平阳县图书馆

在明朝，南麂属于平阳县二十四都，后因倭寇盘踞，百姓迁入其他各都。民国《平阳县志·舆地志三》载：“昔时南麂及竹屿诸岛并编户入二十四都”。隆庆《平阳县志·建置沿革》载：“二十四都，旧在海中，麂山及竹屿以避寇散入各都。嘉靖元年，知县叶逢阳以平阳所军余编补。四十一年，知县文程又以金乡沙园所军余编增。”
  原先，明军曾派一支兵船守南麂，后废坏未复。嘉靖中后期，主要是江口关的哨船到南麂巡哨。《明代温州倭寇编年》载：“嘉靖三十八年己未（1559），平阳江口关设总哨官，泊洋屿。”民国《平阳县志·武卫志一》载：“江口关总哨官一员，领哨官一员，船一十九只，兵四百五十五名，汛期屯泊洋屿，守舥艚、炎亭、石砰、五屿一带，南与镇下关，北与飞云关，下接南麂。游哨各官兵交相会哨，专御金乡、平阳、仙口、墨城一带地方。”隆庆四年（1570）平阳镇下关设立总哨官后，哨船也到南麂附近巡哨。《明代温州倭寇编年》载：“隆庆四年庚午（1570），平阳镇下关设总哨官，泊官岙。”雍正《浙江通志·海防志》载：“镇下关总哨官一员，部领哨官一员，船一十七只，兵四百三十六名，汛期屯官岙海洋，哨守洋荪、大岙、竿山、潼头一带，北与江口关，南与福建烽火门，下接南麂，游哨各官兵交相会哨，专御蒲壮、金乡，迤南大、小濩一带地方。”
  万历二十年（1592），许孚远出任福建巡抚，募兵垦海坛地八万三千有奇，筑城建营舍，聚兵以守，抗击倭寇，取得一定的效果。万历二十二年（1594），许孚远向朝廷建议设立南麂副总兵，获得批准。于是，南麂始设副总兵，专门守卫南麂一带的岛屿。《明史·兵志》载：“万历中，许孚远抚闽，奏筑福州海坛山，因及澎湖诸屿。且言浙东沿海陈钱、金塘、玉环、南麂诸山俱宜经理，遂设南麂副总兵。”此时，明军正在朝鲜进行抗倭援朝战争，至万历二十六年（1598）取得完全的胜利。从此，倭寇对我国东南沿海一带的入侵也十分衰弱了。
  在此之后，有记载的倭寇入侵南麂不多了。万历四十五年（1617）四月，一伙侵犯鸡笼、淡水失利的长岛倭寇，侵犯浙江台州地区，杀官兵，夺战船，在菲韭山、牛栏山、南麂、白犬澳等处，抢掳渔户，往来劫掠。五月，该伙倭寇遇飓风，船被击破，栖泊于福建东沙，计有船3艘、200余人。巡海道韩仲雍同兵备道卜履吉、参将沈有容调集北、中、南三路及伍防馆官兵合势仰攻。后又有倭寇大鸟船1只、小渔船2只前来救援。官兵奋勇力击，3船立沉，倭寇投溺就缚。各部共擒获倭寇67名，救回被掳渔民22人。天启二年（1622）后，再无倭寇入侵东南沿海一带的记载了。
  王理孚在《南麂八咏》中曾写道：“海上兵戈几废兴，乡评庙算太瞢腾。德清来暮长洲死，古戍荒凉感不胜。”也算是道尽了南麂在明代倭乱期间的血泪史。