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植物病毒研究所是福建省植物病毒学重点实验室、病毒工程与病原生物学福建省高校重点（开放）实验室、福建省植物病毒工程研究中心，是福建农林大学国家生物学理科基地的组成部分，拥有植保学一级学科博士点、植保学科博士后科研流动站，拥有较为先进和完善的仪器设备和配套研究设施，仪器设备总值约1000万元人民币。其所在的植物病理学科被列为国家重点学科、农业部重点学科、福建省重点学科、福建省“211”重点建设学科和闽江学者特聘教授设岗学科，是省、校优先发展学科。 2005年，该所有教授9人，闽江学者特聘教授1人，副教授4人，讲师13人，其中，博士生导师6人，具有博士学位9人，国家有突出贡献中青年专家2人，国家百千万人才工程第一、第二层次入选1人。在读博士生16名，硕士生30名，博士后2名。已培养出20名博士、28名硕士。 研究所的主要目标是为解决亚热带重要植物病毒的诊断、监测和病害控制的理论问题和关键技术开展科学研究，该研究所长期坚持理农结合，围绕一个中心（培养高层次、高素质、高水平人才）、两个推动（推动科技进步，推动经济发展）的宗旨，开展基础和应用基础研究，形成了植物病毒、动物病毒、天然药物和植物病害经济学四个紧密联系、互相依托和互相促进的研究方向。其中植物病毒研究方向以基础研究为主，着重探讨病毒一介体一寄主互作的分子机制；动物病毒研究以应用基础研究为主，重点在于弄清水产养殖动物重要流行性病毒病的病原和解决病毒的快速检测问题；天然药物研究方向以应用研究为主，目的在于挖掘天然活性物质用于防治动植物和人类重要病害问题；植物病害经济学旨在对植物病害的生态、监测和防治的经济学和经济评估开展全新的研究。上述四个方向均已取得阶段性成果，主要体现在在国内外学术书、刊或学术会议上发表的240多篇论文、专著（教材）和12项省部级获奖成果中。学科带头人中科院院士谢联辉教授，先后多次应邀出席国际学术会议并作特邀报告。实验室已先后和20多个国家（地区）及国内外的30多个院、所（室）开展合作交流。