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两区团工委自成立始，注重组织建设工作。2005年，以创建“五四”红旗团委、“五四”红旗团支部为抓手，提升组织建设水平。制定并完善“五四”红旗团委、团支部标准和基层组织建设规范，发动基层组织实施和落实。是年，基层组织普遍开展创建活动，其中4个基层团委、6个基层团支部提出达标申请。2006年，“五四”红旗团委创建单位3个、“五四”红旗团支部创建单位11个均达标。2007年，“五四”红旗团委创建单位5个、“五四”红旗团支部创建单位13个均达标。是年，对非公领域团组织建设和建立农民工建筑工地团支部进行新的尝试，创新工作模式。两区团工委做到“打铁先得自身硬”，不断加强自身建设，2006年，被团中央授予“全国开发区、保税区红旗团委”称号。
  两区团工委始终把团干部作为组织建设的关键所在，坚持在团的干部中开展“争做优秀团干部”活动，每年对团干部进行一次考核评比，评出优秀团干部，并宣传其先进事迹，教育广大团干部。
  两区团工委为使广大团员、青年学有榜样，开展“十杰百优”活动，即通过严格考核评出“十大杰出青年”“百名优秀青年”，分别于2002年、2006年评选出“十杰百优”。