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所谓“八旗汉军”，就是大清国（后金）八旗制度内，用汉人或汉化了的女真人为将，统领汉旗兵的部份。大清国（后金）内汉将领汉兵的军队，从八旗制一开始就存在。八旗最初编成时的400多个牛录中，就有16个汉将领汉兵的牛录，即由汉人任牛录额真，率领由汉人编成的牛录军民。这些人都是原来就居住在后金（女真）国内的汉族人。编成八旗后，他们基本上都变成了“陈（旧）满洲”。
  后金天命三年（1618），努尔哈赤围攻抚顺时，明将李永芳投降，努尔哈赤厚待之，以女孙妻李永芳，称为“抚顺额驸”，授为三等副将，即派他管理抚顺投降的汉族军民。但那时他们未被编入八旗牛录，也不称“汉军旗”。天命六年（1621），又有汉化了的女真人佟养性，原居辽东佟佳地方，遂以居地为汉姓，迁居抚顺为商贩，暗通后金（充间谍），明边官捕之入狱，后逃归努尔哈赤，赐以宗女为妻，授二等副将。此时，归附后金的汉人日众，遂以佟养性为总兵官统领之。
  天聪七年（1633），明降将孔有德、耿仲明率其所属的官兵及眷属2000多人投降后金。太宗封孔有德为恭顺王，耿仲明为怀顺王，仍领其旧部官兵，称为天佑兵。次年（1634），明将尚可喜又率部降于后金，太宗封尚可喜为智顺王，仍领其旧部官兵，称之为天助兵。以上这些汉将领汉兵者，均无“汉军旗”的称号。
  正式建立汉军旗是从天聪七年（1633）开始的。太宗下令，原先分入“八旗满洲”中的汉人壮丁，每十丁抽一丁披甲入伍，共得1500人，组成一个“汉军旗”。旗用黑色，由明朝投降将领马光远任固山额真。
  天聪十年（1636）四月十一日，皇太极称帝，于议定《庆典》中，明文规定：
  “汉人官民男女穿戴，俱照满洲式样。
  “该管牛录（章京）稽查，若有违者，本身及该管牛录（章京），拔什库俱有罪。”
  从此，后金统治下的汉人，均改满装。
  后金崇德二年（1637）七月，太宗又把一旗汉军扩展为两翼旗汉军，以马光远为右翼旗固山额真，以女真人明朝投降千总石廷柱为左翼旗固山额真。崇德四年（1639）六月，太宗又将两翼汉军旗扩展为四旗汉军。每旗辖18个牛录，每牛录兵丁百余名，四旗合
  计7200名。崇德七年（1642）六月，太宗又将四旗汉军扩展为“八旗汉军”。旗式、编制，官兵员名额均同于“八旗满洲”。总共有兵丁24050名。
  同年八月，孔有德、尚可喜、耿仲明等奏请以所部归汉军旗下，太宗允之，以孔有德部入汉军正红旗籍，耿仲明入汉军正黄旗籍，尚可喜部入正蓝旗籍。其后所有汉兵均入汉军旗籍，如佟养性部、李永芳部均入汉军正蓝旗籍。自1633年至1642年9年的时间，“八旗汉军”编制才最后完成。