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燕山期岩浆侵入活动在境内表现极为强烈，期次多、分布广泛，面积约占全县总面积的45％。岩性种类多达十余种，其中以燕山早期混合（二长）花岗（闪长）岩和燕山晚期第二次侵入的中细粒花岗岩等中酸、酸性岩类为主，中性岩次之，基性岩极少。其分布受区域构造控制作用明显，多呈北东向展布。
  一、燕山早期侵入岩
  境内有第一次侵入的二长花岗岩、第二次侵入的花岗闪长岩、第三次侵入的黑云母花岗岩和次第不明的混合花岗岩、混合花岗闪长岩、混合二长花岗岩等，岩石均为全晶质花岗结构，块状构造，石质坚硬。其中以第一次侵入的二长花岗岩（主要岩体为“惠安岩体”）的分布最广，主要分布在涂岭、黄塘、洛阳等福厦公路西侧的广大地区，面积约205平方公里，约占惠安山地面积的2/3。
  惠安岩体岩性主要为二长花岗岩，相变发育，其结构与构造在地域分布上有一定差异：北西侧为浅肉红色细一中细粒花岗岩，呈致密块状，局部似斑状结构；中部和东南部则过渡为灰白色中粒黑云母二长花岗岩、微片麻状中粒二长花岗岩，似斑状结构。岩体内岩脉发育，主要有细粒花岗岩、闪长岩、花岗斑岩、辉绿岩、细晶岩、伟品岩和石英脉等。矿物成分为钾长石（30％～35％）、斜长石（35％～40％）、石英（25％～30％）、黑云母（5％）及少量角闪石等组成。
  二、燕山晚期侵入岩
  境内有第一次侵入的花岗闪长岩、石英闪长岩、辉长岩，第二次侵入的含黑云母花岗岩等。其中以第二次侵入的含黑云母花岗岩（主要岩体为“后曾岩体”）分布面积最大，方圆约50平方公里，主要出露在张坂大部及螺阳大坪山一带。
  后曾岩体的岩性单一，相对不发育，以浅肉红色—肉红色中细粒花岗岩为主，呈中细粒花岗结构、块状构造，偶见钾长石、斜长石似斑晶。岩脉发育，主要有花岗斑岩、细粒花岗岩、细晶岩、闪长玢岩、二长花岗斑岩、闪长岩和石英脉等。矿物成分有钾长石（50％～55％）、斜长石（20％～25％）、石英（20％～25％）和黑云母（3％～5％）等。
  三、期次不明的侵入岩
  多沿断裂分布，主要有花岗斑岩、辉长岩等岩脉。如山霞、涂寨的花岗斑岩脉，净峰青兰山的辉长岩瘤，螺阳盘龙、黄塘玉昌湖和山霞东坑的辉绿岩脉，山腰后张的辉长岩墙及涂岭福厦路东的花岗岩脉等。岩石呈暗灰黑—暗灰绿色。