民国二年学校初办时,仅设初小一二年,招收学生35名(内女生3名),合为一班,采用复式教学。以后规模渐大,几年后扩充为初高小班齐配。学制初小4年,高小3年。初小2班,高小2班。合计4个班级,学生增至105名。
课程:初小一、二年级有国文、算术、写字、唱歌、游戏等。初小三、四年级有国文、算术、修身、缀句、书方、图画、手工、唱歌和体操等。高小班设国文、算术(珠算)、读经(《四书》、《五经》)、国语(普通话)、地理、历史、英语、作文、书方、唱歌、手工和体操等。以上各科课本及教授书都采用上海商务印书馆及中华书局编印的,歌谱、图画、手工等科教材自由选购或自编。
陈士标以小学为基础教育,学生小学基础不好,不能培养成出类拔萃人才。因此,他除注重课堂教学外,采用多种形式鼓励学生发愤学习,各学科全面发展。经常把各年级学生各科作业成绩,如优良的作文、书法图画等成绩整理张挂在教室示范。定期举行各科作业比赛,公布成绩,特优者用红纸写出班级和个人姓名公布表扬。手工技能科作业,特设一个玻璃镜橱,把学生制造的泥塑模型,刀刻的竹木字画,水采腊型、剪纸等优秀作品,放置橱中陈列,起观摩鼓励作用。为了加强高小班读经课学习,高小学生每天清晨5时必须到校上“晨课”,温读昨天所教国文和〔四书〕〔五经〕,校长亲临指导,然后下课让学生回家吃早餐。寒暑假期间,学校则邀请学生家长来校开座谈会,听取家长意见,改进办学工作。
民国七年(1918年)7月第一届高小学生毕业。毕业考试极为隆重,诏安县知事包伟亲自来校,国文题目出“三年有成”,由其侍从监考收卷,回县衙后亲自阅卷。这一届经批准出榜揭示,计有毕业生郭絮薰、黄汝淮、郭荫棠、陈鸣琴、郭荫椿、陈士培、陈鸿猷、谢龙光、许维霖、陈若林、李春魁、郑崇敏、肖振声、沈剑波、沈绍发等15名。学校举行毕业典礼、县衙役捧着报条,沿途吹号击鼓到毕业生家中报喜。
正当涤亚小学办学成绩卓著赢得诏安各界的公认与好评时,陈士标校长却积劳成疾,不幸于1918年农历12月22日逝世,终年39岁,噩耗传出,全校师生以及学生家长、社会各界人士都深切悼念这位毕生献身桑梓教育事业的好青年。
陈士标逝世后,继任校长有许淮、陈椿(改为公立小学)、谢梅年、陈一新等人。到了1927年(民国十六年)秋季,诏安县教育改造委员会,将城关公私立小学校27所合并为6所(城东、城西、城南、城北、南雍、东垣)改为县立小学校。