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1988年后，德化县中小学继续实行“三级办学、三级管理”体制，完全中学、职业中学、教师进修学校、县直学校及实验幼儿园由县管理；乡（镇）幼儿园、小学、初中和成人教育由乡（镇）负责管理；一般完小以下由乡（镇）村共管，教育行政部门和乡（镇）政府定期对校长和其他领导班子成员的“德、勤、绩、能”进行全面考核。学校内部继续实行党支部领导下的校长分工负责制。中学和学区各配备校长1人，副校长1～2人，教导主任1人。学区校长领导和管理辖区内小学行政和教育教学等工作。除学区校长外，其他学区行政领导和工作人员都兼课。
  1989年秋季开始，全县小学执行省教委《关于改革和加强小学管理的若干要求》规定，校长是学校行政负责人，具有法人代表资格。校长对外代表学校，对内实行统一领导、全面负责。学区校长负责全学区教育教学工作；分管中心小学的副校长负责中心小学教育教学工作；分管成人教育的副校长负责全学区扫盲等工作。教导主任、总务主任、总辅导员履行所分工的职责。校长通过校务会议，对学校重大工作进行决策部署。
  1992年，县政府制定《学校内部管理体制改革的实施意见》，在实验小学、城关小学、汤头学区、美湖学区和德化一中、城关职业中学、美湖中学、霞碧中学8所学校进行改革试验。1993年，县政府发出《关于批转县教育局〈实行中小学校内部管理体制改革试行方案〉的通知》，改革学校领导管理体制，确立校长在教育、教学、行政管理中的决策、指挥权，进一步落实校长负责制；改革人事管理制度，以双向选择优化人员组合，实行教职工全员聘任制；改革工资分配制度，实行定编、定员、定岗、定责和工资总额包干，实行增人不增资，减人不减资的经费包干制度。同时，进一步深化教育体制改革，县制定乡（镇）教育管理委员会职责，把组织入学和改善办学条件等职能纳入乡村管理范围，乡（镇）成立教育管理委员会，参与教育干部考核、任免和教师调配，改变县统包统管格局，调动乡村办学积极性。县直学校仍然由县主管部门直接管理。
  1997年，全县推行以校长负责制、教师聘任制、岗位责任制、结构工资制和经费总额包干制为主的“五制”改革。教师可以跨越原学校或学区，到其他单位受聘。至1999年，召开2次全县性人才交流会，235名教师脱离原单位，接受其他学校招聘。省教委主任朱永康两次到德化调研，并于1999年11月在德化召开全省中小学校内部管理体制改革座谈会，推广改革经验。2003年，实行全员聘任制，按需设岗，竞争执教。至2007年，贯彻国务院《关于进一步加强农村教育工作的决定》，实行地方政府负责、分级管理，以县为主的三级（县、乡镇、村）办学的义务教育管理体制。中共德化县委教育工作委员会（简称“教工委”）和教育行政部门全面加强中小学管理，一中校长由县人民政府任免，其他中、小学（学区）校长由教工委任免，党支部书记由当地党委会任免。中小学继续执行校长负责制、岗位责任制、教师聘任制、经费总额包干制。