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2000年后，由两区工委领导两区统战工作，两区工委办公室具体负责。2002年9月，两区工委召开“各界人士中秋节座谈会”，开发区保税区的各民主党派及华侨、商界代表20余人出席。会议指出：开发区保税区的专家、学者、企业家有很多是民主党派人士，应充分发挥其“参政议政，谏言建议”的作用，为区域发展贡献智慧和力量。会后，民主党派人士踊跃为区域发展建言献策。2004年8月，九三学社开发区、保税区支社全体人员到开发区西区调研，并提出改进两区管理工作的建议。10月，在两区统战人士“建言献策”座谈会上，工委领导指出“要进一步加强各民主党派基层组织建设，对条件成熟的党派要支持其建立支部（社）”。至年末，8个民主党派在两区均有成员，其中3个在两区建立基层组织：“民盟”1个支部、“民进”2个支部、九三学社1个支社。2005年，致公党和农工民主党在开发区建立支部。是年，两区工委结合涉外经济区域特点，推进民主党派政治协商、民主监督、参政议政进程。协助民主党派加强组织建设，按照“选好人、选准人、把好政治关”的要求，做好民主党派领导班子成员推荐工作。了解民主党派基层组织建设情况，帮助民主党派坚持标准、严格程序，积极而慎重地发展党员。支持、推荐党外后备干部和民主党派骨干成员参加市一级组织的学习培训。建立向党外人士电子通报区情要闻制度、民主党派代表人士参加有关重大会议和重大活动制度、与民主党派负责人交友谈心制度、深入党外代表人士所在单位走访调研制度。设立“党外人士电子信箱”，接收党外人士的意见和建议。发放“工委与统战人士联系卡”，建立统战人士人才数据库。
  2006年，按照“强化四个建设，突出一个作用”（即强化组织建设、队伍建设、能力建设和基础建设，突出参政议政、建言献策、促进区域经济发展作用）的工作思路，促进统战工作向纵深发展。加强与市委统战部、各民主党派市委会沟通，配合各民主党派换届做好两区有关人员考察推荐工作。是年，“民革”成立两区基层支部，“民进”对两区基层组织进行调整，将开发区和保税区2个支部合并成立联合支部；开发区工商联完成换届。召开统战工作专题座谈会，举办统战代表人士培训班，开展建设和谐社会和多党合作等方面专题座谈。建立民主党派支部成员基本信息情况统计台账，实现计算机管理。年内，开展宗教情况调查，召开宗教工作座谈会，举办宗教工作干部培训。完成开发区外国人宗教活动点选定工作。配合市宗教局、佛教协会开展为西区捐植树苗活动。两区工委办公室获天津市民族团结进步模范单位称号。2007年，召开两区统战代表人士迎新春座谈会；组织统战人士参加国庆招待会；开展为“滨海新区加快发展献一计”活动；协助九三学社市委做好有关人员政审工作。安排两区政协委员、工商联副会长共3人参加党外干部培训班。开展无党派人士统计摸底，完成两区统战人士在天津市民主党派换届和天津市工商联换届中的推荐、考察工作；两区共有36人入选天津市第十二届政协委员，其中24人为统战人士。2008年，开发区管委会党组责成党群工作部负责海外侨胞及华裔工作，并制定区域统战工作的方针、政策；广泛联系民主党派人士，及时反映他们的意见和要求，贯彻多党合作和政治协商制度；检查有关民族、宗教工作方针、政策落实情况，不断改进工作。