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一、管理体制改革
  1988年，德化县执行泉州市政府批转的市卫生局《关于石狮医院深化改革试点方案的报告》以及市卫生局关于《院、所、站、校长负责制的意见》《试行承包责任制的意见》，医疗单位推行经营承包责任制，农村医疗由三级医疗改变为独立核算、自负盈亏体制。
  1989年，执行泉州市《关于加快深化卫生改革的意见》，推广县医院院长负责制经验，全县公立医院实行院长负责制、任期目标责任制、干部聘任制、工人合同制和岗位责任制。集体所有制医疗卫生单位实行定额补助的承包责任制，中医院南门门诊部、牙科、放射科、救护车实行以上缴管理费形式承包；妇科、防疫、检验科，分别实行按完成指标提取奖金的分配制度。
  1990年后，外来的博爱门诊部等私营医疗机构先后入驻县内，私人诊所和药店逐步发展，形成以公有制为主的多形式、多渠道、多层次的办医格局。
  1994年，全面实行院（所、站）长负责制和综合目标管理责任制，即实行把工资津贴、奖金和任务挂钩的机制。
  1999年，贯彻《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》，卫生工作重点转向农村，优化卫生资源配置，部分乡（镇）卫生院实行“托管”制度。
  2000年始，执行泉州市《关于城镇医疗卫生体制改革实施意见》，先后设立龙浔镇和浔中镇社区卫生服务中心，加强社区医疗卫生服务。同时，根据农村人口向城关集中的状况，制定《德化县乡村卫生机构一体化管理实施方案》，对水口、赤水、葛坑和上涌等卫生院进行规范化、标准化管理和建设，其他12所卫生院强化预防保健功能，加强急救和产科建设。批准10所乡（镇）卫生院到城关开设诊所。
  2003—2007年，赤水、水口、桂阳等卫生院先后实行全员聘任制和绩效工资挂钩制度。
  二、医疗机构管理
  1988年，全县公立医疗卫生单位和乡（镇）卫生院由县卫生局统一管理。
  1989年，县成立整顿医疗机构领导小组，制定《关于清理整顿医疗机构若干问题暂行规定》《德化县个体开业医生管理办法暂行规定》，组织人员对全县社会医疗机构的行医资格、诊疗范围、诊疗场所、医疗设备、规章制度、收费标准进行全面审查。
  1990年，县卫生局制定《卫生院工作目标考评实施细则》，县卫生局与所属单位签订目标管理责任合同，年终进行考核评比。是年，清理整顿医疗卫生联合体29个，撤销6个，核发许可证11份。1991年，对个体开业医生进行全面考试考核，颁发合格证15份。
  1993年，县卫生局制定《关于人事管理制度改革实施意见》，对基层单位领导班子进行测评、考核，按照干部年轻化、知识化、专业化的要求充实领导班子，对医务人员进行交流调整，优化结构。
  1994年，对7个乡（镇）、40所医疗机构进行检查，其中1所基本不合格，责令停业整顿。219所乡村卫生所分别换发证。
  1995年，实施《医疗机构管理条例》，加强医疗机构管理，打击无证行医和社会游医，净化医疗市场。
  1999年，根据县卫生局《关于在全县医疗卫生单位实行院（所、站）务公开制度的决定》，各医疗卫生单位设立院务公开栏，对本单位主要政务工作、财务工作、药品购销、奖惩、评优、评先、晋级、晋职等逐月公布，促使院务工作在阳光下运行。
  至2005年，组织执法检查220多次，出动执法人员400人次，检查720家次，打击、取缔非法行医25家，清理非法行医16人；限期整改50家，没收药品及医疗器械价值4万余元，罚款1.3万元。
  2006—2007年，出车30辆次，监督员90人次，检查医疗机构113家，其中个体58家，查处药店非法行医24家、24人，分别予以警告，罚款2.9万元，没收器械34件；清理游医3人。接受有关非法行医投诉案件8件，均及时查处。
  三、医疗质量管理
  1988年，各医疗单位坚持以提高医疗质量为核心，发扬救死扶伤、实行革命人道主义精神，建立以岗位责任制为中心的各项规章制度。
  1990年，县卫生局印发《关于认真开展向雷锋、白求恩同志学习活动的通知》，对医务人员进行医德教育。各医疗卫生单位执行卫生局《卫生系统纠正行业不正之风的规定》《两公开一监督措施》《业务人员“八不准”》等规章制度，成立廉政领导小组，加强医疗质量管理，全县拒收“红包”200多人次、5000多元。
  1991年，推行“两公开一监督”（即公开办事制度和办事结果，接受病人群众和上级监督）。
  1993年，临床医疗建立岗位职责、操作规程、消毒隔离、质量监测、安全防护制度和突发事件应急预案，实施主任、主治医师参加门诊制度，保证急重病人随到随诊。住院部实行住院医师、主治医师、主任医师三级负责制和重大手术、新开展手术的术前讨论制度，建立危重病人24小时住院医师负责制。护理工作实行护士长、护理人员执行医嘱和护理常规及交接班查对制度。
  1996年，开展创建等级医院活动，对医护人员进行定期或不定期理论考试和技术操作考核，提高医疗技术水平。
  1998年，建立卫生技术人员职业道德考核制度，建立医务人员职业道德档案，推出“白衣工作者奉献爱心”“创建青年文明号”和“创文明行业、建满意窗口”竞赛活动。县医院、中医院建立院长接待日制度，向病人发放问卷调查表、住院病人费用明白卡。
  2000年，全县开展“医疗质量年”活动，卫生系统层层签订行风建设责任书，全面落实省卫生厅“以病人为中心，提供优质服务”13条规定和卫生工作人员行为准则。开展“加强职业道德建设，促进卫生行风发展”演讲比赛暨征文比赛，提高医疗服务理念。
  2002年，县医院开通“德化县医院”网站，对外公开网址和电子邮件信箱号码，向社会推出网上咨询、网上预约就诊等服务，同时通过网络广泛听取公众的意见和建议，对医护工作进行全程质量监控。
  2007年，县医院推行《用药评价制度及门诊处方限价制度》，实行大额病历检查评价，门诊限价检查，药品和医疗服务费用清单制。
  四、药品监督管理
  1988年，继续执行《中华人民共和国药品管理法》，每年开展1～2次药品执法检查，重点打击药品无证经营，严厉查处经营假劣药品案件。至1992年，查出伪劣药品案件4起、172种，取缔无证无照经营单位4家。
  1993年，贯彻“关于纠正医药购销中不正之风”有关文件精神，制定一系列的管理措施和制度，不定期组织人员进行监督检查，严禁医药购销中收受回扣；开展医药执法监督检查，打击非法经营药品。至1995年，检查药品经营、使用单位837家次，检查药品26.41万种次，查出不合格药品584种次，标值3.28万元，监督销毁106种次，标值2.50万元；没收药品折值9万多元，罚款6.87万元；捣毁无证药贩窝点4个。
  1996年，执行《中华人民共和国执业药师法》，严厉打击非法制售假劣药品活动，净化药品市场，保证用药安全。1999年，组织医药市场检查15次、119家，查出伪劣药品113种次，销毁标值2.19万元，取缔无证药店13家。2000年，清理、取缔证件不全的药品生产、批发企业1家，非法私人诊所6家。
  2001年，县卫生局成立药品、器械招标采购工作领导小组，制定招标采购实施方案，纠正医药购销不正之风，全县平均药价降低18％。
  2002年，在寿星药店开展GPS认证试点，召开全县药品零售企业负责人、质检员96人参加的认证动员会，51家零售药店取得“药品经营质量管理规范认证证书”。后，开展“诚信”和“规范药房”建设，实施药品放心工程，开展拒绝虚假药品宣传日活动和假劣药品展示活动，增强人民群众药品维权意识。开展农村药品市场大检查，进行麻醉药品、第一类精神药品、终止妊娠药品、防治“非典”医疗药品和器械专项检查。开展治理商业贿赂专项整治活动和对齐齐哈尔第二制药有限公司药品的清查行动。同时，开发监管软件，对药品医疗器械实行程序化监管。组织全县经营企业全面自查，规范药品市场，大众药店、东南药店龙南分店分别获省、市药品质量诚信店称号。县医院药房被评为示范药房。
  至2007年，全县共核发“药品经营企业许可证”61本。开展GSP认证跟踪检查9家，新开办的10家全部通过GSP认证。立案查处247起涉药案件，1起医疗器械案件，没收违法经营药品、医疗器械析值30.2万元，罚没款39.73万元，销毁假劣药品9.7万元，责令限期整改119家次，取缔无证经营企业7家。
  五、经费管理
  1988年，德化县卫生事业费实行全额拨款和差额拨款2种制度。局属事业单位实行财政全额拨款；县医院、中医院及乡镇卫生院经费实行财政差额补助。县医院以1月份为基数，按每张病床900.元拨付，其他单位按1987年的支出水平拨付。至1995年，全县卫生事业费支出1523.7万元，占同期财政支出总数3.94％。卫生事业费主要用于医院经费、中医院经费、卫生院补助费、防治防疫事业费、合作医疗补助费和其他卫生事业。经费实行包干使用，超支不补。
  1996年，县防疫站、妇幼保健所、卫生监督所、卫校、药检所、红十字会、卫生协会、爱卫办、公费办实行全额拨款；县医院、中医院和乡镇卫生院仍实行差额补助。至2000年，全县支出卫生事业费2017万元，比“八五”时期增长69.77％，占同期财政支出总数2.76％。
  2001—2005年，全县支出卫生事业费3492万元，比“九五”时期增长73.13％，占同期财政支出总数2.46％。
  2006—2007年，全县卫生事业费支出8068万元，占同期财政支出总数8.25％。其中，新型农村合作医疗经费1554万元。
  六、公费医疗管理
  1988年，县修订公费医疗管理办法，对医药费定额包干和住院医药费国家、单位、个人分摊等问题作出具体规定。
  1990年，实施门诊医疗费按年龄段定额拨给享受单位包干使用，结余留用，超支不补；住院医药费实行公费与个人按比例支付的办法。
  1992年，制定《德化县公费医疗管理暂行规定》，离休干部、在职二等乙级以上革命残废军人、高级职称科技人员、年满50周岁副县级以上干部享受特约医疗（全额报销）。针对“住院挂空床”“小病大养”现象，制定“定点就医”“处方限量”“贵重药品和高档设备检查审批”等制度进行限制。
  1993年，实行公费医疗经费由医疗单位管理，逐步向医疗保险过渡。
  1994年，德化县承担泉州市公费医疗开支范围、审核报销、转诊转院、大型仪器检查等改革试验项目。同年起，执行不同对象享受不同待遇，离休干部、在职二等乙级以上革命残废军人按实报销；高级职称科技人员、年满50周岁副县级以上人员年定额400元，定额内按实报销，超过部分报销80％；其他人员年定额140元，按工龄计算发给单位包干管理使用。住院药费核算给定点医疗单位管理，工龄30年以下国家报销75％，单位10％，个人15％；30年以上国家报销80％，单位、个人各10％。
  1995年，县制定公费医疗基本药物目录，强化医疗单位直接参与管理。2001年，对转外就医医疗费分担比例、起付标准及范围外医疗费比例进行调整。2002年，行政事业单位职工取消公费医疗，改为职工医疗保险，离休干部仍然为公费医疗，由县财政负责。至2007年，保持不变。