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千佛殿位于寺的后部，座北朝南，是寺内保存最完好的规模较大的木构建筑。其名始见于宋庆历间（公元1042—1048年）张公亮《景德灵岩禅寺记》：“千佛殿、般舟殿、辟支塔皆古刹”。据道光修《长清县志》云：“唐时慧崇僧所移建者，宋拓修之，乃寺之大殿也。唐、宋时为大雄宝殿。”现存之殿，是明嘉靖间（公元1522—1566年）重建，万历间德藩重修，梁间存有“时大明万历十五年岁次丁亥九月八日德府重修”的题字。其后又几经修葺，但仍具宋代建筑之风姿。
  殿建于高二米的台座上，可拾级而上。殿面阔七间，进深四间，单檐庑殿顶，上施黑瓦及绿琉璃瓦，彩绘斗拱、疏朗宏大，出檐深远，檐角长伸高耸，柱础古朴、雕琢精丽，整座大殿整洁秀美、宏伟壮观。殿内正中置长方形的须弥座，上供有大佛三躯，中为毗卢佛，《长清县志》日：“漆藤为之”。现考为宋代木雕。东侧为药师佛，明成化十三年（公元1477年）用铜五千斤铸造。西侧为释加牟尼，明嘉靖二十二年（公元1543年）以铜铸之。四壁有千佛环列（故名千佛殿），今已不足半数，高约30厘米，多为木雕，少数为铜铸，为明代雕饰。壁前台座上置四十尊罗汉和高僧祖师的彩色泥塑，合座高80厘米，像高101—120厘米。这些塑像，以现实人物为基础，雕刻细腻，线条流畅，比例匀称，喜、怒、哀、乐，神态逼真，形象生动，殿内西北隅，首来灵岩的朗公，脸面微仰，会心说法；东窗下，面壁九年的达摩，全神贯注，一意禅观；那蹙眉者，思起世间炎凉，又添新忧；仰首者，鄙视人间丑恶，愤怒难平；爽朗者，憧景“美好”未来，喜形于色；念经者，朗朗有词，虔诚修炼；耄耋者，忆往之沧海桑田，似有所虑；年少者，初涉尘世，幼稚好奇……千姿百态，神情并茂，无一雷同。清末学者梁启超于一九二二年游览于此时誉之为“海内第一名塑”，并立碑于殿前。
  至于众罗汉的塑制年代，众说纷云，莫衷一是。认为是宋塑者居多。据嵌于天王殿的东壁的宣和六年（公元1133年）张克卞所书《施五百罗汉记》载：“政和之初（公元1111年），得官闽中，俗工造像，尤为精致，随月所入，食用外悉付工人，成五百罗汉，历水陆五千里至于灵岩……”。有的由此得出“塑像造自‘闽中’，此四十罗汉乃前齐古所作五百罗汉之余存”的结论。最近有关部门鉴定“塑泥取于当地”，这就否定了“塑像取之闽中”之说。八二年济南市文管会在维修罗汉的工程中，发现了大量文物：宋亚字形缠枝草花纹、簇四球乳丁纹等铜镜十一面；铜币八十枚，其中除隋“五珠”一枚、唐“开元通宝”十六枚外，余者皆为北宋所铸，其年代的下限为宋仁宗嘉祐年间（1056—1064年）；工匠墨书题记一则，文为“盖忠立、齐州临邑，治平三、六月。”并进一步考证分析出：罗汉像初置于般舟殿中，计三十二尊，为宋塑）元致和元年（公元1328年）曾重新妆銮，后因兵燹、地望等原因，大殿日渐荒颓。明万历十五年（公元1587年）德府为重修千佛殿时，将残存塑像迁于千佛殿内，时尚存二十六尊，其余十四尊为明代增补，并按大殿空间布局，环周排列。