漳州市图书馆

回籍之后，台南官绅推举许南英管理圣庙乐局事务。盖因此前，他曾率众力倡重修庙宇，而深受当地乡绅赞许，感恩在怀之故。据光绪十六年，安平县绅士许南英等佥禀：窃惟古今祀典，御灾捍患有功德于民者，例得专建祠宇（即吕祖宫），俾资崇报。（《台阳见闻录》清唐赞衮撰）此时，安平陈县令也聘请他担任“蓬壶书院”山长一职。
  光绪十七年（1891年），由于对台湾设省后的新设施包括机器、矿物、实业的兴趣，许南英不但潜心研究，而且据此明确提出机器、矿务或其它实业都应自己学会了自己办，异族绝对靠不住的真知灼见。可见其炽热的爱国爱乡之心。为奉命办理垦土化番事宜，他辞去了“蓬壶书院”山长一职，并组织创办了“浪吟诗社”。甲午年春，鉴于他对台南的一事一物，了然于胸，唐巡抚特聘他充当台湾通志局协修，凡台南府属的沿革风物都由他汇纂。
  甲午战争后，日本割台前，国势危急，许南英毅然从戎，坚决主战，时被任命为“团练局”统领，领辖两营兵马，参与防卫守备。面对严峻的形势，他悲愤赋诗，痛斥满清腐败无能：“牢羊已失成蛮触，市虎纷传幻战和。一局残棋浑未定，甲兵何日洗天河？”其师友施士洁也积极参与抗日保台运动。写下了《同许蕴白兵部募军感迭前韵》等诗篇，明知“难凭内外双重险”也不愿“坐弃东南一大州”。号召军民前仆后继，浴血奋战，保家卫国。马关条约签订后，各地发生乱事，台南附近有刘乌河叛变，一重溪、菜寮、拔马、锡猿、木冈、南庄、半平桥、八张犁诸社也都很不安静，许南英及时将这些乱事平定，分兵住扎在各社。另据《台湾通史》（连横著）的《独立纪》载：“……其义民则进士许南英之台南团练、吴汤兴之新竹义军、林得谦之十八堡义军，于时土匪颇发，辄招抚之.各乡均办保甲，沿海亦练渔团，助守望。”《东方兵事纪略》（姚锡光著）对此也有专门记载。
  割台既成，台湾人组成台湾民主国抗日，日军由北而南，逐一攻陷抵抗各地。在台南安平港，刘永福布防叫许南英守城。不过，由于许南英手中士兵太少，难以形成有效抵御防线。此后，唐景崧、丘逢甲、刘永福相继逃回大陆，其中兵饷被刘永福带走，在这种情况之下，台南士绅认为不宜死守，劝许南英撤军东渡。9月3日，许南英无奈之下，令夫人吴慎携带儿女先行渡海，自己则将所有的私蓄、现金都散给部下，后在几个得力弁目护送下，逃出城外。日本当局到处张贴画像捉拿许南英。乡人只得将他秘密掩送到安平港，乘竹筏转登轮船内渡厦门。最后转往广东潮汕（汕头）与家人团聚。
  又据《让台记》（吴德功著）载，“闰五月初七日（公历六月二十八日），台南绅民议请刘军门永福为民主，并设议院、粮台。……设筹防局，以兵部郎中许南英、分（？）部郎中陈鸣锵为局长，分五段筹防。东段举人林际春，西段职生李清泉，南段职生吴敦迎，北段职生曾兆琦，中段举人林鸿藻，布置周密。时南路土匪蔓延，使许南英带勇平之。……”正如汪春源所言：“亡何割台祸起，时春源以公车阙诣上书不报，君（许南英）与台帅同仇戮力，賷志不酬，恝然为蹈海之举。”（见《窥园留草·汪序》）从此，他以“遗民”自居。“四万万人黄种里，头衔特别署遗民”（《和易实甫观察原韵》）。
  在汕头，他投靠许氏宗亲子荣、子明兄弟两人。一家人住在汕头鮀浦（在今汕头地级市鮀莲街道）附近的桃都围村许氏祠堂里。本来是准备要到揭阳认祖归宗的，但因祖谱已失，无法核对，只好放弃。不久，在子荣等人资助和介绍下，许南英远渡南洋（泰国、缅甸、新加坡）谋生，从而掀开了他海外生活的一页。