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1398年，明太祖朱元璋病逝，惠帝（皇太孙朱允炆）即位。鉴于诸王势力太大，拥兵自重，为防有变，惠帝与齐泰、黄子澄曾几次密议削藩。《明史》卷一百四十一列传二十九载：“惠帝为皇太孙时，尝坐东角门谓子澄曰：‘诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？’对曰：‘诸王护卫兵才足自守，倘有变，临以六师，其谁能支。汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。’太孙是其言。比即位，命子澄兼翰林学士，与齐泰同参国政，谓曰：‘先生忆昔东角门之言乎。’子澄顿首曰：‘不敢忘’，退而与泰谋，泰欲先图燕，子澄曰：‘不然，周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时尚多不法，削之有名，今欲问罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。’谋定，明日入白，帝会，有言周王橚不法者，遂命李景隆率兵”，去开封将周王朱橚拿解回京，削去他的爵位，废为庶人，在京中派人看管；将齐王朱榑召至京师，废为庶人，与周王同囚禁；代王朱桂，以罪废为庶人，被囚禁于大同；湘献王朱柏，在阖宫自焚死；岷庄王朱楩，被废为庶人。
  燕王上书申救。帝览书恻然，谓事宜且止。子澄、泰出相曰：“今事势如此，安可不断？”明日又入言曰：“今所虑者独燕王耳，宜因其称病袭之。”帝曰：“朕即位未久，连黜诸王，若又削燕，何以自解于天下？”子澄对曰：“先人者制人，毋为人制。”帝曰：“燕王智勇善用兵，虽病，恐猝难图。”乃止。于是命都督宋忠调缘边官军三万屯开平，抽调燕王府护卫军以从。宋忠又调北平永清左、右官军，分驻彰德、顺德以备燕。同时，朝廷还派都督徐凯临清练兵、耿献山海关练兵，对北平形成了包围的态势。建文元年（1399年）七月六日，朝廷派遣使臣命把燕王拿获解京，反被燕王府伏兵所绑，并将使臣等斩首。燕将张玉，未能等率兵攻九门，城内驻军被打败，燕兵尽夺九门，燕王随即征集城内外兵马，于七月决策起兵，以诛齐泰、黄子澄为名，号其众为“靖难之师”。惠帝闻讯后，于八月，命长兴候耿炳文为大将军，率副将军李坚、宁忠分路北伐，至真定为燕军所败。太常卿黄子澄随即荐曹国公李景隆为大将军，将兵五十万北伐。景隆驰至德州，征调各地军马，进驻河间，又调辽东镇将江阴候吴高等攻打永平。燕王闻之，命世子朱高炽守北平，亲自引兵援永平。援师至，吴高退走，燕军却直趋大宁。李景隆乘间进围北平，城守御甚固，攻不克，即分兵在九门和郑村修筑营垒，还击燕军。燕师破大宁后，便分五路直扑北平城下，城九门齐开，杀向南军，官军遭受前后夹击，景隆官军一路败退，直到德州。铁铉奉命筹饷，闻之景隆战败，自临邑退回济南，燕兵乘胜追击攻德州，景隆退至济南，德州随之陷落。燕兵收其储粮百馀万石，继续南下济南，景隆军复大败南奔。其间南军乘隙收复了德州，燕王惧，解围北归。
  建文二年，李景隆誓师于德州，会同武定侯郭英、安陆候吴傑等，合军六十万，进军白沟河（今河北正定县南），与燕军激战，李景隆又大败，燕军追击，景隆军败退德州，奔走济南，惠帝急召景隆还。盛庸与参政铁铉悉力固守济南，燕师攻围三月不克，盛庸，铁铉乘夜出兵，燕军大败，收复了德州。
  建文三年（1401）十二月，燕王置大江以北不顾，决计直捣应天（南京），次年六月，燕军渡江，占领镇江、直逼南京城下，金川门大开，燕军入城，时皇宫火起，惠帝朱允炆和后妃等，已在宫内自焚于火。