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南靖县医院的前身是县卫生院，缘由戒烟所与贫民医药施诊所合并而成。
  民国初期，在执行六年禁烟、两年禁毒政策的当时，县民国政府设立了禁烟科，配备科长、科员、雇员各1人，并把原来民办的“去毒社”（亦系戒食鸦片组织）改为戒烟所，由政府主办，主管调验烟民、查禁种烟、戒食鸦片等项事宜。
  贫民医药施诊所成立于1935年7月1日，系为贫困染疾者施治，对特困者给予减免医药费的民众组织。
  1938年2月1日，戒烟所与贫民医药施诊所合并建立县卫生院，主要开展医疗、预防、卫生教育、调验烟民、检验壮丁等项工作，是南靖县公立医疗机构的开始。县卫生院设医疗、保健、办事等机构，并在靖城、龙丰、船南等地设立分院，各区设卫生所，各保设卫生员。同年7月随县政府迁至山城，院址设在解放路一座旧糖行（今山城镇招待所），有房屋四间。
  当时天花、鼠疫、霍乱等烈性传染病在县内广泛流行，县卫生院开始组织开展预防、接种工作。1939年接种牛痘苗3521人，注射霍乱伤寒混合疫苗243人。在1940年的鼎盛时期，门诊分设内科、外科、妇产科、皮肤花柳科、眼科、耳鼻咽喉科等，以中医中药为主，日平均门诊达52人次，其中以内外科病人最多，其次为皮肤花柳科病人。妇产科亦为患妇女病的人诊治和推广新法接生。县卫生院除开展疾病治疗外，还广泛开展了预防接种和卫生宣传，环境卫生监督等项工作。1944年后，由于通货膨胀，卫生经费紧缺，缩减了分院和工作人员。1946年，卫生院开设病床4张，开始收治住院病人。有工作人员11人，其中医师2人，护士2人，助产士1人，技佐1人，药剂员1人，其他医术人员3人，主办会计1人。江西省立医学院毕亚的吴铁锋和山东齐鲁医科大学毕业的蔡志文曾先后在县卫生院行医。当时，卫生宣传和卫生防疫已引起重视，宣传的形式有公开演讲、个人谈话、家庭访视、候诊教育、图画展览、标语传单等，每年均有成千上万人受教育，使城镇居民开始了解一般的卫生常识，并采取卫生检查，饮水消毒，垃圾处理，疏通沟渠，取缔不卫生的商店摊贩，改善民居等措施。县卫生院组织人员开展广泛的预防接种工作，据统计1945年至1947年共接种牛痘30094人，注射鼠疫苗26416次，霍乱疫苗18178人次。由于县卫生院工作未受民国政府的重视，所以至解效前夕，县卫生院仅有残垣缺壁、破烂不堪的旧屋宇四间，只剩工作人员4人；设备唯有几副注射器，几把手术钳、手术刀，没有输液器械；只有奎宁、阿斯匹林、伏白龙、依米丁、红药水、碘片等二十几种西药，没有磺胺类及抗生素，而且药品昂贵，例如注射一针奎宁就得100斤谷子。
  1949年9月22日，南靖解放，临时军管会派员接收县卫生院，继续留用旧人员，改称南靖县人民卫生院。1950年7月，福建省第五行政专署召开各县卫生院长会议时，县人民卫生院被列为丁等院编制，并对工作人员进行调整补充，分设医务股、防疫股、妇幼保健股。当时人员少，但实行明确分工，院长叶朝宗负责院务和领导各科工作，医师赵玉铭负责内科治疗和防疫保健，护士黄志祥负责外科治疗和管理环境卫生，助产士翁彩珠、侯楚雪负责妇婴卫生，药剂员叶锡龄负责管理药剂和协助医疗，会计黄克明编选经费收支、预决算和兼代门诊挂号、收费、鉴印核对，办事员徐哲纯负责人事、财务、统计资料、制定计划、总结拟稿、缮写收发。
  1953年，省卫生厅拨款57000元兴建门诊大楼（即县院旧门诊楼），同年8月15日从旧卫生院搬进新址（即现今县医院地址，人民路140号）。住院病床从接收时的4张增加到15张，工作人员从4人增加到25人，其中有西医师2人，西医士1人，护士3人，助产士2人，中医15人。主要开展常见病、多发病的防治工作，多数危重病人和疑难病人仍需转上级医院治疗。次年为贯彻落实党的中医政策，加强中西医团结合作，门诊开设了中医科，特设中医病床9张，购进显微镜，在县内首次开展“三大常规”检查。1956年购置一台30毫安X光机，开始做胸腹透视。同年，根据卫生部《关于改变卫生院组织机构，加强防疫工作的通知》精神，于当年10月1日撤消防疫股，另行成立县卫生防保站，县人民卫生院改称县医院。
  1958年，兴建一座800平方米病房和一座1000平方米职工宿舍；工作人员增加到30人，病床增加到30张；分为门诊部和住院部，住院部未明显分科诊疗；门诊设内儿科、外科、妇产科；并建立了手术室，放射室和化验室，首次开展阑尾、疝气等下腹部手术。嗣后，大中专院校毕业生陆续分配到院工作，县医院进入了一个较快的发展时期。至1966年，工作人员已增加到70多人，其中有医师12人，中医师2人，医士2人，护士19人，助产士3人，药剂士2人，检验士3人；医疗设备增加了200毫安X光机，心电图机、救护车等；住院部的病床已增加到70张，分设内科（含传染科）、外科、妇产科、儿科、中医科。能够开展各种传染病的防治、危重病人的抢救，懂得胸穿、腰穿、腹穿等诊断技术，能进行甲状腺摘除，胃切除，胆囊切除，肾切除，肠梗阻手术及尿道会师，宫外孕、卵巢囊肿、子宫切除、男女结扎等手术，业务技术水平有较大的提高。当年，被誉为“钢铁姑娘”的船场溪水电工程民工陈为民因公受伤，生命垂危，全院医护人员全力抢救，许多医务人员还为伤员献血献皮，抢救获得成功。地委对此精湛的技术和良好的服务态度进行表扬，并奖励5000元给医院购置医疗器械。为了适应业务技术发展的需要，次年兴建一座1600平方的病房，增设了中医科病房，病床总数增加到120张。
  “文化革命”期间，县医院的正常工作秩序遭到严重破坏，领导干部靠边站，技术人员下放到农村，医疗事业不但没有得到应有的发展，反而倒退了许多年。为搞医防合一，防保站、麻防站、医药公司并入县医院，再次改称为县人民卫生院，成立革命委员会，设置医务组、防保组、麻防组、药政组，成为医疗、防疫，药品购销的综合性机构。在医疗工作中，强调推行“一根针、一把草”，要求处方中应用青草药，针炙的比率占70以上，以求达到既省钱、又治好病的目的。为此，发动医务人员上山自采青草药，各种青草药堆满了药库，由于其中大部分疗效不能令
  人满意，尽管有硬性规定，医生应用青草药仍日渐减少，结果成堆的青草药发霉糜烂，最后当垃圾倒掉。针炙广泛应用于临床，在许多疾病治疗中获得较好疗效。但在当时极力推广“针麻”，要求占手术比例的三分之二或更高，医生只好将胃切除，阑尾手术，胆囊手术等也都用“针麻”。因麻醉不彻底，病人叫苦不迭，呻吟声惊动全手术室，给手术病人增加了痛苦。经过一段时间的摸索，才得出只对“经络敏感者”和甲状腺手术应用针麻有一定效果的经验，嗣后其他病手术较少用针麻。在“一针一草”活动的推动下，于1972年建立了制剂室，购置设备，生产葡萄糖、碳酸氢钠、维生素B12、普鲁卡因、地卡因、黄连素、板兰根等注射液以及中草药制剂，正式设立理疗针炙科，添置三台超短波治疗仪，二套红外线热灯，一台中频音频电疗仪，一台静电电疗器，一个双频针麻治疗仪，二个电推拿，四个脉冲电流治疗双，治疗关节痛、偏瘫、落枕、慢性结肠炎、输卵管炎、颈部疖肿、皮肤病等获得不同程度的疗效。并开设眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、牙科门诊，设四张临时病床。同年防保组、麻防组、药政组撤出后，复称县医院。
  1973年，外科开展食道癌切除、肺叶切除等胸腔手术；五官、口腔科新开展了乳炎根治，白内障摘除，鼻前庭囊肿摘除，鼻息肉手术，上颔窦穿刺，泪囊摘除及吻合，泪囊冲洗和扩张，鼻甲封闭，废眼摘除，眼球后脓肿切开挑脓，扁桃体摘除，青光眼减压，全口牙修复，正牙等手术。次年，妇产科能独立开展尿屡修补及宫颈蔓切式手术等。1975年，中医科被定为中医院校临床教学基地，首批接受中医学院实习生。1976年，外科又开展了开颅止血等手术。1978年，党的十一届三中全会后，组织机构恢复正常，技术骨干陆续回院，各科室力量重新得到充实，各项工作有了新的发展。
  1980年，省卫生厅行政工作会议，确定南靖县为首批三分之一卫生事业整顿建设重点县，给医院的发展带来了契机。县医院拟定兴建门诊大楼，病房大楼，职工宿舍大楼等七个工程，总建筑面积达13883平方米，在后几年中相继竣工投入使用，医疗用房和生活用房得到较大改善，与此同时，医疗设备进行了更新换代，添置大批高档精密医疗器械，如300毫安X光机、国产纤维胃镜、电动手术床、进口B型超声波、心脏除颤起搏器、手术显微镜、摄影显微镜、结肠纤维镜、心脏急救监护装置、关节转换器、牙科综合治疗机、电冰箱、干燥箱、分光分度计、分析天平等。县医院的房室、设备、人员得到配套发展，医疗业务技术有显著提高，在1981年首次开展“文明礼貌”活动时，就被省政府评为精神文明建设先进单位。
  1984年，新建病房4215平方米竣工，投入使用，病床数增加到177张，分四个病区，一病区设内科（含传染科），二病区设儿科、中医科，三病区设妇产科、五官科，四病区设外科、骨伤科、手术室。1985年，新建门诊大楼3991平方米也竣工投入使用，内设内、外、妇、儿、中医、骨伤、口腔、五官、皮肤、针炙、理疗等临床科室，还设有检验、放射、B超、心电图、胃镜等医技科室。工作人员增加到172人，其中主治医师6人，医师27人，中医师14人，西医士8人，护士50人、助产士4人，检验士3人，其他卫技人员30人。各科室积极开展新技术、新疗法、内科开展气管内插管配合电动呼吸机抢救呼吸停止病人，小导管持续间断洗骨配合高浓度阿托品注射抢救重度有机磷农药中毒，应用人工呼吸机治疗急性气胸，运用床边心电监护仪观察心脏病患者的病情变化，用血管扩张药物治疗肺水肿，采用ATP静注治疗阵发性心动过速，使用纤维胃镜诊断上消化道疾病，以及B超的临床诊断应用等技术；外科开展了较大型的手术，如胸骨结肠代食道、半肝切除、胆肠吻合、外伤性大血管破裂修补、胸腰椎病灶清除、人工股骨头替换、加压钢扳骨折内固定、脾破裂修补、耳廓血管瘤切除再造术。1985年邀请北京妇产医院、中华医学会妇产科分会副主任、著名妇产科专家王大碗教授和北京医学院附属三院著名成形外科专家王大玫教授来院讲学和手术示范表演，为颅骨缝早闭、颊部洞穿性缺损等22个患者做手术，省心研所张珍治副主任医师也应邀来院指导心脏外科手术，为5位二尖瓣狭窄和动脉导管未闭病人做手术，均获得成功；妇产科新开展利凡诺胎膜内注射引产中晚期妊娠、新生儿脐带结扎改为气门栓，硬膜外导管作支架行输卵管复通术；五官科
  开展了显微手术，如鼓膜成形术、人工镫骨术，面神经再植术等，以及用异体阔筋膜修补鼓膜、鼻中隔矫正术、眼脸成形术、青光眼巩膜下咬切术、结膜移植术等手术。医学科研工作也取得一定成果，如吴广衡的“过氧化氢控制磺酸氢钠注射液PH值及改善澄明度”的试验获地区科研成果三等奖，陈仲胜的“干制同种异体阔筋膜修补鼓膜”获县科研成果三等奖，（而于1986年获省政府科技进步三等奖），王盛丰的“中心给氧、中心吸引”肖子精的“萝摩治疗牙周病”获县科研成果四等奖，并有20多篇论文在全国性医药杂志上发表。
  1986年开始实行责任制改革方案，进一步明确各部、科、室的工作职责，计划性增强，医务范围扩大、医疗质量提高、医风医德改善、管理日趋合理。医院经济管理试行企业管理办法，根据“应收则收，应收不漏”的原则，组织合理收入，实行全额管理，定额补助，增收节支，结余留用。采取“科室核算、目标管理”形式，院部对各科室的目标考核主要抓三方面：一是精神文明建设指标；二是经济管理指标；三是医护质量指标。均采用评分制、以分计奖的办法，做为年终评比、奖金评定的主要依据，体现“按劳分配、多劳多得”的原则，进一步发掘内部潜力，调动了职工的积极性，使医院的精神文明建设和经济效益取得显著成绩。
  1987年，为加快医院的发展和业务技术水平的提高，与解放军175医院实行横向联合，开展氯酰心胺治疗高血压、慢性肾功能衰竭的非透析疗法的临床应用，雷公藤治疗慢性肾炎的观察等科研协作项目。护理部加强对护理工作的管理，举办护理技术操作表演和比赛，全面推行“责任制护理”，健全每月空气培养和无菌物品抽样质检，开展灭菌效果监测，产科护理实行一人一巾一盆一消毒制度，基本达到“四消灭、三降低、一控制“的目的。次年护理部组织推广使用颈静脉硅胶管连续静滴法和氧气加压甘露醇静注法的新技术，并建立对医用物品每两个月检测一次热源、氢化物、PH浓度，用细菌测定高压车灭菌效果的监测制度，以及推行“小组包干、危重病人护理责任到人，书写护理病历”的责任制护理制度。全院的护理质量有显著提高。
  1989年，全院各临床科室开始实行副主任负责制，医院改变以往只设组长的状况，使内部结构更趋合理。为加快医院的发展，自筹资金数方元购置脑电图、激光治疗、体外反搏仪，卧式灭菌高压消毒器等高档医疗设备。并与南京军区炮兵学校横向联合开展骨质增生新疗法。是年，在进行文明单位复查评定中，县医院再次被省人民政府命名为“文明单位”，授予牌匾。
  到1990年，县医院占地面积24200平方米，房屋建筑总面积17572平方米；实际开放床位200张，其中内科60张、外科60张、妇产科30张、儿科20张、中医科20张、五官科10张；有工作人员224人，其中有副主任医师2人，中级职称22人，师级职称48人、上级职称98人，其他卫技人员12人。该年又自费购置了500毫安X光机、进口纤维胃镜、心功能测定仪、多功能麻醉机、男性性功能康复仪、骨科牵引床等大型医疗设备，总价值达20多万元。门诊及医技科室齐全，设有内、外、儿、妇、中医、五官、口腔、皮肤、痔疮等临床科室，及理疗室，检验科、放射科、心功能心电图、脑电图、B超室、病理室、体外反搏室、激光治疗室、胃镜室等医技科室，年门诊人数10多万人次。急诊工作有较大进展，人员、设备、药品、器材配备齐全，能在五分钟内做出快速反应，抢救成功率显著提高，曾成功抢救一呼吸心跳停止20多分钟的电击伤病人，年住院病人达5439人次，其中治疗好转率达94.98％，病死率为1.19％，实际病床使用率为80％。
  至此，南靖县医院的医疗设施日益精良，技术水平显著提高，已成为全县医疗技术指导中心，为全县人民的身体健康和疾病防治做出应有的贡献。