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上海会谈后，在解放区政府及人民的强烈要求下，国民党政府不得不将40亿元的复堤工款，150亿元的河床居民救济费，陆续拨出，交付中共方面。但是，黄河堵口工程仍不停止，昼夜加紧赶进。薛笃弼甚至还胡说什么“放水有益无害嘛”。
  在国民党加紧堵口工程的同时，还经常用飞机轰炸扫射解放区复堤员工，船只渡口；并派遣军队在已修好的大堤上挖掘了许多工事，抢劫了大批复堤物资；就连联总救济河床居民的运输队，亦成为蒋机的空袭目标。为此，1947年2月20日，联总代表韩森电告艾格顿，“国方飞机一直继续滥施轰炸与扫射，堤上行人被打死，复堤材料被炸毁，载有标帜之联总装运救济之卡车，亦被扫射而遭焚毁。”
  1947年2月15日，冀鲁豫行署主任段君毅、副主任贾心斋通电全国及全世界，控诉“蒋政府派遣大批美机沿故道轰炸，大小船只被炸毁达76只，价值1亿3千万元；秸料被烧76万斤，价值7000万元；员工死伤25人，加上被袭击伤亡群众，已达94人。因此，我方堤不能修，险不能抢，河床居民不能救济。”
  国民党政府对下游复堤工程千方百计地破坏与捣乱，对花园口合龙工程却愈加赶进。3月7日，上海各家报纸都发出了“花园口合龙工程3月开始，20日前可全部完成”的消息。
  中共代表伍云甫对此种违背2月7日上海协议精神的作法，提出了强烈的书面抗议，国民党政府却根本不予置理，依然积极堵口，竟敢于3月8日提前开河放水，3月10日开始口门合龙工程。至13日口门仅剩7公尺的宽度，进入故道的黄水，已达全河水量的三分之二。3月15日凌晨，终于将花园口口门合龙成功，从而，滚滚洪水全部流入了故道。
  据不完全统计，这次黄水回归故道，使1044个村庄受灾，266280人遭难，被淹土地910583亩，倒入水中的房屋64972间。国民党政府这一倒行逆施的罪恶行径，引起了全国各界的强烈抗议与谴责。
  1947年3月18日，解放区救济总会就国民党破坏治黄协议，片面堵口合龙，水淹解放区人民，向中外人士发出了申诉书，揭露了国民党“自始至终都想以黄河归故来加害解放区人民，以达其军事目的”，并且“把黄河当作进行内战的第二大军”的阴谋。
  3月24日，董必武同志发表严正声明，谴责国民党政府违背协议，实行黄河堵口，联总也竟然坐视灾情不救，并要求世界人民予以声援。声明中指出：“和蒋介石进攻延安的同时，竟不惜用黄河堵口的办法，以遂其军事上隔断我解放区的目的”，并指责“行总、联总为参加治河协议并保证此协议之实施的，但对蒋政府此次破坏黄河协议，从未予以指责”，最后，警告蒋政府“我们保有声讨此种罪行之一切权利和自由”。
  黄河归故后，蒋介石自以为黄河战略可抵40万大军，阻止人民解放军于黄河以北。于是，一面调60万大军，向鲁南“重点进攻”；一面于4月间断绝解放区驻开封代表邮电联系，5月间又驱逐解放区代表离开开封。在六七月间，虽然各方曾一度同意组织复堤工程混合委员会，终因国民党坚持内战，缺乏诚意而破裂。此后，由于内战形势愈来愈紧，所以，国共两党的黄河谈判也就被迫告终了。