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清朝政府宗教制度，一如明代。章丘道教很兴旺，至清末，道观庙宇达二百八十五处，道士三千余人。道派主要有全真教龙门宗、正一道、天师道与丹士四种。
  全真教依然是章丘道教的主流，龙门宗弟子众多，道场兴盛，主要集中在胡山、锦屏山、会仙山、石龙庵、青龙山、凤凰山、鸣羊山、危山、女郎山、长白山、玉皇山等处。平原上如高官寨东庵村三教寺、水寨镇三官庙、顺德夫人祠，文祖三官庙、圣井镇东鹅庄老君殿、相公庄镇河庄三教观、水寨镇张家林洪福寺、龙山镇太清观等等。天师道、正一道主要在平原一带，如埠村通真观、南明玉皇观、普集三官庙、白云湖萨祖庙、普集天尊院等处。丹道之士则老隐于荒山古洞，不详。清末，道教渐渐衰亡，随着民国的建立，很多道人纷纷蜕化演变，改旗易帜，发展成背离道教的左门邪教，如一贯道、皈一道、圣贤道、无极道、万字会等，这些反动会道门在解放后被取消缔结，章丘道教至此而终。