漳州市图书馆

历史上，开元寺长期拥有数量巨大的寺田寺产，管辖的庵院达九十六所。在宋代，“举漳州之产而七分之，民户居其一，而僧户居其六。”即使到了明代，其财产仍占据全州总财产的一半还强。旧志书记载：“闽自王审知以来，寺院半民家，定田爲三等，择其上者以与僧，盛可知矣。”由于开元寺财大气粗，影响力大，宋代管理佛教事务的僧纲司就设在开元寺内。
  开元寺盘踞风水宝地，并且坐拥海量的财产，信众遍布士农工商。这样的情形，令宋代知州朱熹及历代秉承朱子理学的地方官员与儒生等大为担忧和不安。朱子的得意门生陈淳认为，风光名胜用来作为学校场地最为合理，可惜被寺院占据。“登高在乾，其形雄伟秀杰，为诸山之冠。惜其下以浮屠镇之，浮屠无父无君之教，非圣世所宜容。而所谓开元寺者，又非圣朝创建，特有唐之陋俗，而五代之所沿袭。移之他所，有何不可？”陈淳不惜笔墨大书《上赵寺丞改学移贡院书》，建言将登高山上的寺院改作学校，以崇儒重道。朱熹知漳时，发布多道移风易俗的政令，关闭以礼佛为名的私自聚众场所，禁止四十岁以下的女子出家为尼。这一系列措施，目标明确，直指僧堂，大刀阔斧地切断僧俗之间似是而非的联系。闽南地区盛传朱文公与开元寺恶僧斗法的民间故事，是有其历史依据的。宋代知州朱熹及历代秉承朱子理学的地方官员与既得寺院利益的僧人之间的较量，一如既往地进行，芝山上的书院与寺庙成犬牙交错状此消彼长。
  宋末，文天祥（1236—1283）率官军与元兵周旋于汀州、漳州一带，作有《驻师漳州夜宿开元寺》：
  天涯有事恼寒宵，欢喜名蓝转寂寥。
  满目风烟迷法界，极天榛莽乱渔樵。
  包胥谩向秦廷乞，宋玉谁怜楚岫招。
  海国孤忠凭一旅，还祈佛力佑清朝。
  宋末，开元寺毁于战火，唐明皇铜像及宝物失踪，御书经卷化为灰烬。元元贞中（1295—1297）重建开元寺时，将西湖畔的净慧寺（罗汉院）并入，取名“开元净慧万岁禅寺”。此时的寺产为苗米一千五百五十石。
  明洪武年间，朝廷大量消减佛寺道观，拼的拼，裁的裁，漳州众多寺院被取消，只保留开元、法济、净众、龙山、南山五座寺院，合称“五禅”，开元寺以其雄厚资质，居“五禅”之冠。当年在开元寺山门立“紫芝峰”石匾。
  清同治三年（1864），太平军李世贤部攻占漳州，郡城及属县官署寺庙几乎全被战火焚毁。开元寺被太平军焚毁，残存石件或湮没地下，清官府随后在开元寺残址上修建试院、考棚。当年清总督左宗棠奉命围剿太平军，两度驻扎漳州，当地官员请其题写柱联。其联句云：“经始问何年，果然逃墨归儒，天使梵王纳土；筹边曾此地，大好修文偃武，我从瘴海班师。”光绪三年，知府沈定均增建外棚。清末朝廷废科举前夕，光绪二十八年（1902）试院改为漳州府中学堂，由此，漳州第一所新式学校在芝山诞生了。
  民国时期，开元寺遗址部分改建成为兵营，后又为驻闽绥靖公署。