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朱姓起源主要有五大支系：朱襄氏之裔、曹姓、狸姓、子姓和外族的改姓。
  第一支出自朱襄氏。朱襄氏族是以蜘蛛为图腾，亦有认为是以赤心木（一种树心为红色的树）为图腾，活动于河南淮阳一带的部落，其后有朱姓，有5000多年的历史。朱姓的第一个名人是舜臣朱虎。朱虎氏族或为朱襄氏的后裔，朱虎的子孙表现不俗，西周的名隐士朱张，战国时齐人朱毛，魏国大力士朱亥，西汉中邑侯朱进等名人均称是朱虎的后代。在先秦时一直活跃在冀鲁豫地区。
  第二支出自曹姓。黄帝之裔高阳氏颛顼之后，祝融氏吴回之子陆终的第五子安，曹姓。曹部落以枣为图腾，始居于陕西周至，后东迁河南灵宝东的曹阳，舜、夏至商初，曹人一直居于曹阳。商朝初再东迁河南滑县东的漕邑，殷商初，曹人被迫东迁于山东定陶。曹部落中有一支朱氏族，居住在曹阳之西南的朱阳，朱人随曹人而迁移，商朝时迁移到河南淮阳原朱襄氏居住过的地方，春秋时为陈国的株邑。西周初，周武王封女婿妫满于陈，夺株邑并入陈国，并封曹姓朱人的后裔曹挟于邾，今山东曲阜东南南陬村，建立邾国，为鲁国附庸。公元前614年迁到绎，今山东邹城东南纪王城，一部分邾人南迁朱方，今江苏丹徒东南。战国中叶，楚宣王灭邾国，并迁邾人于楚的邾地，今湖北黄冈西北。邾人遂以邾为氏，继而去邑为朱姓。曹姓朱氏是朱姓中最主要的成分。在先秦时期，曹姓朱氏一直活动于豫鲁苏鄂地区，曹姓朱氏的历史也有2400年。汉朝时沛国（今江苏徐州）成为朱姓最重要的繁衍中心和发祥地。
  第三支系出自狸姓。帝尧之子丹朱之后，以名为氏。因丹朱封在丹水流域，在今河南淅水地区，古号丹朱。舜封丹朱为房邑侯，故称房侯，别为狸姓。丹朱部落被舜打败后，族人四散居于河南、河北、山东、湖北、湖南等地，其中一支以丹朱的名为氏。隋唐时期，其后代在沛国相县发展为望族。狸姓朱氏的历史也有4000年之久。
  第四支源自子姓。周成王封商纣王之庶兄微子启于宋，以奉商祀。战国后期公元前286年，齐国灭宋。居于江苏砀山的宋微子之裔公子朱的后代以先祖名为姓。秦汉之际徙于河南南阳，东汉时已发展成朱姓大族，直到唐宋时期，南阳朱姓仍是朱姓中的著名望族。子姓朱氏的历史有2300年。
  第五支系外族和其他姓氏的改姓。从三国以来，重要的由其他姓氏改姓朱的有施、康、李、范、舒、邱、胡等姓，尤其明朝帝王的赐国姓朱，其人数之多、数目之大，是历史上罕见的。魏晋隋唐时，北方战乱和民众大迁移，中原百姓中融入了大量外族的血液，朱姓中也流入外族人的基因。最主要的有：西汉的南越族的朱氏，北魏时鲜卑族慕容部的可朱浑氏族，宋朝金国的女真人兀颜氏族，清朝满洲八旗的乌苏氏、朱佳氏、珠锡哩氏等氏族的集体改姓朱。这些外族与汉族长期混居后最终同化为汉族。