山东省图书馆

抗日战争开始后，齐大分成了两部分。大部分教职员和全体学生，由当时的校长刘世传带领，先后迁到四川成都。还有一小部分教职员工留在济南，支持门面，占住房产。医院仍然照开，国学研究所专做研究工作。齐鲁神学院照常活动。图书馆依旧开门。观象台上，程廷芳每天早上观察并记录“日斑”，把观察记录送到日内瓦去；并仍经常检查记录气象。美国传教士施尔德医生当临时校长。
  一九四一年十二月八日，日寇突袭珍珠港，太平洋战争爆发。济南的齐大被日本军队占领。洋人教职员都被关进了集中营，中国教职员工都被驱逐出校。学校被当做日寇的军医院。
  迁到四川成都的齐鲁大学，以经常闹学潮著名。学生中的国民党和共产党，斗争非常激烈。当时吴金鼎任“训导长”，感到对此无法处理。他对人讲，常被逼得哭泣。张伯怀担任当时的文学院院长，顾颉刚任国学研究所主任。余刘兰华继续任女部主任。
  抗战胜利前夕，吴克明担任了校长，孙天锡任教务长。胜利后，一九四六年秋，迁回济南本校。
  一九四五年九月，日本刚宣布投降不久，英国教士斐礼伯和林仰山就回到了济南筹备齐大重开。但一九四六年秋，齐大由成都迁回后，却只办了两年，尚未完全就绪，就又因为害怕共产党，把学校分到三个地方去。一九四八年八月底，校长吴克明和教务长孙天锡，带着文、理学院和大多数教职员，迁到浙江杭州云栖寺。医学院师生也随后迁往福州。济南校本部还留下一部分教职员留守，内有美教士赖恩源和总务长杨道林等。医院照开，齐鲁神学院也原地未动。
  迁到杭州的齐大，住在云栖寺大庙里，宗教色彩仍极浓厚。美国人艾迪，英国人艾德礼，加拿大人罗天乐，都曾到齐大讲演宗教，组织基督教团契、祈祷会、查经班。上海基督教青年协会的副总干事江文汉，在到印度出席一个什么世界基督教会议之后，来齐大作了一个“基督徒不要参加政治”的报告。这时学校大权仍操在会计克爱华手里，坚持不放。不过整个形势已经很明显，全国解放已属必然。帝国主义势力必须全部退出中国。齐鲁大学，这所帝国主义文化侵略的堡垒，必须最后结束的命运，已属无可避免的了。