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努尔哈赤、皇太极父子创业时，蒙古分为以下几个部分：1.喀尔喀蒙古，也称漠北蒙古。喀尔喀之称始于明代，共分12部。其中：“内喀尔喀五部”居东，明末徙幕于大兴安岭东南，分为札鲁特、巴林、敖汗、奈曼四部，属于内蒙古。2.察哈尔部，为元帝室相承的部落，乃蒙古诸部之共主，然已徒拥虚名，政令并不能行于蒙古诸部。后徙幕于辽东边外，蒙古语称边境为“察哈尔”，遂称察哈尔部。3.科尔沁部。是元太祖铁木真之弟哈布图哈萨儿后裔的部落。明洪熙元年（1425），哈萨儿第14代孙奎蒙克为部落长，因避乱，自其原牧地额尔古纳河以东，海拉尔河以北，南迁到嫩江中下游地带，自号其部落为“科尔沁”部。4.厄鲁特蒙古，即明初之瓦刺，游牧于天山以北，阿尔泰山西南地区，与八旗形成的关系不多。
  明万历二十一年（1593）九月，科尔沁部的翁阿岱、莽古思、明安三贝勒共统兵一万（其中包括锡伯、挂勒察两个女真部落之兵），号称“蒙古三部”，联合海西女真～扈伦四部及长白山女真两部，号称“九国联军”进攻建州，被努尔哈赤击败于古勒山（今新宾县西北）。科尔沁诸贝勒震于努尔哈赤之强大，遂即遣使通款。后来明安贝勒之女，翁阿代之女，都赠给努尔哈赤为妃。莽古思贝勒之女及孙女先后嫁给皇太极，即孝端文皇后和孝庄文皇后。
  自后金天命四年（1619）至天聪九年（1635）17年的时间，先后征服了漠南蒙古，消灭了元裔汗系正统部落。皇太极对旧附的蒙古诸贝勒均优礼相待，厚赏财物，封官赐爵，并互相婚娶。皇太极有14个女儿，又抚养图伦、岳托各一女，共16位格格（公主），其中：有12位下嫁给蒙古贝勒。皇太极的两位皇后，三位贵妃也都是蒙古贝勒之女。后金的代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒及阿巴泰、阿济格、多尔衮、德格类、多铎、岳托等诸贝勒的福晋（王妃），也都是蒙古的格格（公主）。
  收服的蒙古军队，都编入“八旗蒙古”。一切编制、旗帜皆与八旗满洲相同。其后又陆续有蒙古人加入。入关前，八旗蒙古共有117个佐领，共有兵丁16840名。八旗满洲内有蒙古佐领35个，也都并入八旗蒙古之内。其余蒙古人，都留居故地，称“外藩蒙古”，不属于八旗范围，后来发展为“盟旗制度”。