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兵团管理体制是在特殊的历史背景下形成的。改革以前，兵团的管理体制是建立在单一的国营经济基础上的计划经济体制，加上准军事化的管理。党的十一届三中全会以后，特别是1982年恢复兵团以来，在兵团党委的领导下，进行了一系列重大改革，为农垦经济发展注入了活力。但是，按照发展社会主义市场经济的要求来看，体制不顺仍是制约兵团经济进一步发展的深层次原因。这主要体现在3个方面：一是统得过多，行政干预过多，兵团所属的农场和工交建商企业的经营自主权没有完全落实下来；二是兵师两级管理机构的职能转换缓慢；三是体制转轨时期各种利益主体之间的矛盾有所发展，兵团与中央的关系、兵地关系、兵团与中央直属企业的关系，都还没有完全理顺。由于种种原因，计划单列以来，兵团与国务院，以及与自治区各部门的关系还没有完全对接。
  回顾兵团20多年经济改革的历程，大体经历了5个阶段。
  第一阶段，1979～1981年。对团场进行“独立核算、自负盈亏、有利自留、亏损不补”的财务大包干制度，在一定程度上克服了团场吃国家“大锅饭”的现象。
  第二阶段，1982～1987年。在团场全面推行“一主两翼”（以兴办职工家庭农场为主，以发展庭院经济和开发性家庭农场为两翼）为主要内容的改革，冲破了国营农场的旧的体制，初步建立起统分结合的双层经营体制。
  第三阶段，1988～1992年。在农场和工交建商企业推行了以承包经营责任制为主要内容的改革，使各级经营者和管理干部有了压力，初步克服了干部吃大锅饭的弊端。
  第四阶段，1993～1999年。推行了以家庭承包、“两费自理（生产费和生活费自理）”为主要内容的改革，同时进行建立现代企业制度试点的改革。提出了坚持国有经济主体地位，鼓励发展非国有经济，积极探索国有经济多种实现形式，大力发展股份制股份合作制经济等重大改革措施。
  第五阶段，2000年至今。推行了以产权制度为核心进行企业制度创新的改革。兵团党政提出了“发展壮大兵团，致富职工群众”的工作目标，出台了《关于深化团场改革的意见》（1＋3文件）和《关于加快兵团工交建商企业改革与发展的意见》（1＋8文件）。
  新疆生产建设兵团原司令员张庆黎曾说：“兵团别的特殊，党政军企合一特殊，履行戍边的使命特殊，但是我们办企业不能特殊，必须和市场接轨，再不能搞计划经济那一套，计划经济本身是大锅饭，大锅饭越吃越懒，大锅饭越吃越傻，越吃越穷，所以我们现在也是坚决地推进改革、深化改革、扩大开放。”
  与此同时，兵团还进一步改善了兵地关系，加强了兵地融和经济的发展，真正做到了资源共享、优势互补。