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2006年6月，《科学技术部、天津市人民政府共同建设“国家生物医药国际创新园”议定书》签署，决定在天津滨海新区共建“国家生物医药国际创新园”。是年9月16日，天津市国际生物医药联合研究院（简称联合研究院）筹备工作组成立。以联合研究院作为创新园研发核心和龙头，由科技部部长徐冠华和天津市市长戴相龙，分别向联合研究院首任院长饶子和院士，以及科技部、中科院、军事医学科学院、中国医学科学院、解放军301医院、南开大学、天津中医药大学、天津市科委、天津开发区等出任副院长的专家颁发天津市政府聘书。2007年2月，联合研究院建设办公室成立。是年6月，在津召开国际生物经济大会，科技部会同卫生部、商务部、国家食品药品监督管理局与天津市政府签署《关于共同建设国家生物医药国际创新园的意见》。8月28日，天津市政府批准联合研究院管理中心为事业单位编制。2008年1月，联合研究院管理中心登记注册，开始运转。其主要职责是承担联合研究院筹建事项的组织与管理。2009年6月，一期工程大楼投入运营。7月，更名为“天津市国际生物医药联合研究院”（简称联合研究院），系天津市财政全额拨款事业单位，坐落开发区。2010年，联合研究院设三室四部：综合办公室、财务办公室、人事人才办公室；项目部、平台服务与研发部、国际合作部、重大事务部。
  联合研究院利用政府搭建的发展平台，实行国有资产企业化，并联合开发天津市及全国乃至世界的产学研资源，发挥其优势，与国际接轨。2009年，“政府搭台＋市场机制，国有资产＋企业运营，不设围墙＋开放联合，国际认证＋互利共赢”的运作模式形成。是年，由天津市领导与科技部、天津市科委、滨海新区、开发区等单位相关负责人组成联合研究院领导小组，作为联合研究院最高领导机构，主要职责是决定联合研究院建设与发展等重大事项。领导小组下设办公室，负责具体落实领导小组会议的决议，对联合研究院重点事项，进行协调与推动。联合研究院实行院长负责制，由中科院院士饶子和任院长。联合全国相关力量，组成联合研究院创始领导集体，并通过全球招聘6名专职副院长，形成以院长为核心的领导班子。