云南省图书馆

康熙二十二年（1683年）马注将其研究成果撰成《清真指南》1卷，在阐述伊斯兰教的创世说时，从“真主运无极而开众妙之门”人手，讲述无极而太极，而火风水土，而天仙人神，最后得出“无始无终者乃真主独一之有”，丰富和确立了伊斯兰教认主“独一”概念。 在阐述伊斯兰教的“体认”说时，将“乾坤万物”、“古往兴废”与人的“身体性命”等一并看作世界的“四部真经”，而以“身体性命”为“古籍”，把客观世界飞历史都纳入认识范围，突出了人在认识中的主体作用，使伊斯兰教的认识论具有更高的思辨性。在比较儒、佛、道三教的异同时说，“儒知而言浑，玄知而不切，释不知而自认”，认为“三教之理，各执一偏”，得出了“明德之本，莫先于认主”，维护了伊斯兰教认主独一理论的地位。 康熙二十三年（1684年）马注离开北京，取道山东、江苏、浙江、安徽、陕西、四川，进行考察，广交各地经师，并设帐讲学。所到之处，人称“仲翁马马注名句老师”。将《清真指南》稿本就教于山东马延岭、南京刘三杰、湖南皇甫经、陕西舍起云等。返回家乡后，对《清真指南》进行修订。以“圣裔”名义约集滇部分伊斯兰教人士，呈文云南武进府，主张革除从印度传入的“革烂得之属”（苏菲海兰达尔）等“左道异端”，并提出“约束教规”，由官府颁行云南穆斯林，因此在穆斯林中享有较高威望。晚年“坐困穷愁”，郁郁而终。所撰《清真指南》内容丰富，“上穷造化，中尽修身，未言后世”。内容涉及伊斯兰历史、教义、教法、哲学、天文、传说等，对后世伊斯兰教学者影响较大,《清真指南》对于忠孝思想的研究专门用了一个章的内容进行阐释,经过大量的举例说明,证明伊斯兰教和中国儒家思想的观点是有相同之处,同时说明,要让伊斯兰教符合中国文化的发展,应该学习儒家文化,通过儒家文化又可以进一步对伊斯兰教进行深入研究。