～1973年，由惠菱管理局及县水电局建管革委会实行统一管理水费征收，总征收水费70.57万元，平均二个水库（乌潭、菱溪）年征收6.42万元。1965年，执行“2个5”征收标准，计收15.03万元。1973年只收1.18万元。以年灌溉平均水量6433.73万立方米计，应征收32.17万元，回收率19.94％。
  二、乌潭水库
  自1959～1988年（其中扣除惠菱管理局及县管11年）19年中，计征收水费160.90万元，年均收8.47万元（包括1978年山美灌区效益在内）。较好的是1988年，收26.37万元；较差的是1977年，收3.77万元。
  三、泗洲水库
  自1960～1984年，计25年，水费总征收34.13万元，平均每年收1.37万元。较好的是1979年，收3.65万元；较差的是1982年，收2700元，灌溉用水年均1104.48万立方米，应征水费5.52万元，回收率占24.72％。