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第五條本會對上下級之工作關係規定如左：
   （一）本會對於主管範圍內之重要工作，於處理後報告政務院；對於有全國性影響之工作，事先向政務院請示，事後報告。
   （二）轉發中央人民政府和政務院對西南區各省（行政區、市）、縣（市）的通令、公告，及對某一省（行政區、市）的工作指示；轉報各省（行政區、市）、縣（市）的請示、請求。
   （三）本會及所屬各委、部、會、院、署、行、局、處等機構，得就業務與技術範圍，向中央各委、部、會、院、署、行請示、請求。
   （四）本會各委、部、會、院、署、行、局、處得根據已定政策、方針，並就業務與技術的指導範圍，行文致各省（行政區、市）或其所屬各廳、行、局、處、會等機構；各省（行政區、市）或其所屬各廳、行、局、處、會等機構，亦得就同樣範圍，向本會各有關部門請示、請求。但本會各有關部門與各省（行政區、市）的各廳、行、局、處、會等機構間之行文，如涉及全般性者，均應抄送各省（市）人民政府或區人民行政公署。
   （五）本會對各縣（市）的通令、公告及對某一縣（市）的工作指示，均由各省人民政府或區人民行政公署轉發；各縣（市）的請示、請求，亦由各省人民政府或區人民行政公署轉報。關於某一特殊問題之詢問與答復，本會與縣（市）亦得直接令、報，但同時須抄送各省人民政府或區人民行政公署。