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邱姓本丘氏。自汉朝以来，为避孔子之名讳，不断有丘氏改为邱氏。到清雍正三年，颁诏尊师重道，称先师孔子圣讳，理应回避，除《四书五经》外，凡系姓氏、地名，丘字一律加邑部为邱字。邱姓是中国百家姓中最年轻的，其历史不到300年。所以，汉族邱姓即丘姓，其起源主要有四大支：姜姓、曹姓、地名和外族的改姓。
  第一支出自姜姓。炎帝生于姜水，在今陕西岐山县西，因以水命姓为姜。炎帝裔孙伯夷，号太岳，虞夏之际辅佐禹治水有功而封于吕，今河南南阳西，侯爵，复赐姓姜，以奉炎帝之祀。吕国历经夏、商、周三朝，商朝末，其后裔吕尚，也称姜子牙、太公望，辅佐周文王灭商有功，周初封于营丘，为齐国，是周朝东部的重要诸侯国。营丘先在今山东昌乐县东南，后迁临淄西北，为齐国都城。
  姜太公支庶居于营丘者以丘为氏。其历史至少3000年。
  第二支源自曹姓。黄帝之裔高阳氏颛顼，颛顼后裔祝融氏吴回，吴回之子陆终第五子安，曹姓。西周初，周武王始封曹姓后裔曹挟于邾，今山东曲阜东南南陬村，建立邾国，初为鲁国附庸，春秋时进爵为子，后迁邹县南，亦称邾娄。春秋时邾大夫丘弱之后有丘氏。
  第三支出自地名。其中一支出自春秋时鲁太史左丘明之后，左丘明居左丘，以居地为氏有左丘氏、丘氏。左丘故地可能在今山东定陶县西，战国时在鲁国的左人和陶丘一带。其二，春秋时陈国有宛丘，在今河南淮阳东，居者以邑为氏。
  第四支出自外族的改姓。丘姓中融入外族的血液主要发生在西汉以后，最重要的事件有：西汉初东胡族乌丸部为匈奴所灭，余部东奔内蒙古与晋冀辽相接的地区，称乌桓，乌桓山在今内蒙古阿鲁科尔沁旗西北，乌桓人有丘姓；东汉末十六国西秦时羌人中有丘姓；南北朝北魏时鲜卑族丘敦氏族集体改为丘姓，后来成为河南丘氏的望族；匈奴族丘林氏族改为丘、林、乔三姓，也成为河南丘氏的一部分。这些外族很快与汉族相融，成为中原的丘氏汉族。