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神通寺，隋代之前称朗公寺，以其创始人朗公而得名。僧朗，俗姓李，是佛图澄的高徒，他原在关中讲说佛经，后来山东，在泰山南北，齐鲁大地，宣扬佛法。据北魏郦道元撰写之《水经注》载：“济水又东北，右会玉水。水导源泰山朗公谷，旧名琨瑞溪。有沙门竺僧朗，少事佛图澄，硕学渊通，尤明气纬，隐于此谷，因
  谓之朗公谷。故车频《秦书》云：‘苻坚时沙门僧朗，尝从隐士张巨和游，巨和常穴居，而朗居琨瑞山，大起殿舍，连楼累阁……’即此谷也。”关于琨瑞山，《岱览》云：“在泰山东北四十五里，旧名金舆山又名金庐山。”《山东通志》云：“金庐山在历城县东南八十里，山下为朗公谷。”
  南朝梁慧皎撰写的《高僧传》云：“竺僧朗京兆人，少而游方，问道长安，还关中，专当讲说。……以伪秦皇始元年（公元351年）移卜泰山，与隐士张忠为林下之契，每共游处。忠后为苻坚所徵，行至华阴山而卒。朗乃于金舆谷琨瑞山中，别立精舍，……内外屋宇数十余区，闻风而造者百有余人，朗孜孜训诱，劳不告倦。秦主苻坚钦其德素，遣使衬遗。坚后沙汰众僧，乃别诏日：‘朗法师戒德冰霜，学徒清秀，琨瑞一山，不在搜例。’……燕主慕容德钦朗名行，给以二县租税，其为时人所敬如此。”
  据《十六国春秋》记载，前秦苻坚曾赠给朗公紫金数斤，绩绫三十疋，奴子三人。后燕主慕容垂赠送官绢百疋，袈裟三领，绵五十斤。南燕主慕容德统治了山东一带之后，为得到朗公的帮助，致书朗公：“皇帝敬问泰山朗和尚……使者送绢百疋，并假东齐王，奉高、山茌二县封给。书不尽意，称朕心焉。”朗公在答谢信中说：“僧朗顿首……贫道味静深山，岂临此位？且领民户，兴造灵刹，……。”此时的朗公，已成为一名政治
  和尚，成了辅佐南燕的国师。从唐房玄龄撰的《晋书》中得知，慕容德在山东南部的进军中，得到了朗公的帮助，而朗公也在慕容德大力支持下，使朗公寺得到了进一步扩大，山东佛教也有了更大发展。《续高僧传》云：“燕主以三县民调用给于朗，并散营寺，上下诸院十有余所，长廊延袤，千有余间，三度废教，人无敢撤。”此时，朗公寺已成了山东的佛教中心。
  朗公之后，寺院由朗之高足僧意任住持时，寺中有高丽像、相国像、胡国像、女国像、吴国像、贷宗像、昆仑像，如此七像，并是金铜，俱陈寺堂。此时之朗公寺真可谓盛极一时。直至北周保定（公元561年）以后，在周武帝大规模的灭佛运动中，朗公寺同其他寺院一样，遭到洗劫而一度荒废。
  隋代，文帝杨坚“专弘佛教，开皇伊始，广树仁祠，有僧行处，皆为立寺。”此时，朗公寺又获得了发展。开皇三年（公元583年）文帝杨坚因“通征屡感”故曰“神通”，便勅令将朗公寺更名为“神通寺”。神通寺最早住持是高僧法安，他曾随文帝至泰山，其神奕色采，酷似其祖师朗公。开皇十四年（公元594年）文帝勅令杨广之子河南王为神通寺檀越，兴工恢复。在皇家的直接支持下，神通寺又有了相当规模。《泰山道里记》云：“琨瑞山西北为神通寺，……其制门阁两重，北为大雄殿，东曰伽蓝殿，西曰达摩殿，北为千佛殿，圮；北为方丈，东为禅堂，又北为法堂，两翼斋廊。寺西，
  地敞豁，旧有藏经堂，转轮藏，钟鼓楼，记。又东一台，有四门塔，极崇丽，皆石为之。塔前古柏一株，传云汉植。”隋仁寿元年（公元601年）文帝送舍利于三十座寺院，令建灵塔。勅令高僧法瓒送舍利于齐州神通寺，并其为该寺住持。现今保存的四门塔便是仁寿年间往神通寺送舍利所建之塔，至大业七年落成。此塔依山扼谷，巍然屹立，为寺院增添了庄严的气势。
  盛唐时期，神通寺顺时应势，发展到了鼎盛阶段。据唐《集神州三宝感通录》载：“寺立以来，四百余载，……天下崇焉。”又说：“三度废教无敢撤，塔寺基构如其本焉。”
  经过唐末五代的社会大动乱以后，神通寺便走向衰败。金代末年，狼烟四起，神通寺地处战场，破坏尤甚。
  元代中叶，随着释教的兴盛，神通寺又重新得以恢复和发展。元泰定三年（公元1326年）《敬公碑》云：“即得大殿、旁庑、僧舍俱一新之……侣众盈千。”此一期间，其下属寺院多达27处，除临近的涌泉庵、九塔观音寺之外，北到河北灞州，南至邹县、滕州，连孟子亚圣庙也皆属其下。可谓盛极一时。
  从元至明，未经多大变动，明成化年间，佛教盛行，在位居济南的宪宗之弟德王朱见潾的提倡下，神通寺再度得以发展。据明弘治乙卯年张天瑞《神通寺纪略》碑文载：“……面山曰金舆，桥梁曰通圣。东一台，
  台之上有浮图，为门四，为方五。西一台，台之上有钟鼓楼、转轮藏，殿凡若干楹，相传为古戒坛也。尚有大殿二：一以供佛及十八罗汉二十四诸天；一以供五百阿罗。天王殿四楹。伽蓝、祖师二殿亦如之。殿之后为方丈，左为禅堂，又其后为法堂，两廊翼列。方丈之左右皆以筵宾客、居徒众。……”
  天启（公元1621年）以后，随着明王朝的危机四伏，神通寺也再度衰败下来。
  清朝乾隆年间，寺院住持兴寿和尚，无视佛祖之清规戒律，“放荡淫逸，无所不至”，将寺产大肆挥霍，当卖土地近三百亩，盗卖树木不可胜数，神通寺愈加败落。
  历经一干六百多年，神通寺几经兴衰，今尚保存下了许多珍贵的佛教文化遗产，成了后人研究佛教在山东的发展史、研究古代佛教文化、雕刻艺术、美术、建筑等丰富的实物宝库。