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在北宋时期，日本处于藤原氏全盛期，文化极为繁荣，可以关起门来自足自立。然而到了南宋，随着武家的兴起，日本采取了颇为进取的政策，平清盛等大力鼓励对外贸易。因此日本商船开往宋朝的也多了起来。
  中国经过北宋的休养生息和发展，到了南宋时，已经完成了很有特色的宋代文化。自南宋中叶以后，日宋之间商船往来极为频繁。因此这一时期的入宋僧很多，他们大多传走在南宋已经烂熟了的禅宗，同时还带去颇具特色的南宋新文化。因此，日本又和遣唐使时代大量移植唐朝文化一样，一再努力汲取宋朝的新文化。① 这时代的来宋僧侣不像唐末、五代或北宋时代的日本僧人那样率领很多从僧，大都只身（间或有一二个同行者）搭乘商船往来。但就人数而言，是非常多的，至少有一二百人。
  台州的佛教也有了变化，修禅在台州渐成风气。本来中国早先是没有禅寺的， 修禅之人从隋唐以来只是借住律院，到了五代，吴越王钱镠归依禅法，在他的大力倡行之下，江南的教寺大都变为禅寺。后来经过北宋，到了南宋，江南的禅寺极为兴盛。位于天台山的国清寺也由教寺改为禅寺，成为“五山十刹”之一。
  禅寺主要集中于江南，又由于北方被金占领，无法巡礼圣迹，因此南宋日本僧人游历的地方，都只限于以南宋都城临安为中心的一片狭小地区。
  此时日本僧人入宋，除巡礼圣迹外，大都为学禅。他们有从台州学禅，回归日本，成为一派始祖的。
  （１）荣西荣西（１１４１—１２１５），号明庵，俗姓贺阳氏，１４岁出家，到比睿山延历寺受戒，１９岁依有辨门下习天台教义，又至伯耆（今岛取）的大山从基好学密教。后还比睿山精读藏经，八年闭门不出。听闻宋地禅宗盛行，遂于宋乾道四年（１１６８）搭乘商船入宋，在明州（今宁波）登陆，遍访名山古刹。与先前入宋的日僧重源一起，同登万年、石桥诸刹，对石梁方广寺罗汉阁的“罗汉供茶”作了记录。旋于是年秋归国，携回天台宗新章疏三十部、六十卷。
  宋淳熙十四年（１１８７），荣西再度入宋，本拟经中国赴印度求法取经，有人告以有万年寺的高僧可依，兼之北道受阻，未能成行，就从万年寺住持虚庵怀敞习黄龙派禅法。潜心习天台宗、禅宗教义。后随师移居明州天童山景德寺。
  宋绍熙二年（１１９１），虚庵怀敞授荣西正传大戒和僧伽梨衣（袈裟，即法衣），学成归国。回国后，荣西传法布道，宣扬天台、禅宗教义。建圣福寺，为日本禅寺之始。将军源赖家于京都创建仁寺，请荣西为开山。荣西主张对天台、真言、禅宗三派并畜，受到天台、真言宗抵制，乃作《兴禅护国论》予以维护。宋嘉定七年（１２１４）任僧正，次年逝世。著有《吃茶养生记》、《出家大纲》。
  （２）道元道元，俗姓源氏，号希玄，京都人。内大臣久我通亲之子，系日本村上天皇第九代后裔。十四岁在比睿山天台座主公圆出家。曾游学三井圆城寺，受菩萨戒，遍学天台教义。先师荣西，后师明全。宋嘉定十六年（１２２３）与师明全入宋求法。在天台山见到一般僧人难以见到的“嗣书”。历访天童、径山诸刹，又师从中国曹洞宗第十祖长翁如净习禅宗，承洞山第十四代正传，得芙蓉道楷所传之信衣、嗣书及《宝镜三昧》、《五位显诀》等回国。日本宽元元年（１２４３），应波多野义重之请，率弟子至越前（今福井县）开创永平寺，后永平寺成日本曹洞宗大本山。寂后，追赐“佛性传东国师”及“承阳大师”谥号。著有《普劝坐禅仪》、《学道用心集》、《永平清规》、《永平广录》、《正法眼藏》等九部一百十八卷。
  自荣西、道元开创日本临济、曹洞二宗，日本禅宗僧侣出现了参禅求法、朝巡祖迹的热潮。南宋至元代，至天台的日本僧人大多属于上述二宗。其中著名者有圆尔辨圆、心地觉心、无关普门和彻通义介等。他们来台，与台州寺院僧侣应存在书籍上的相互交流。
  （３）俊芿除临济、曹洞二宗外，还有律宗高僧俊芿。俊芿为泉涌寺之开山祖。庆元五年（１１９９）携其弟子安秀、长贺入宋，巡游天台山，又学律宗于宁波景福寺如庵，又历雪窦、径山习禅。复学天台宗于华亭县（今上海松江）超果院，后又至临安，与禅教律诸名僧论道。在宋凡十二年，归国时携回律宗大小部文三百二十七卷、天台教观文字七百十六卷、华严章疏百七十五卷、儒道书籍二百五十六卷、杂书四百六十三卷、法帖御书堂帖等碑文七十六卷、水墨罗汉十八幅、及其他释迦佛像。其带回的天台宗教典籍，为其中兴日本的天台律宗打下基础。